第一部分:江户川文学一代的第二次出场。
江户川端再次来到毛利侦探社，说要带柯南去游乐园。柯南认为她又被美智子耍了，所以他毫无疑问地跟着戴文的车。但是柯南被江户川在车里的替身手枪控制了。原来她属于黑衣组织，柯南的身份已经完全被组织发现了！柯南仍然在慌乱中用麻醉枪射杀了伪装成文字一代的敌人，在汽车冲下桥跑到阿笠博士家之前逃了出来。与此同时，Gin从学校绑架了少年侦探队，并威胁Ai交出她研究APTX4869解药的数据。艾为了救大家，把资料给了组织，被琴酒带上了车。另一方面，杜松子酒在他离开后偷偷告诉伏特加杀死少年侦探队的三名成员。伏特加酒试图射杀少年侦探队的时候，柯南终于找到了，救了大家，伏特加酒却逃脱了。还说组织在等工藤新一。
第二部分:沉睡的小五郎-觉醒！
柯南来到医生家追踪眼镜，找到了艾的下落。柯南留下了一张写有所有内容的磁盘，让医生交给兰，并决定自己面对黑组织。但是磁盘被闯入医生家的英语老师朱迪拿走了。原来她是美国联邦调查局黑人组织上层安排的特工。阿笠博士用他的新发明——弹射椅欺骗了朱迪，逃过一死，来到了毛利家。当正要把目前的情况告诉小五郎和兰时，他发现坐在侦探社客厅里的毛利竟然摆出了小五郎的睡姿！毛利人面前的笔记本上写着“工藤新一”、“柯南”、“黑人组织”等等。原来毛利早就怀疑柯南了，每次合作扮演睡觉的角色，都是为了调查柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡中展现了自己的真正实力，通过柯南留下的磁盘数据推断出了黑组织的位置。与此同时，美国联邦调查局特工赤井秀一来到她的同事朱迪的家里，意外地发现了柯南的磁盘。他偷偷把磁盘带回家。秀吉在解开密码后看了柯南的自述和对整个事件的推理。他开始怀疑同事朱迪的身份，却突然被人从背后打昏。此时在米花镇，放学回家的兰在门口无意中听到了小五郎和的对话，最终确定柯南就是新一！在泪水中，兰决心赌上自己的生命，与黑势力拼个你死我活，拯救心怡！
第三部分:小说家的不速之客。
朱迪把赤井秀一带回了组织。金威胁一休加入该组织，最终考虑时间为2小时。因为可悲的数据和合作。两个小时后，组织的药物数据计算终于可以完成了。也就是传说中的“既是上帝又是魔鬼”。让时光倒流，让死人复活。在世界的另一边，工藤优作和美智子也收到了医生的消息。优佐第一次让梅喜子进入他的密室。原来，这是工藤优作单独打击黑人组织的总部。小说家只是收集信息的幌子。工藤优作和美智子明白决战的时刻已经到来。在收拾设备时，一位不速之客突然出现在前门——牧牧警官。牧牧警官撕掉了他脸上的伪装。尤左惊讶地发现，这位客人是他从学生时代就开始搞的一个死党，他甚至成了儿子的教父！他就是曾经名噪世界的伟大魔术师——黑羽先生！看到10年前被判定失踪的老朋友，尤左十分惊讶。而黑羽开门见山的告诉尤左，他已经独自对抗反黑组织十年了。办法就是让儿子黑玉赶紧去世界上找一个特别的宝石来打。今天快斗给他发了一条代表最后决战的消息:关于宝石，新一，黑组织，人类的未来。他刚刚以黑羽的身份回到地球！他的儿子也被称为平成·亚森·罗宾。优弥这才恍然大悟，原来他的教子是黑叶海东！
第四部分:最黑的黑
