其实一般不建议楼主问这类问题，会降低观看的乐趣。
（以下内容摘自百度百科）
问题1.
原作
注：此部分只收录《名侦探柯南》漫画原作)、TV版中明确得知柯南身份的人。
1.阿笠博士：由柯南告知（TV 2）
2.工藤夫妇：阿笠博士转告（TV 43）
3.服部平次：柯南推理能力太强，且柯南把他射晕，中途醒来，后逼柯南承认（TV 58）
4,宫野明美（已故）：临死前问柯南到底是谁，柯南答：“工藤新一，是个侦探。”（TV 128）
5.灰原哀（宫野志保）：在搜查中发现工藤小时候的衣服全都不见了，怀疑工藤新一并未死去，之后由阿笠博士告知（TV 129）
6.贝尔摩德：有希子的密友，因此见过新一小时候照片。TV 339中她在博士家安装窃听器，TV 345里发给柯南的邀请信的署名为“新一”，称其为“银色子弹”。但因为曾经被新一、小兰所救（详见TV 288），感恩新一，并且对组织有所不满所以故意向组织隐瞒。也因此极力保护柯南和兰。
7.本堂瑛佑：推理得知，设计逼柯南亲口承认（TV 508）
8.冲矢昴：在注意到新一声音向小兰打电话的柯南后得知，但尚未知道工藤新一服药变小。（漫画File.814《你是柯南吧？》）[8]
其他作品
注：此部分收录非《名侦探柯南》原作的动画作品（如剧场版、特别合作篇等）中，得知柯南身份的人物
1.怪盗基德（黑羽快斗）M 3中假扮白鸟监视柯南，窃听柯南与阿笠博士的对话得知。并为了还柯南救他鸽子的情，扮成新一帮他逃过小兰的怀疑。（注：《名侦探柯南》漫画原作中未表现出基德知晓柯南身份）
2.诺亚方舟（即泽田弘树，已故）：读取柯南脑中资料得知（M 6）
3.Irish（爱尔兰。黑衣组织成员，已死）：搜集指纹资料对比得知，没有来得及报告组织便被杀（M 13）
4.鲁邦三世&次元大介&石川五右介门&峰不二子：原因不详（《鲁邦三世VS名侦探柯南》，柯南制作委员会与鲁邦三世制作委员会合作作品）
争议人物
下面这几个是有争议的，目前并没有明文说这几位知道柯南就是新一，但是如果他们对柯南身份好奇去调查是可以轻而易举调查出柯南=新一的
1.茱蒂·斯泰琳（猜测。FBI成员。FBI在追查黑暗组织时，她与其他同事潜入贝尔摩得藏身的暗室，看到了贝尔摩得的飞镖靶上有柯南的照片上写着“Cool Guy”。但她还在TV 345中问贝尔摩得“柯南那个孩子的确很聪明，但他只是个孩子不是吗？”贝尔摩得未回答。可以看出茱蒂知道柯南很聪明，但是尚未明确怀疑他的真实身份）
2.赤井秀一（猜测。FBI成员，情报搜集能力和推理能力都很强。很信任柯南并与之通力合作，因此可能调查过柯南身份。如果认为冲矢昴就是秀一，则已经明确得知，但目前尚未证明这一点）
3.高木涉（猜测。曾见过新一，如TV 162等集。TV304中，柯南和高木警官被困在东京铁塔里拆弹。在炸弹要爆炸前，高木警官和柯南都准备为市民献出自己的生命的时候，高木就开始怀疑柯南的身份了。他问了柯南“你究竟是何方圣神？”说明高木警官已经不太相信柯南只是一个普通的小学生了。在TV504里，高木收起了带有柯南指纹的手机。如果他怀疑柯南的身份，有了柯南手机上的指纹，是很容易就能查出来的）
4.佐藤美和子（猜测。曾在TV 241中怀疑过“沉睡的小五郎”，柯南之后便不在佐藤面前麻醉毛利。TV 302中说过：“说的是柯南吗？他果然不是简单的小孩子。”另外她是高木涉的搭档兼恋人，高木涉如果有什么发现一定会告诉她的）
5.水无怜奈（猜测）
6.世良真纯（猜测，可能性较大。TV 646中，初登场便说：“和这孩子一样是侦探。”TV 647中虽然推理失败，但应该是故意为之，观察柯南的行动，还在电话中问工藤现场的情况，在现场的“工藤”（柯南）回答他不在现场所以无法确认。还有诸多细节暗示她有可能调查柯南的事情。TV 651服部与工藤的推理对决中，世良看出柯南已经知道事件真相时说：“看来胜负已分了呢。”表现出她已相信柯南就是工藤，但无确凿证据）
7.白马探（猜测。TV 473中有对柯南侦探能力的赞赏。但因为他是《魔术快斗》中的主要人物，在《名侦探柯南》中客串，所以可能性很小）
8.毛利小五郎（猜测。详情请见词条“毛利小五郎”）
9.伊东末彦（猜测。出自M 10《侦探们的镇魂歌》。虽然利用椅子上的仪器测出了柯南的指纹，但是他也只是知道工藤新一来了，就算后面听出声音稚嫩，也还称其为工藤，即没有发现柯南与工藤新一之间的关联。严格来说并不能算是。但在柯南圈中一直存有争议，估且取其中，算作争议组成员）
问题2.
