前三集是引子，第四集的开头应该算“笑面人事件”，中间穿插了很多事件。
整个故事都是倒叙的形式，所以一开始就很模糊。总的情况是:
1按时间顺序，故事开始于学生的超级黑客“微笑人”在网上搜索相关治疗信息时，因担心自己将来可能患上电子脑绝症，意外截获了一封含有相关内容的电子邮件。
这是一封来自神秘组织B的恐吓信，揭露了甲方势力为了谋取自身利益(狗咬狗)，推动相关电子产业和政策的实施，对“药物疗法比纳米疗法更有效”的事实进行打压。(正如微笑男后来质疑的“很多病人没有得到适当的治疗就白白死了”。)虽然乙方后来一再反驳:这是为了促进国内电子行业快速发展的不得已而为之，事实也是如此。但是微笑男不同意，因为多年后甲方还是想继续隐瞒这个事实，更多的人被杀。于是过了几年，微笑男决定不再沉默(当然，他吸取了前一课的教训，可能是因为他知道九课之后介入调查，否则不可能凭自己的力量打败他们)。
中间说的太多了，我就接着笑话那个男的截获恐吓信后发生的事情:冲动的微笑男用自己的技术侵入了别人的电子大脑，劫持了一个重要证人C(我哪能记住那么多日本人的名字)，劝说并强迫他在媒体面前说出真相，揭露甲方的丑恶行径。(先说C，有人未知。虽然发表了一篇纳米技术治疗电子脑僵直的论文，但是效果并不大，而另一位医学研究者的药物疗法却很有效。这时候如果让药物治疗占据主要地位，很多电子政策就无法执行，以甲方为代表的利益集团就会受损。于是他们在打压药物治疗理论的同时，把纳米治疗捧上了天，这也是一种炒作。简而言之，某人C因为符合这种情况而出名，但他的处理方法还是不好，只是自欺欺人。)
3 C有人自然知道自己的纳米疗法不如别人的药物疗法，但出于嫉妒等原因，还是愿意为甲方使用。被微笑男劫持后，C一边假装有良心，答应向微笑男揭露真相，一边盘算着如何逃脱，因为他认为一个有正义感但还年轻幼稚的黑客，即使技术高超也打不过A组。然后微笑男把C劫持到一个新闻地点。c以为微笑男在镜头前不敢有什么大动作，就撕毁了之前的承诺。愤怒的微笑男子当场掏出手枪，要求C在新闻联播前公布真相。
4 C的不配合也让微笑男无可奈何，仓皇出逃，并利用黑客技术入侵摄像头和人们的电子眼，用“微笑男”的logo遮住自己的真面目(当时日本大部分人都是电子脑为主，只有少数没钱安装的可怜流浪汉用肉眼看到了微笑男的真面目。)微笑男事件正式开始，倒霉的C从此被甲方势力软禁。
然而微笑男事件并没有结束，B组织找到了比恐吓信更好的威胁A组的方式。B组织的超级黑客借用微笑人的logo对公司发起针对性的入侵和威胁，并伪造成微笑人事件的后续，导致股市大跌等等，他们从中获利。这个时候，微笑的男人看到了自己造成的闹剧，却无能为力，只能忍。而a组只能向b妥协，笑面人logo风靡一时，当然也有很多崇拜者和模仿者。
“微笑男事件”后沉寂了几年，但一直有政府部门在暗中跟踪“微笑男事件”。这个部门的高层似乎被A组控制，或许是怕“微笑男”再次曝光，导致自己下台。为了控制部门警员掌握信息，在下属内部安装拦截器是违法的，也就是楼上说的04集。(后来第九课我去调查他们的时候，图中坐在台前的那个人好像在看毛片。可能他在家里用拦截器偷窥他的下属。。)
7“截击机事件”，系里一个人发现自己体内有截击机，于是在第九课给朋友送证据，邀请他详细讨论，但当晚就被杀了。看到朋友去世后，如班主任所报，9班开始调查此事，也引起了甲方的恐惧，时隔数年，笑面人事件再次浮出水面。
8“笑面人模仿事件”，A组导演并表演的一场闹剧，但他们低估了笑面人的影响力。模仿者很多，场面失控。官方还是解释了这些模仿者的出现，说是病毒造成的。苏索在追踪病毒时感应到了一个神秘第三者的存在(很可能是真正的微笑人)，这是微笑人和第九课的第一次接触。第九课决定正式介入调查，这就像一个战书。
9“无聊的对话”，苏索好像闯入了一个以微笑侠为主题的论坛(或者直播)？大家围绕这些事件展开热烈的讨论，而苏西则在倾听和分析。其中一名黑客强调，人们只关心微笑男的影响，却没有忽略微笑男事件中的真相是什么，这应该是事件的关键，只是没有引起别人的注意。在被忽视后，黑客拿出了自己的发现，也就是他在模型事件中监听到的第三方无线电波，Suzy也因为自己的发现确认了当时确实有第三方。Suzy出于好心警告黑客不要插手，于是两人都下线了，这次微笑男主动联系Suzy，专门看电视。
