佐助杀了大蛇丸，找到了鬼灯水月(再也没有砍头的弟弟，一个收刀的，从墓里拿出斩马刀给自己用，汗流浃背...而他的身体可以化为水进行侦查)、向琳(查克拉感知型，可以感知到有人从很远的地方靠近，而且某人的查克拉感知一次，甚至在一大群人里面，他就能立刻看出来他喜欢佐助。但一旦情绪失控，身体就会变异，脾气暴躁，无法自控。于是他主动要求大蛇丸把他关起来，却被大蛇丸利用提取体液，发明了咒文...他和君麻吕的关系非常好，他一开始并不想跟随佐助。后来他提到了君麻吕，然后他跟着佐助...好人)建立“蛇”组织。目标是找到并杀死这只雪貂。
佐助等人见到了迪达拉。因为臭鼬一开始就打败了迪达拉，所以迪达拉也很讨厌佐助(迪达拉认为自己的忍耐力是最完美的艺术，但是被沙林甘轻易打败，所以会难受~)。佐助与迪达拉战争。迪达拉先后用C1、C2、C3和C4引爆粘土，但都在协助下解体。最后，迪达拉用最后的粘土把自己炸了，希望能和佐助在一起。但是佐助在万蛇的帮助下逃到了其他地方。
佐助发现了那只雪貂，并与之搏斗至死。最后佐助打败了雪貂。(大蛇丸在佐助法术的帮助下跑龙套，却被臭鼬杀死...o (╯□ ╰) o)
死之前，臭鼬假装拿走了佐助的眼睛(佐助当时已经筋疲力尽了，身体也动不了了)，但还是像之前一样，轻轻拍了一下佐助的额头(把万花筒递给了沙林甘给佐助)，然后就倒下了。我死的时候在演戏...........................................................................................................................................................................
阿飞把佐助带走，并告诉他真相:阿飞的真名叫宇智波马达拉，他是与第一代霍颖同时代的宇智波家族的首领。木叶刚建立的时候，要选一个首领治理村子。以为首的千手氏和班为首的内比都是当时最强的两个家族。但最终千手战队战胜了内广战队。千手柱间成为第一代霍颖。后来班不服，发动了对木叶的战争。最终在末日谷(也就是佐助离开第一部时和鸣人战斗的地方，两个雕像，一个是第一代，一个是斑)和第一代战斗，最后斑被打败。人们以为斑点狗死了，其实斑点狗逃走了，成立了萧组织。九尾在第一部电影开始时的样子是干巴巴的。但是木叶认为是村里的内广家族为了报复才这么做的(只有夏林根能控制九尾)。
木叶一直盯着臭鼬，让它成为木叶监视内波氏族的间谍。与此同时，内广的家人也注意到了木叶的怀疑，同时看好雪貂，让它替内广监视木叶。雪貂被夹在中间。最后为了救佐助，全家被灭(不然他，佐助，全家都得死。在第一部中，臭鼬的回归，表面上是为了抓九尾，实际上是警告木叶不要对佐助轻举妄动)。
佐助想起之前和哥哥的回忆，后悔不已。将“蛇”改为“鹰”。目标:摧毁木叶！(被现场使用.......................)
想解开佩恩的真实身份，独自潜入萧的组织，却发现佩恩原来是他的学生！
世界大战初期，弱雨在地理上夹在大国中间，自然成为理想的战场。长门弥彦(带眼球旋转，是一种可以使用任何忍耐力的瞳孔手术，最强的瞳孔手术！但那时，长门和小楠在战争中失去了家庭，成了孤儿。自来也见他们可怜，就收他们为徒，教他们如何忍耐。
天道佩恩是弥彦！但是弥彦没有往返票(世界上只有长门有往返票)，但是天道佩恩有往返票！而且，另外五个佩恩也有圆眼！而且，他们的眼睛其实是连在一起的——一个人看到的，其他五个人也会同时看到！
小楠也在组织！
自来也问佩恩他的目的是什么。佩恩回答说:集合九个尾兽，创造一种比核武器更强大的武器，以暴制暴！！！
后来，自来也发现除了天堂之外的其他五个佩恩以前都和自来也打过仗，但最重要的是，他们都死了！！！
自来也杀死了一个佩恩，但他寡不敌众，面临死亡的威胁。但如果他这时候撤退，他的努力就全白费了。他想到了自己一生的失败:没能留住大蛇丸，而最喜欢其他东西的纲手却偏偏喜欢大蛇丸...最后，自来也以生命为代价破解了佩恩的真实身体。他召唤出深渊蛤蟆，用最后一个脉轮在蛤蟆背后写下一串密码，让蛤蟆带回木叶...
自来也想起了蛤蟆长老的预言(蛤蟆长老的预言准确率是100%):自来也的一个徒弟将改变世界！佩恩？还是火影忍者？自来也慢慢沉入水底。
卢万等人破解了密码，但一直破解不出来。最后，鸣人发现密码中的第一个符号不是“9”，而是“Xi”(自来也一贯写法，“Xi”长得像“9”，自来也的《知心天堂》就是这么写的。只有被自来也逼着看了一天《亲密无间天堂》的鸣人能看到，可见自来也的用心...)，从而破解密码:没有真人！
佐助和小合作，小组织去抓，鹰组织去抓八公。
八尾柱力是雷英的弟弟。超级强大，可以控制八尾，直接召唤八尾，骑在八尾上！牛b！而且可以同时用八把剑(含在嘴里，夹在腋下，腿上有成吉思汗)！(八公不是八尾大蛇，是牛头八爪的怪物~ ~ ~岸本混蛋！耍了我们~ ~ ~ 55555555555)佐助等四人使出浑身解数去抓八公。然而，当萧组织八公封印时，却发现佐助等人抓到的“八公”不过是八公的一只爪子(战斗中，佐助砍掉了八公的一只爪子，那是唯一的空位，八公做了开关，强！)……
八尾柱力rz =з八尾流浪儿到天涯...但是雷音认为八尾被佐助抓住了，而雷英(巨人...一只胳膊和普通人的身体一样粗...........................................................................................................