柯南晚上来到了东京铁塔，那里正在举办东京世博会。原来黑组织的总部是东京市中心！柯南骗警卫进入地下室的暗门。这是另一个地下王国。柯南用阿笠博士给他的电脑入侵了黑组织在警卫室的电脑中心。在传播加密数据的时候，柯南不小心被人从后面撞了出去。那个人又喝醉了。阿笠博士得到了一部分数据，把所有的信息汇总在一起。尤左和小五郎得出了一个令人震惊的结论:这个黑色组织的老大可能是日本前首相吉田袁波，而天皇本人就是这个黑色组织的支持者！该组织的重要职能之一就是通过非法手段来实现日本的张！美国政府早就知道这一点，并指示美国联邦调查局特工秘密干预。其实美国也想通过运营组织来控制日本。在分析这个结论的时候，毛利人租的车已经开到东京铁塔下面了。赤井秀一的门突然开了，走了进来——“雪莉”。
第五部分:接近
这幅画面展现在赤井秀一的记忆中。他是宫野志保最珍贵的童年伙伴，也是唯一想和宫野志保一起玩的孩子。也正因为如此，赤井秀一第一眼就解决了莫宁的身份之谜。艾没有承认她的身份。她说她可以穿上那件时装，条件是他永远不要回来。朱迪在两个人争吵的时候出现了，一休为了挽回悲痛而死，留下了遗言:“不管你在那个世界叫什么名字，我都能找到我的天使。”朱迪的黑枪指着艾。这时，毛利小五郎也闯入组织，在组织训练杀手的道场，用空手道打败了一群职业杀手。就在他得意洋洋的时候，主教练出现了，居然是日本空手道冠军冯·。小五郎败了，跟着他的兰却跳了出来。当兰被风赶得走投无路的时候，耳边传来了一个新的呼唤。兰终于爆发了奥义，一拳打倒了所谓不败的。朱迪正要向艾开枪，金突然出现，把枪对准了朱迪。他命令朱迪放下枪，说莫宁对组织还有用。朱迪奇怪地问:“你不是想让我来这里杀了她吗？”金突然扣动扳机，一张扑克牌打在了朱迪的手上。原来这个琴酒是扮成基德的。基德让艾先去救柯南，自己在这里看着朱迪。我跌跌撞撞地来到控制室，这一切都被组织内部的摄像头捕捉到了。此时，佑佐也已经抵达东京，收集到的信息越来越多，在他的特殊电脑分析下呈现出一个结论。尤左目瞪口呆地看着屏幕。
第六部分:真相只有一个。
杜松子酒和伏特加不知道去哪了，但我成功找到了柯南。原来地下有组织的火车，两人乘坐封闭的火车前往组织的“圣殿”。寺庙正前方是一面巨大的液晶墙，实际上展示的是前首相吉田的脸。他说话都带着一种凶狠的表情。秘密完全解开了:基德和他的父亲黑羽瞄准了宝石，不是因为它们有价值，而是因为其中一颗不是来自地球，而是来自银河系之外！它的特殊物质可以发出特殊的射线，改变细胞分裂和生长的方向，使细胞获得永生！为了在黑暗集团之前找到宝石，黑羽自己假装被埋在雪中，让儿子扮演小偷寻找宝石。但是基德一直没能找到它。因为宝石早已落入黑组织手中，也正是受到宝石光芒的启发，黑组织开始了“长生不老药”的计划。但是因为要合理释放宝石的能量，需要解特殊的方程组，设计高级的程序来计算光线的不同状态，所以组织在全世界招募了一流的计算机程序员。神吉田在屏幕上说的所有话都被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利人和其他人，每个人都非常惊讶。艾说:“别躲了，出来跟我们打。”“我怕他不出来。”柯南低下头，眼镜闪着银光，说了一句令人震惊的话，“因为他已经死了。”
