以下是个人理解和总结，简而言之:
首先，很久以前，张子濒临死亡，死亡的标记出现了。塞库洛停止了她的时间，使得她在死前一刻死去，但她永远不会死。这破坏了自然死亡的世界规则，世界的平衡开始动摇。
王菲希望超越库洛，消除张子的死亡印记，扭转她死亡的现实。于是我开始了一系列计划，彻底改变“人死后不能复活”的世界规则。
之后，真小狼听从父母的安排，去了九楼国，在那里遇到了真木本樱。
在木本樱仪式的最后一天，王菲出现并在木本樱的尸体上刻了一个死亡标记(就像张子的一样)。当印记变大，布满全身，木本樱就会死去，萧郎留在九楼国，寻找拯救木本樱的方法，但是没有找到。木本樱快14岁的时候，封印上线了。
小狼想扭转现实，向张子许愿，让时光倒流回到七岁，代价是失去自由，被囚禁在王菲。
时光倒流也产生了很多矛盾。不合时宜的小狼的空白，产生了4月1日君勋的存在，所以他们的存在是一样的。
抚子的母亲，知道木本樱的死亡标记，被世界纠正，消失了。为了补救，库洛离开小可和岳，前往九楼填补木本樱父亲的空缺。龙腾的父亲成为了一名考古学家，并收养了一只克隆狼。
历史已经改变了。七岁生日的时候，木本樱没有遇到王菲，也没有被刻上死亡的印记。遇见克隆狼，长到14岁。
飞行国王创造了黑钢和费伊童年的悲剧。
随后的发展延续到第一卷，木本樱失去羽毛，一群人开始旅行。
到了183，小狼、黑钢、法耶在时间的缝隙中回到了九楼国，在木本樱被印记吞噬之前的废墟中停留了片刻。
决战结束后，两只小狼合力刺死了王菲，用魔法打开了连接王菲所在位置的通道，把眼睛还给了费伊，被复制的小狼被打碎消失了。
犯了，只会消失不会死，于是张子利用自己完全消失的机会，将小狼转移到了自己的梦境中，并召唤出了同样被转移的副本木本樱。给他们重生的机会。
在竭尽所能之后，张子被马克吞噬而死。
重生的木本樱狼在香港相遇，婚后生下的孩子才是真正的狼，并在狼7岁时被引导至九楼国。
这就构成了一个封闭的圈子，复制的两个人就生出了真正的小狼。小狼去九楼村后的选择和决定造就了复制的两个人。
经过多方努力，王菲的计划失败了，两对奇诺莫托樱狼一起打破了封闭环。
复制的二重奏成为记忆的羽毛，融入本体。
萧郎的父母(复制的两个)消失后，同源的萧郎和4月1日就不可能出来了。
生活会被世界抹杀。
为了回到这个世界，他们付出代价，成为与任何世界都无关的局外人。4月1日，他们必须待在店里，而小狼不能经常待在同一个地方，只能继续旅行。
木本樱知道如果和他一起去，会让小狼的旅途很辛苦，所以他选择留在九楼国。
黑钢、菲伊和摩可拿决定和小狼一起旅行。
这是整篇文章的结尾。
不知道有没有说清楚，希望能帮你理解。
Ps:涉及时间旅行的故事在逻辑上相当混乱。毕竟存在“奶奶悖论”。夹钳处理得很好。不要想的太复杂，理解就好。