《火影忍者之风暴:极限忍者3之风暴》中所包含的故事，始于第一次六道派世界大战结束后的五影发布会，止于第四次耐力世界大战结束。
玩家将可以充分体验原著中的各种著名场景，如火影忍者vs尾兽与假面侠、五影vs宇智波麻原彰晃等。另外，火影忍者vs佐助等原创剧情会根据玩家的选择触发。
场景地图
语音玩家选择角色后可以选择一次场景，场景地图可以随意选择，没有限制。在一些场景地图中，玩家可以对场景进行一些破坏，有些场景有深渊地形。如果你坠入深渊，你会受到伤害。
游戏中的场景地图都是来自于《火影忍者》漫画原著和动画场景，比如木叶村、云阴村、五阴村以及一些荒凉的野外场景。