为了保护鸣人，同时让鸣人变得更加强大，成为一只深渊蛤蟆，他把鸣人带到了蛤蟆的世界——妙木山，并传授鸣人魔法。使用魔法，你可以不断吸收自然能量，但如果自然能量过多，你的身体会变成蟾蜍，然后变成化石...
经过一番努力，鸣人终于练就了魔法，眼角出现了小红点(像自来也，但自来也在下巴~ ~ ~)。
萧组织又得到一具女忍者的尸体，来代替被杀死的佩恩，去攻打木叶。
卡卡西，哑巴，和深蛤蟆得到了一顿午餐...卡卡西也见到了他的父亲...木叶遭受了重大伤亡...
佩恩用罗田的标志把木叶变成了废墟。
……
木叶丸居然会转药丸(鸣人教的...)，而且他还用螺旋丸杀死了一只佩恩通灵兽...
关键时刻，鸣人出现了。
鸣人又变成了九尾。在九尾即将出现的时候，四代(只有查克拉，他在封印九尾的时候把自己查克拉的一部分封印在鸣人的体内)出现了，告诉鸣人鸣人是他的儿子，并帮助鸣人重新封印了九尾，然后消失了。
鸣人用魔法和螺旋手里剑打败了六个佩恩，并找到了佩恩的实际操纵者——长门。
长门向鸣人讲述了自己的遭遇:自来也收长门为徒并离开后，长门成立了一个以维护和平为宗旨的组织。弥彦是队长。然而，半藏(老板余音)害怕他们势力壮大后会对自己造成威胁，所以他与团藏联手镇压长门等人。长门等人寡不敌众。为了保护长门和牡丹，弥彦自杀以换取半藏的退出。但在弥彦自杀后，半藏仍然没有撤军。长门爆发了！他召唤异教徒魔像(召唤异教徒魔像是有代价的。当异教徒魔像出现时，他们在长门背后放置许多管子，不断吸收长门的能量。当鸣人看到长门时，长门瘦得皮包骨...)，杀了所有人，但半藏和团藏跑了。
从那以后，长门从维护世界和平变成了毁灭世界。
鸣人决定影响长门。他提到了自来也。自来也老师想要和平！看着执着的鸣人，长门想起了以前的自己。最后受鸣人影响。事实上，蛤蟆长老预言中的预言之子既是鸣人又是长门。
长门用他最后的力量复活了所有在战争中死去的人。
伤心牡丹带着、的遗体离开了，再也没有参加过萧组织的任何活动。
萧组织损失惨重，暂时撤退。
纲手在战斗中使用大量查克拉治疗伤员，身体极度老化，因此暂时取消了霍颖的参赛资格。
团臧成了霍颖的六代(阴谋...)，把佐助定义为叛逆，并称五影(土英，一个老顽固，有一颗大豆子；女，长相清秀，但无论说什么都会想到“婚礼要取消”)召开会议，讨论如何对付萧组织(阴谋.........................)，而且群内还有sharingan(止水)。
佐助在大吵大闹，与、我爱罗、特马里、等人大打出手。佐助用天照进行全身防御和攻击。雷英为了给哥哥报仇，不顾天空拍照的危险，牺牲了自己的左手倒在了地上！
我爱罗的绝对防守还是那么牛逼！佐助用的是须山野的忍者技能(只有sharingan里有两个眼镜的人才可以用)。真正的绝对防御！臭鼬跟佐助打得你死我活的时候用过一次)
鸣人试图在五影大会上要求五影赦免佐助(这似乎有点天真...还好有卡卡西和大和陪同，还有赛帮忙)。
卡卡西和大和联手抓点点。
斑告诉卡卡西和大和，鸣人和佐助的对决是命运，是命中注定的(六道仙人悟出忍术的时候，把外在的力量和内心的爱分别传递给了两个儿子。并把座位让给了有爱的弟弟。作为长子，哥哥不服，和弟弟对质。后来弟弟的后代是千手氏族，哥哥的后代是内七波氏族。鸣人继承了第一代鸣人的意志，佐助要为内广报仇，所以是命运的对决。
最后，点点跑了..............
班来到国会，说出了他的阴谋:他想聚集九个，合成十条尾巴，但他想把十条尾巴封在自己的身体里，成为一根十尾之柱。此外，他想利用月亮作为媒介，创造月亮之眼，在整个地球上发射月读，控制全人类！
当时，六道仙人抓住了十条尾巴，并创造了封印术，将十条尾巴封印在他的体内。当六道仙人死后，为了防止他死后十尾从他的身体中逃脱，六道仙人将十尾中的查克拉分成九部分，分散在周围，也就是现在的九个尾兽！并把十尾巨大的身躯抛向天空，也就是月亮！焦急...
到此为止，就这些~ ~ ~哎，累死了.......................................................................................................................................................