1、寺井黄之助：基德的助手，管家。见《魔术快斗》第1集《复活的怪盗》
2、黑羽盗一（生死不明）：第一代基德，黑羽快斗的父亲。通过留下的录音带指引快成为怪盗基德，但目前生死不明。
3、小泉红子：用魔镜占卜出的结论。但快斗死活不承认。见《魔术快斗》第4集《魔女不流眼泪》
4、白马探：通过检索全日本高中生的资料，发现只有黑羽快斗与怪盗基德的资料完全符合，因此得出结论，但快斗也死不承认。见《魔术快斗》TV 9 & Vol.3 File.4
5、黑羽千影：快斗的母亲，第一代怪盗基德黑羽盗一的妻子，也是在怪盗基德出现之前被称为“昭和女二十面相”的著名怪盗淑女（Phantom lady）。
18年前在巴黎与黑羽盗一第一次邂逅，一见钟情，之后从此隐退并和盗一结婚，因此知道黑羽盗一是怪盗基德。在传出怪盗基德复出的消息后，和儿子快斗电脑视频的时候说过：“你接下来应该会比较忙了。”（把寺井扮演的怪盗基德当成快斗了，但是之后快斗发现密室后，确实成为了怪盗基德）。千影夫人后来还委托快斗还回她曾经盗走却一直未归还的龙马的宝物。见《魔术快斗》第1集《复活的怪盗》、漫画《怪盗淑女之卷》及《名侦探柯南》TV 627～628《柯南基德的龙马宝物攻防战》
6、怪盗黑猫：法国女怪盗。漫画中是因为看到了基德被撕下面具后的真实长相，动画中是联系“孔雀石”（日语发音：marakaito）与快斗（Kaito）、怪盗（Kaitou）发音后得知，详见“怪盗黑猫”词条。见《魔术快斗》TV 10 & Vol.4 File.6
7、古畑惠：一开始在话剧《马斯和罗莎》中饰演仆人A，后来在怪盗基德帮助下成为女主角。通过基德所说的“南瓜”，发现了怪盗基德是之前遇到的兼职男孩。但是不认识黑羽快斗。见《魔术快斗》Vol.3 File.6《绿之梦》
8、杰克·康纳利（已故）：身为ICPO指挥，但同时也是令世界警察头痛的犯罪策划师“梦魇（噩梦）”，一出场便已经知道了快斗的身份，并以此要挟快斗与自己合作。见《魔术快斗》TV 12《暗夜骑士爱的眼泪》 & Vol.4 File.7～8《暗黑骑士》
9、菲利普王子（存疑）：小小的菲利普王子问过行动可疑的快斗：“大哥哥，你不会就是…怪盗基德吧？”虽然可能只是句玩笑话。但当基德在对抗敌人时，露出了头发与脸，菲利普王子应该能够认出这是和他同辆列车里的黑羽快斗，但剧情中尚未明确表示。（详见《魔术快斗》Vol.4 File.1 & TV 11《泪之水晶之母》）
问题3.
除了柯南、FBI和CIA外，只有三个跑龙套的，只出现过一次，可以无视了= =
姓名：中岛英明
性别：男
简介：他与黑衣组织的龙舌兰进行过交易，组织用高价从他手里买了一些偷来的程序。但是龙舌兰拿错了箱子后被误炸死，这次交易没有成功。柯南忠告他最好和警方合作，争取得到警方的保护。他的后续内容没有再交代。
初登场：漫画：Vol.12 File.4 《突如其来的遭遇》TV：054 电玩公司杀人事件
姓名：板仓卓（死亡）
性别：男
简述：与龙舌兰接触过的电脑游戏工程师，被胁迫制作一种系统软件，曾透露自己“为了全人类”而放弃软件开发。卷入杀人案被害。
登场：TV 307 没有声音的证词
姓名：不详（曾化装成狼人）（被捕）
性别：男
年龄：不详
简述：一个对某导演不满的网民在网上发布了对该导演的不满信息，被贝尔摩德发现后，黑衣组织对他进行骚扰（向他家里寄了很多他的个人隐私，组织的威力通过这个侧面展示出来），迫使他就范，协助组织杀人以吸引柯南的注意力，给贝尔摩德机会除掉雪莉。他的杀人手法被服部平次识破后被捕。（这个人太马虎了，居然扔掉了贝尔摩德寄信的发票，使警方失去了追捕贝尔摩德的机会）
登场：漫画：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件