第七部分:人类的战斗
柯南天衣无缝的推理产生了一个不可思议的结果:吉田首相早在五年前就去世了，而凶手正是此地的安全系统。也就是说，黑衣组织的最高心智，不过是这台具有人工智能的计算机，用一个效益-时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田笑着承认，他的身体确实因为心脏病而失去了功能，但他的大脑组织结构和DNA数据却完整地保存在超级计算机里。只要方程能解出，你就能重生。这时电脑突然显示雷的方程解出来了，重建吉田的工程开始了。吉田哈哈大笑，但相关机器突然爆炸了。还是胚胎状态的新身体被破坏了？原来是电脑AI自己下的这个命令，删除了吉田的所有数据。艾认为彻底统治黑组织才是利益最大化。这时，大厅的天花板突然裂开，地面升了起来。柯南发现他们实际上已经到了停在东京湾K的巨轮甲板上。原来，这艘巨舰作为黑色组织的大脑，长期漂浮在太平洋中央，利用通讯卫星操纵世界各地的成员。杜松子酒拿着枪站在甲板上迎接他们。
金扣动了柯南的扳机。
第八部分:江户川·柯南VS工藤新一。
艾停下射向柯南的子弹，倒在柯南面前，琴酒一步步靠近。飞船的自动排除系统启动了。目标是所有生物。琴酒被桅杆里的狙击枪一枪接一枪，直到心脏停止跳动。柯南挡住了Ai的去路，但幸运的是，他们的目标太小，无法判断。天色即将破晓，我微笑着拿出血粘丸，世界上唯一的APTX4869解药。
“柯南，我真的想永远和你在一起。但是我们没有机会。”艾握着解药的手，伸到了柯南的脸上:“吃吧。”“白痴！这个解药只要保存后分析就可以复制！”柯南抱住了艾。“不要。”艾突然大声咳嗽，瞬间把药塞到柯南嘴里。“你还不明白吗？”看着柯南不小心吞下了药丸，他慢慢笑了:“这是科学和推理都解释不了的问题！”当她闭上眼睛时，艾用只有柯南能听到的声音说:“这不是工藤新一。”。我爱的人是江户川·柯南。“‘丧’药和他的思想让柯南感到极度痛苦，他昏了过去。佑佐和小五郎突然灵光一闪。尤左终于找到了破解这台由科学和逻辑组成的庞大机器的银弹。
第九部分:银弹，我们的协议
人类战胜一切邪恶和恶魔的银弹是不可替代的“爱”。“爱”是科学和逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发出的银弹瞬间就被传送到了计算机中心。超级计算机最终因为计算溢出和无法模拟程序方法而崩溃。巨舰的爆炸装置五分钟后开始启动。心怡迷迷糊糊听到了熟悉的呼唤:“心怡！新一！”还有直升机的声音。一切都结束了:飞船在日出时爆炸了。新一坐在海边，看到了比太阳还耀眼的光。他心想，“江户川·柯南已经不在这个世界上了。他和艾去了他们的快乐花园。而我……”他转过头，看见兰流着泪站在他身后。“终于实现了，我们的约定！”一对新的兰花紧紧地抱在怀里很长时间。
辛屹突然看到一个年轻的侦探组站在远处的朝霞中。他习惯性地想跑过去加入大家，但脚步突然停住了。心怡慢慢转过身，用只有她自己听得见的声音说:“大家再见。”他慢慢走到人群的另一边，没有回头，咬紧牙关，泪水不禁模糊了他的双眼。突然掉了一大滴眼泪，然后更多的眼泪也跟着掉了下来。新一听到布美的声音，“再见，柯南。”
第二种类型:
