001 云霄飞车杀人事件
049 外交官杀人事件(后篇)
喝了服部平次带来的白干酒，喝了之后变小了一次又变回去了
162 飞机空中密室！工藤新一的首次的办案
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一去洛杉矶的飞机上发生的杀人事件。那么这就是最初的一页……
190 生死一瞬间（危险的复活） 第三种选择
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
191 生死一瞬间（危险的复活）黑衣骑士
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
192 生死一瞬间（危险的复活） 新一回来了
变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
193 生死一瞬间（危险的复活） 约定的场所
新一明白了在米花中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。
219 被召集的名侦探 工藤新一 VS 怪盗基德
打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。(这里有怪盗对新一,但后面的不是新一,以柯南的身份出现) 另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。但侦探在一个一个消失。最后留下来的侦探是？召集侦探们的犯人的真实身份是？
286 工藤新一NY事件(事件篇)
287 工藤新一NY事件(推理篇)
288 工藤新一NY事件(解决篇)
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎朗·温亚德的形象。小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎朗.温亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。 (这也是毛里兰开始对新一有好感的开始)
400 心存疑惑的小兰（回忆）
近期小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的相声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情…
437 上户彩和新一 4年前的约定(回忆)
柯南、兰与打扫工藤家书库的园子，留意到一张根据优作的著作而拍成了电视剧的“女高中生侦探YUKI的事件簿”的照片。照片上有与新一、兰同样是16岁的上户彩。听兰说，这是4年前首次担任主角的彩来拜访优作时拍的照片。
之后，一名年轻女子来到了工藤家。那人正是上户彩，原来她有事来拜托新一……
472 少年工藤新一的冒险（前篇）(少年)
473 少年工藤新一的冒险（后篇）(少年)
柯南等人正在帝丹小学的图书室读书。此时，小林老师在书架的空隙中发现了什么。那是个破旧的皮革钱包，中间放有1张纸。柯南对这个钱包有种似曾相识的感觉…。10年前，小学一年级的新一和小兰为了查明学校有妖怪出没的流言的真伪，在满月之夜潜入小学的图书馆中。在那里，新一从谜样男子那里得到了这个皮革钱包，并接受了解读纸上记录下的暗号的挑战…
柯南在图书馆继续诉说着对那个钱包的回忆。10年前，接受谜一样的男子挑战的新一与小兰，阿笠博士一起破译了第1个和第2个暗号，第3个暗号“消除OKUHO的证据 用混浊的声音紧咬住孤独”。新一破解出暗号的前半部分后前往奥穗邮局。由于前2次都是将暗号隐藏在红色的东西上，所以新一直奔红色的邮筒而去，打算寻出端倪…
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（中学）
521 杀人犯、工藤新一
对应漫画：VOl62F5-F9
收视率：9.6%
播映时间：2009年1月19日
收到自称屋田诚人寄来的关于1年前工藤新一所破解的杀人事件的推理存在疑点的信的平次，约上小五郎、柯南、小兰、和叶前往东奥穗村。平次等人在拜访村公所的时候，柯南则独自一人进入了森林。原来随信还有附寄给新一的一封信，约在山中小屋见面。此时，柯南突然感到莫名的痛苦。原来柯南在感冒后，从阿笠博士那里得到的药，居然是小哀研究出的APTX4869的解毒剤的试制品。小兰等人为寻找柯南，进入森林，却意外与新一相见。但是，新一因丧失记忆，甚至连小兰都忘记是谁了…。
522 新一的真相牵动小兰的眼泪
对应漫画：VOl62F9-F10
收视率：11.3%
播映时间：2009年1月26日
为了找寻丧失记忆的新一而走入森林的小兰，在撞见死罗神后滑落悬崖昏迷过去。此后，平次等人在山中小屋发现了不知去向的小兰。平次发现了化妆用的白色假发，认定这个小屋的主人就是死罗神。随后在小屋内发现了被粉碎地劈开的新一的照片和零乱的镜子碎片的平次，参透了事件的真相，让城山召集大家到泷德家。然后，平次开始在大家聚集的泷德家进行解谜。原先认定新一不可能刺杀他人的平次，却清楚的断定新一正是那刺入他人要害的真凶…
523 真正想问的事
对应漫画：VOl62F11-VOL63F2
收视率：7.9%
播映时间：2009年2月2日
在高速公路上驾车行驶的古城郡平被人勒死了。但是车子依旧在古城的驾驶下行驶着。嫌疑犯是沟端理子，忠田笃男，下鸟太志3人。理子是古城的女友，忠田是与古城率领的暴走族队伍对抗的另外一只队伍的领队。下鸟则是不久前因交通事故而死的古城队伍的队员彰的父亲。就在新一和平次***同识破犯人诡计的时候，却感到要变回柯南的前兆袭来…。
剧场版
第7场 迷宫的十字路口