魔术快斗 第Ⅰ卷
（发行日：1988年5月15日）
File.1（总File.1）复活的怪盗---------------TV 1 复活的怪盗
File.2（总File.2）警官云集------------------TV 3 公主殿下爱魔术
File.3（总File.3）装置了机关的心脏
File.4（总File.4）怪盗基德忙碌的假日----TV 2 怪盗基德忙碌的约会
File.5（总File.5）海盗船浮不起来
File.6（总File.6）绯红的诱惑---------------TV 4 魔女不流眼泪（部分剧情）
第Ⅱ卷
（发行日：1988年11月15日）
File.1（总File.7）跟他绝交------------------TV 6 圣诞夜在恋爱的滑雪场
File.2（总File.8）日本最不负责的总理
File.3（总File.9）我是首领
File.4（总File.10）不理解什么是大人-----TV 4 魔女不流眼泪（部分剧情，MK 4 融合两话内容）
File.5（总File.11）赌球少年
File.6（总File.12）扮鬼游戏
初期未发表作品（总File.13）桌球高手VS魔术师
第Ⅲ卷
（发行日：1994年10月15日）
File.1（总File.14）星战
File.2（总File.15）名侦探登场
File.3（总File.16）眼皮底下的怪盗
File.4（总File.17）红子的速递
番外篇（总File.18）铁剑VS快斗-----------柯南OVA 1 柯南VS 基德VS铁剑！宝刀争夺大作战！（有改动）
File.5（总File.19）蓝色生日----------------TV 5 命运的蓝色生日
File.6（总File.20）绿之梦
第Ⅳ卷
（发行日：2007年2月16日，中国为2009年2月）
File.1（总File.21）基德与水晶之母--------柯南OVA 4 柯南与基德与水晶之母（有改动）
File.2（总File.22）红色之泪
File.3（总File.23）漆黑之星（前篇）（或称为“江古田钟楼”卷）
File.4（总File.24）漆黑之星（后篇）-----柯南TV 219 名侦探大集合！工藤新一VS怪盗基德（上半集）；另有《魔术快斗》DVD版
File.5（总File.25）黄金之眼（前篇）
File.6（总File.26）黄金之眼（后篇）
File.7（总File.27）暗黑骑士（前篇）（或称为“黑暗之卷”）
File.8（总File.28）暗黑骑士（后篇）
附录（附录漫画&相关报道）
第Ⅴ卷（未发行单行本）
File.1（总File.29）怪盗淑女之卷（前篇）
File.2（总File.30）怪盗淑女之卷（后篇）名侦探柯南 Vol.16
File.6（总File.156） 邂逅
File.7（总File.157） 消失
File.8（总File.158） 迹象
File.9（总File.159） 对决---------------TV 76 柯南 vs 怪盗基德
Vol.20
File.2（总File.192） 快逃啊！
File.3（总File.193） 雪地之中
File.4（总File.194） 可疑的举动
File.5（总File.195） 探索
File.6（总File.196） 揭示真相----------TV 132～134 魔术爱好者杀人事件
Vol.30
File.4（总File.299） 聚集
File.5（总File.300） 惨剧
File.6（总File.301） 秘密谋杀
File.7（总File.302） 骗局---------------TV 219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德
Vol.44
File.7（总File.453） 奇迹
File.8（总File.454） 惊愕
File.9（总File.455） 战栗
File.10（总File.456）逃脱---------------TV 356 怪盗基德的惊异空中步行
Vol.46
File.7（总File.475） 封印
File.8（总File.476） 机关
File.9（总File.477） 神器
File.10（总File.478）不灭---------------TV 394～396 奇异屋宇的大冒险
Vol.53
File.1（总File.544） 红莲
File.2（总File.545） 金色
File.3（总File.546） 青岚
File.4（总File.547） 纯白---------------TV 469～470 怪盗基德与四幅名画 （伪装成高木警官）
Vol.55
File.2（总File.566） 热血侦探---------TV 479 和服部平次在一起的三天（出现过远影）
File.6（总File.570） 月下
File.7（总File.571） 黎明
File.8（总File.572） 白昼
File.9（总File.573） 落日---------------TV 472～473 工藤新一少年时的冒险（主要出现的是第一代基德——黑羽盗一）
Vol.61
File.1（总File.631） 紫红指甲
File.2（总File.632） 瞬间移动
File.3（总File.633） 三忌
File.4（总File.634） Zero---------------TV 515 怪盗基德瞬间移动
Vol.64
File.11（总File.674）铁狸
Vol.65
File.1（总File.675） 潜伏
File.2（总File.676） 解锁---------------TV 537～538 怪盗基德 vs 最强金库
Vol.66
File.5（总File.690） 妖怪仓库---------TV 571 妖怪仓库中的夺宝战斗（前篇）（江户川柯南在解释警视厅搜查各课的工作时出现过远影）
Vol.68
File.5（总File.712） 青龙
File.6（总File.713） 朱雀
File.7（总File.714） 白虎
File.8（总File.715） 玄武---------------TV 585 永恒的樱花之恋（后半部分）、TV 586 消失在黑暗中的麒麟之角、TV 587 基德 vs 四神侦探团
Vol.70
File.2（总File.731） 龙马
File.3（总File.732） 突破
File.4（总File.733） 洗涮---------------TV 627～628 柯南基德的龙马宝物攻防战
未收入单行本漫画
File.818 神秘列车（启程）（易容出现，另被园子提到）
File.819 神秘列车（隧道）（易容出现）
File.820 神秘列车（一等）（同上）
File.821 神秘列车（交叉）（同上）
File.822 神秘列车（拦截）（同上）
File.823 神秘列车（冒烟）（同上）
File.824 神秘列车（终点）（易容，以怪盗基德身份出现）