(a)柯南和海原爱又一次逃脱了黑组织的追捕，他们在阿笠博士的家里回忆这几天发生的事情。足原提出，每次黑组都有机会杀死他们，但为什么他们一次次想尽办法逃跑？柯南已经隐约感觉到幕后的黑衣人组织出现了，或许就藏在他们身边。这时，密花街发生了一起武装抢劫，昏迷不醒的是毛利兰和他的父亲小五郎。柯南大惊失色，蒋木木的军官佐藤和高木也来到了阿笠博士的家中。根据现场传达的消息，绑匪的目的不是钱，不是更不用说珠宝，而是让柯南和海原爱交换人质，否则毛利父女的性命就保不住了。命是命的事。柯南和阿沙拉拿着博士新发明的道具，去交换人质。毛利父女安然无恙，小五郎只是被乙醚震晕了。只是柯南和足原已经从绑匪手中消失了。一个秘密通道里，四个人——两个绑匪，柯南和海原爱穿梭其中。一扇门打开了，光线照进了柯南的眼睛。他惊讶地发现，这个地方不是别的地方，而是柯南-工藤新一的家。第一个绑匪摘下了面具。是波旁，柯南的另一个黑人组织成员被朱迪老师多次警告，另一个绑匪也摘下了面具。实际上是工藤新一的母亲，Hiko！
(2)彦摘下柯南博士和足原给他们的道具，阿笠博士、佐藤、高木、牧牧等警察突然失去信号，感到焦虑。波旁拿出一条毛巾，擦去脸上的一层皮。工藤新一的父亲——工藤优作英俊的脸庞出现在柯南的眼前。柯南不敢相信眼前的一切，海原爱也傻眼了。柯南问他的父亲是不是这个黑色组织的真正头目，这是默认的，并解释说他为了策划这次抢劫，用了“波旁”这个化名来到这里。柯南不明白这一切是怎么回事。你习字拿出了APTX4869的解药。柯南和海原爱服用后，恢复了宫野志保和工藤新一的身材和面容。
尤左承认自己的所作所为吓坏了柯南，但同时也向柯南解释了这样做的目的:其实在17年前工藤新一出生之前，彦子的退役一直是一个令他不解的谜。后来根据彦子的资料，她在一次宴会上无意中听到，美国在想尽一切办法控制整个世界，但在亚洲，首先是征服日本。在不打扰他人的情况下，直言不讳的广子通知了佑佐，佑佐以各种便利将这一信息报告给了日本天皇和首相。首相据此密令，为了抵抗美国的侵略，他要和其他几个人一起帮助首相实施一项计划。只有少数人知道这个秘密:首相本人工藤优作，另外两个人是黑羽盗一和目暮十三。
(3)根据协议，首相负责最机密的部分，小偷——我通过他神奇的力量窃取所有可能的信息，目暮十三进入警察局(他已经是警察了，所以很方便)，工藤优作通过他小说家的身份行事。四方一致认为，如果一方被曝光，它必须消失。黑羽盗一在一次行动中意外暴露了自己的身份，被迫自杀，留下年幼的儿子黑玉去打仗。但快斗一直不知道父亲的真实身份，所以不知道。就这样过了十几年，美国迟迟不动，日本看似风平浪静，实则暗藏危机。工藤优作发展的黑色组织已基本成型。在他的努力下，有几个人决定终生追随这位杰作，即杜松子酒、伏特加、贝尔莫特、宫野明美等人。但在一个晚上，当优秀的黑人组织正在进行定期和定点接触交易时，工藤新一当场抓住了它。无奈之下，Gin听从了尤左的命令，将组织研发的毒药APTX4869给了一套新的西装。尤左伤心欲绝，却又无可奈何，于是为了避免组织一场大乱，他派出智商最高的杜松子酒和最烈的伏特加去跟踪新一。
阿笠博士的真实面目。
黑衣人的真正头目是阿笠博士·多克，他一直躲在他们周围。李.
