幽灵旅馆的推理对决（TV646~647）
FILE.768 截拳道
FILE.769 和小鬼一样是侦探
FILE.770 世良的糊涂推理
新人物登场：截拳道实力超群，外表与秀一相似的豪放侦探；貌似识破柯南的真实身份，转入小兰班中，竟是女生！
侦探事务所笼城事件（TV648~650）
FILE.771 让我听下名推理
FILE.772 绰号之规则
FILE.773 有狙击的可能！
FILE.774 没有被翻过的书
世良与柯南联手化解危机；小哀进入世良的视线；
博士的视频网站（TV656~657）
FILE.775 视频网站
FILE.776 罐子与猫
FILE.777 步美的痕迹
世良发现了冲矢昴，删掉了小哀在博士的网站上的照片，意义不明
柯南VS平次 东西侦探推理对决（TV651）
FILE.778 到底谁才是名侦探？
FILE.779 小阿部
FILE.780 魔法料理
久违的特别篇，平次与柯南的推理对决，FBI诸人与世良见面觉得似曾相识，唯独詹姆斯看出世良女生身份，关系微妙~
FILE.787 小五郎是好人
侦探们的夜想曲（TV671~674）
FILE.796 相约科伦坡
FILE.797 扭曲交错的谎言与谜题
FILE.798 侦探们的夜想曲
FILE.799 孩子的好奇心和侦探的探究心
FILE.800 立体交错的思绪
柯南被绑架，世良真纯，冲矢昴和安室透同时上演精彩追踪；灰原哀在对三人的组织反应，回想起秀一的诺言；结尾组织出现，贝姐亮相，波本的真实身份就隐藏在三人之中！
File.6（总File.801） 从来不笑的人
伤疤男又一次亮相~让世良失神的“从来不笑的人”；小哀的回忆，冲矢昴和赤井秀一间又有什么联系？
工藤优作的未解决事件（TV690~691）
FILE.812 工藤优作的未解决事件
FILE.813 金一君
FILE.814 你是柯南没错吧？
推理小说家工藤优作十年前放弃调查的案件······命案现场一个用鲜血印下的“死”字为何让新一父子十年前得出相反的结论？十年后“死”印再现，为了查案在工藤宅“撞破”冲矢昴的世良真纯，却意外发现了“别样”的真相······十年前的真像竟是······一查起案件就不顾一切的柯南，到底还是让冲矢昴用计知晓了真实身份······
宫野志保 灯下的孤影
FILE.815 自己的地盘◆
FILE.816 绝境的烽烟◆
FILE.817 灯下孤影◆
灰原哀为了救困在火海中的少年侦探团，吃下解药变回宫野志保；却被孩子们拍下来，影像被组织得知······小哀危险了！
神秘列车
FILE.818 神秘列车（发车）◆
FILE.819 神秘列车（隧道）◆
FILE.820 神秘列车（一等）◆
FILE.821 神秘列车（交叉）◆
FILE.822 神秘列车（拦截）◆
FILE.823 神秘列车（排烟）◆
FILE.824 神秘列车（终点）◆
一趟神秘列车，各路人马纷纷登场；除了三大最新的主线人物：世良真纯，安室透，冲矢昴；还有GIN和贝尔摩得等人，目的是：铲除叛徒sherry！灰原危险了，柯南和各方助力惊险行动，最终怪盗基德化妆成宫野志保躲过了波本的击杀······
世良真纯已经正实是赤井秀一的妹妹，但是其余的身份至今不明。
安室透已经正实是组织的高层人员波本。一直以来酷似赤井秀一的“伤疤男”也是他假扮的。为的是让真的赤井秀一现身。
早就登场的冲矢昴也参与了此次主线，并且睁开了眯眯眼——就是赤井秀一的眼睛。但是他到底是谁还没有给出明确答案。
消失的赤面人鱼
FILE.828 泡沫◆
FILE.829 拟态◆
FILE.830 脱皮◆
FILE.844 今日水果◆
FILE.845 我们的领域◆
FILE.846 魔法锁◆
世良真纯的秘密逐渐揭开，844话，845话中都有证据表示新一和小兰之前很有可能见过世良真纯（柯南对她的小虎牙很熟悉，小兰觉得在海边见过她）；在846话的最后柯南悄悄的问世良：“你和我在哪里见过吗？”揭开了File.844中柯南的疑问。但世良的心里想：“很抱歉，那可不能告诉你哟，现在还不是时候……”不仅表示世良可能见过新一，而且世良知道柯南身份的可能性增大，更很可能了解柯南更多的秘密。
我看过全部柯南动画和漫画，剧情提要是我自己归纳的；
希望可以帮到你！满意请采纳~有问题请追问~