漫画版在剧情上也有很多变化。在动画版本中，她与使徒的第一场战斗发生在鱼天使Gagiel，当时她得到了Shinji Ikari的帮助。但在漫画版中，她独自打败了鱼天使加吉尔，只在影片简介中描述过。
她和Ikari Shinji第一次见面的场景也不一样。他们的关系也是系列故事的核心之一，在很多层面上影响着他人。在动画中，明日香和Shinji Ikari在theRainbow上空的海军航母上第一次相遇，当她与鱼天使战斗时，她也让Shinji进入她的驾驶舱。漫画中，明日香和Ikari真司在商场第一次相遇。当时她在玩一个娃娃游戏机，但是因为没抓到娃娃，所以撞到了机器上。
在对抗音乐天使Isis Israfel的时候，明日香并没有待在三户葛城的公寓里，而是和信二一起待在一个特别的房间里，被三户葛城用隐藏的摄像头监视着。
后来，与其中一个使徒战斗过的鸟天使Yaral，在他的内伤被挖出后，因为精神崩溃而住院。醒来后，我在开战机的时候拯救了我的灵魂，明白了妈妈一直在我身边，重拾了理智。
另外，在电视原版和漫画版中，明日香和绫波丽的关系并不好。因为明日香对自己要求很严格，认为开EVA是她表达自己的唯一方式，所以对凌波的顺从行为很反感，认为她只是一个“娃娃”，一个会听别人话的“娃娃”。
在新的剧场版中，明日香的性格更加柔和，懂得为别人着想，也愿意接受和别人在一起，和马来西亚美里坦白心事，感受快乐。不同于原来的电视剧版和漫画版，我对祝福没有爱情感情，渐渐喜欢上真嗣，也会吃醋。还有类似游戏改编漫画《Shinji Ikari育种计划》的校园爱情桥，和凌波的关系也越来越好。
三号机被派往日本开始试验，也是因为那天正好是凌波凌请大家吃饭的日子，而她去戴嵩的时候，收到了凌波凌的短信，表达对明日香的感谢。明日香自己说:“她是白痴吗？我就想自己开EVA！”。但因为三号机后来成为使徒，被体术双系第一号角机击败后身受重伤，被使徒污染(NERV向外界宣告了自己的死讯，真嗣被朋友害得很生气)，然后对真嗣的感情更加明显(包括嫉妒的心态)，但表情也相当暴力。