事情是这样的，工藤优作怀疑并侦察了这个黑色组织。打着小说家的幌子秘密调查。发现一些蛛丝马迹后，他搬到黑组织头目阿丽家隔壁居住，从小培养心仪，为了打探一些信息，派心仪和阿丽相识。当阿里开始怀疑工藤父子时，他想出了一个致命的招数。他派金和沃克跟踪出去约会的小兰和新一。大家都看了第一集。其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，所以新一被他们变成了柯南。之后，阿里自然成了心怡的同伴和监护人，柯南实际上成了阿里手中的人质。当时辛屹父母第一次出场的那集其实是和阿里协商的，最后的结果是阿里勒索他们和柯南一起流亡瑞士。但是，再优秀的作品也不能告诉心怡真相，这让心怡有被欺骗和伤害的感觉。我只能答应阿里的要求，再也不回日本了，所以你看到的优秀作品只在103集回了日本，而且还是伪装的，所以阿里找不到。
事实上，APTX-4689是由阿里和海原艾的父母共同开发的，但在成功后，艾的父母意外去世。阿里让柯南活着只是为了看看这种药还有没有其他副作用。但是突然有一天，佑佐和雪子突然潜回日本，和柯南秘密接触，让他感到了威胁，于是安排了一个间谍时刻跟着柯南，也就是海原爱。人工智能实际上是APTX-4689的第一个实验。原始医学的目的是永远保持年轻。没想到事与愿违，产生了副作用，导致身材变小。柯南事件后，艾成为柯南身边卧底的最佳人选。为什么柯南从来没有被骚扰过，是因为柯南其实一直处于黑组织最厉害的老大的监视之下。毛利小五郎也从警察队伍中退休了，因为他找到了阿里。当时非里事件的枪击只是一个借口，所以后来穆基说毛利人总是把他们引入歧途。
第三种:小兰和媛媛逛街的时候偶然看到了琴酒，于是就跟着他，然后就消失了。在花园里寻找新一的帮助。新一吃了解药，根据贝尔摩的提示找到了兰。等兰被救出来准备逃跑的时候，药效已经差不多了，新一就要变回柯南了。这时，宫野志保出现了，用一个吻给了柯南第二剂解药。引起了小兰的误会。小兰冲了出去，新一和世保追了出去，但琴酒带着基安蒂酒、科恩和伏特加回来了。金命令基安蒂酒和科恩去进攻。智宝说了一句让新一吃惊的话。其实解药早就准备好了。开了两枪，新一把将智宝拉开(靠近她)，小兰原地不动。基安蒂酒和科恩摔倒了。Chong Yaang和Belmore出来了。这是赤井秀一，但它是。贝尔摩试图拯救她的天使。小兰误会加深，茫然逃离。金和赤井秀一打了一场激烈的枪战。新一不顾一切的去追小兰。水无怜奈告诉新一，兰误闯总部，被老板抓去做实验。辛屹赶到了总部，露出了真正的老板——宫野厚司。也就是世宝的爸爸。为了使妻子苏醒，他研究了药物。他杀了宫野明美，因为他怀疑她不是他亲生的。但他不知道自己做了骨髓移植。得知真相的老板和至宝崩溃了。但是boss还是想继续实验，然后kid出现了，拿走了关键宝石，导致实验失败。老板疯狂地按下了炸弹按钮。新君带着涉黑组织名单匆匆出逃。终于安全出去了。一心想要向小兰解释的心怡根本没有发现身后的琴拿着枪，心灰意冷的小兰却决定变成全新的怡和智宝，帮心怡挡下一枪。新一疯狂地喊着兰的名字。几天后，兰在医院醒来，发现心怡在床头呼呼大睡。辛屹醒了，跟兰解释了一下，然后说:“你给我血，我也给你血。我们身体里都流着彼此的血，这辈子都不能分开。”有人拍了拍她的肩膀，外面的世宝顿时松了一口气。她回头一看，是赤井秀一。医生查房时发现，一个女高中生的床上躺着一个11岁左右的女孩，旁边还有一个年龄相仿的少年。原来新的身体里抗体太多了。即使是完整的解药也不能让他完全康复。输了血的小兰也输入了毒素和抗体。就这样，两人都成了迪丹小学六年级的学生。智宝成了他们的化学老师。