1986，三联书店恢复独立建制，沈出任总经理。他接手三联书店后，三联书店的经济状况有所好转，一本《论爱情》印了654.38+0.2万册。后来在港台出版的书籍，如《金庸全集》、《蔡志忠古籍经典漫画》等，使三联走上了更加多元化的道路，改变了武侠小说、漫画等书籍被主流文化羞辱的局面，使这些理论逐渐流行起来。金庸作品大量出版，《金庸全集》三联版也成为读者希望收藏的最佳版本。三联书店出版了大量优秀的人文书籍，如《陈寅恪的最后20年》、《黄仁宇作品系列》等。董秀玉是继沈之后三联书店的出版人。在她的主持下，出版了《陈寅恪文集》、《钱钟书集》和江洋《我们仨》等一系列高水平的图书。三联书店自成立以来，发展越来越多元化。然而，起初，三家商店共同经营杂志的传统仍在延续。读书杂志创刊于1979。《读书》一直是中国知识分子非常热爱的杂志之一，也一直拥有一批忠实的读者。这是同类出版物中当之无愧的佼佼者。此外，三联还出版了许多有影响力的杂志。
三联生活周刊，1995出版，定位为新时代发展进程的忠实记录者，被誉为中国的时代周刊。《爱乐》创刊于1993，是国内唯一一本口碑很好的古典音乐评论杂志。拥有高质量的乐评作家，深受古典音乐爱好者的喜爱。《竞争力月刊》创刊于2002年，是中国加入世贸组织后创办的第一份财经期刊。旨在独家调查、深度分析、客观评论，自创办以来颇具影响力。