10，中间剧情很多东西。主要是Suzy意识到了攻壳车的灵魂是危险的，所以把攻壳车送回实验室解体或者其他非军事部门(这样在后面第九课被俘的时候就没有和攻壳车发生对抗)。
11事件调查陷入僵局后，第九课想到了纸质证据，也就是当年接受戒毒治疗的人员名单。微笑男先拿了记录，把第九课引到了一个支持戒毒的非政府组织，想翻案。但是，记录的丢失让A组慌了，因为他们知道，接种名单上有D，他是他们那些年的同伙的药物部的总裁。d配合A组压制药物治疗理论，但后来也患上了电子脑僵化症。他怕死，知道纳米疗法无效，却在没有告知A组的情况下接受了药物治疗，他的名字无疑成为记录上无可辩驳的证据。
12当然非政府组织被A组消灭，9班也有一人受伤。A组还搞定了一个假扮微笑男的黑客，把他杀了，试图了结此事，阻止进一步调查。然而，微笑的男人又一次把D当成了重要证人。d通过公用电话向A组呼救，9班也通过关键词搜索和监听找到了声音来源。A组试图杀死D将其杀死，与9班发生激战。d被杀，紫苏的身体受损，微笑的人把唱片给了巴特，并“偷”走了他的眼睛逃跑了。巴特也用了同样的方法来对付后续的重装甲部队以保命。
13，苏西换假体的时候，被人埋伏了。微笑的男人来救她，这样她就可以和苏西分享信息，达成某种谅解。计划开始。
14微笑男人(苏索？)C从软禁中被抢走，紫苏和假装微笑的C的对话，说明了事情的全部经过。c承认自己愿意遵守诺言，出庭作证赎罪。
15证据充足，班长去顶了谈判。但由于选举前期可能出现的动荡(看似如此)，A组暂时动不了，9班表面上被牺牲了。
16九班因为和微笑人勾结等原因解散，重甲部队强攻占领，因为上层只是假装要求强攻部队不要带重甲。但是军官们不服从命令，带领大批重甲部队向风暴9级进发，导致了后来的惨烈战斗。
17九班队员分批逃跑保存实力。在下水道里，巴特注意到苏西的手表没带，所以应该是放在公寓里的。作为苏西重要的外部记忆，他决定拿回来。晚上，巴特在公寓里遇到了埋伏的部队，发生了激烈的战斗。危急时刻，他被看到新闻知道第九课有难的攻壳车救了出来。在森林深处，剥壳者牺牲了自己，击倒了重甲，但赶到的苏西意识到了自己对剥壳者灵魂的误解。她认为危险因素只是机器的“好奇心”，于是拿走了剥壳机的芯片，巴特逃离了现场。
18在大楼里，巴特和苏西真的很亲热，经典。
19第二天，巴特送苏西上飞机，苏西被伏击部队击毙。巴特含泪被捕(不过，他是电子眼，没弄到眼泪)。最后，场景落在没有戴手表的苏西手腕上。这只是一个由苏西遥控的玩偶。第九课的所有选手(除了苏西)都被逮捕了。
托古萨抑制不住心中的委屈。他丢掉了自己的好姑娘，决定亲自惩罚恶人，却不知道此时队友们都在赌他的行动。暗杀被队友阻止后，托古萨知道队友被释放，第九课重生。不过说到拓跋扈，从一开始Pixel就暗示那些艺妓可能只是为了提高待遇而攻击客人，Suzy无奈的回答，人物塑造的真的很好。最后，正义先生被抓起来审问时，忍不住发火了，对审问者说:“没用的，我以前是做你的工作的。”他曾经也很犀利。
21最好的结局，有人C在出庭作证前在车里被炸弹炸死，还有D的一头，zz这个东西不能深究，正义得到伸张，其他的会解决。b这个神秘组织到底是什么？我没看漫画，对吧？
苏西和微笑的男人在图书馆里说话，说得稀里糊涂的。。。。总之，讨论的是《笑面人》是没有原稿的复印件。原来的黑客笑面人被b组织抢了风头，谁才是真正的笑面人，哪个才是人们模仿的笑面人？是一个主持正义的微笑人，还是一个造假的神秘微笑人，很多模仿者，很多复制品，甚至多年以后，是紫苏版的微笑人才会明白这个事件。就连“微笑人”也不得不说，紫苏在对话中扮演了微笑人的角色，而另一个角色B组织展示了多少张面孔。TV2的11人事件中不存在的书，好像和这个有点像。当九石意识到自己的行为异常，像同志们要的原著一样，没有人说他看过。
结局是幸福的，因为之前的任务已经让九课的存在暴露在外界。现在，九课表面上被淘汰了，实际上重生了，更隐秘了。剥壳机的芯片是灵魂，被紫苏收回，所以它没有牺牲就复活了。微笑的人没有被第九课招募，也没有出现在tv2中。只是和他的嘴比了比，但他看起来很像剧场版的他，等着看续集吧。
以上只是基于图像的一条主线，有很多错误和误解。我真的不知道那些官方术语是什么。。。。