橘子被软禁在迷宫楼里，只有几个人能联系到她。于是过了四个月，志贵在圣诞夜放松了隔阂，与蜜橘和大枣相遇，亲吻，并发誓永远相爱。小学校长用柚香从自己的克隆体中找回爱丽丝后，实力越来越强。他控制了“Z”的首领作为他的克隆体，将组织完全掌握在自己手中。
意在让“Z”彻底占领书院，另一方面把凌生送进书院。他真正的任务是刺杀小学校长，夺回“Z”的头目。在凌生的演唱会上，明海突然出现，想杀小学校长，不想让他抓到冒名顶替的人。小学校长想用橘子，橘子却在房间里看到了野玫瑰的灵魂。
为了拯救野玫瑰和橘子，被打破的协议来到了外面，一场狩猎开始了。经过一番苦战，小泉和爱丽丝控制了小学校长，并向所有人承诺，他会把小学校长关在监狱里，直到他死。Persona尽力保护橘子赎罪，暴乱后离开学院。
垂死的枣子被萤火虫和其他人带走了。今井萤，她的哥哥今井，和她的哥哥被吞噬在时间和空间，以拯救枣穿越时间和空间。最重要的是，橘子失去了她所有的爱丽丝。在彻底失去爱丽丝后，她被告知要离开学院，抹去所有关于学院的记忆。失去记忆后，橘子回到爷爷身边，在当地上高二。
两年后遇见了赵无极等人，重新吸收了送给赵无极的橘色爱丽丝石，恢复了记忆。最后和小学校长大吵了一架。为了杀死小学校长，枣子用尽了能力，反复使用柑柑的能力也快用尽了。
最终，为了让枣子逃跑的力量失效，拯救枣子，橘子的爱丽丝能力彻底消失，变回了一个普通人。为了拯救枣树，竹川萤和野田决定回到过去，但破坏历史(过去)将付出严重的代价。橘子已经变成了普通人，不再有资格留在爱丽丝学院。
为了离开学院过平静的生活，学院的校长决定抹去文华在爱丽丝学院时的所有记忆。竹川萤最终决定牺牲自己去救枣子，于是枣子复活了，而竹川萤也不知道它消失在了哪个时空。失去记忆的17岁的橘子在爱丽丝学园又遇到了一群人，在枣的帮助下恢复了记忆。最后，橘子、红枣、刘佳和野田老师踏上了寻找竹川萤的旅程。
扩展数据:
一、动画简介
电视动画《爱丽丝学园》改编自日本漫画家樋口橘的同名原创漫画，由Group Tac制作，于2004年10月30日至2005年5月4日在NHK卫星2频道首播，27字(全文26字+总集24.5)。动画内容改编为第5卷，原故事在第23句之后。
二、漫画简介
爱丽丝学院(日语:ァリス学院)是由日本少女漫画家Higuchi Tachibana创作的漫画。这部作品讲述了佐仓柑橘，一个有特殊能力的女孩爱丽丝，和她的同伴们的校园故事。2002年开始在花与梦里连载，2013结束。该作品还被改编成同名电视动画。
参考资料:
百度百科-爱丽丝学院动画
百度百科-爱丽丝学院漫画