回到木叶后，赛留在了7班，并要求团藏保留自己的名字“赛”(因为这次任务临时取了这个名字)。并且开始学习人际关系(汗)，想和鸣人以及他们和睦相处。七班去医院看卡卡西，把赛介绍给卡卡西。卡卡西决定训练鸣人的新技术，这是一种“自然变化”的技术。训练中要求鸣人使用自己的影子分身，让他在一周内学会别人几年才能学会的技术，而在此期间，他还需要唯一能克制九尾力量的河流的帮助。
与此同时，萧的成员们还在积极地收集，有两三条尾巴已经落到了他们的手里。木叶的火神庙也被飞段、焦度和觉觉洗劫一空，十二守护者之一的住持已经牺牲。同时，阿斯玛前往三代墓祭祀，暴露了他十二忍和三代子的身份。鸣人经过测试，知道自己的属性是风，于是找阿斯玛学习同属性的训练技能，得到了阿斯玛的指点，受益匪浅，继续练习。铁手还集结了包括阿斯玛、卢湾在内的新队伍，参与追捕洗劫火神庙的萧成员。
鸣人终于可以用风属性切叶子了。卡卡西让鸣人继续练习切瀑布，大和做了瀑布给鸣人练习。这个高难度的练习花了鸣人很多时间。晚上，毫无进展的鸣人辗转反侧，回想着佐助的近况，忍不住起身继续练习。第二天卡卡西发现鸣人已经练成功了。。。
阿斯玛带领的队伍到达了火之神殿，但是没有发现大地的尸体。同行的和尚告诉阿斯玛，这块地的人头值3200万，应该是萧成员用悬赏金换来了这块地的尸体，并提醒和这块地一样也是“十二护卫奶妈”的阿斯玛要小心。阿斯玛轻松地笑称，自己的脑袋比土地还值钱五百万两百万，轻易放弃也不会容易。只有鹿丸能从她的眼睛里看出阿斯玛的内心并不轻松。之后阿斯玛命令几个小队前往黑市交易点，自己和卢万组成的小队前往最近的交易点追查小何的尸体。。。
练习结束后，卡卡西邀请鸣人吃拉面(其实卡卡西最后是以他的“好口才”邀请了大和)，并告诉他以后会有新的练习。演习中，卡卡西告诉鸣人“螺旋丸”的秘密，这是一门四代未完成的艺术。四代一开始创造它是为了把“形态变化”和“性质变化”与自己的属性结合起来，但没有成功。卡卡西也是，虽然他也能“螺旋丸”和“瑞秋”，但他不能把螺旋丸和瑞秋结合起来。卡卡希望鸣人能完成这个四代都无法完成的技能——甚至是不可能完成的，也相信鸣人能完成。启发鸣人继续练习。。。
阿斯玛带领的队伍到达了火之神殿，但是没有发现大地的尸体。同行的和尚告诉阿斯玛，这块地的人头值3200万，应该是萧成员用悬赏金换来了这块地的尸体，并提醒和这块地一样也是“十二护卫奶妈”的阿斯玛要小心。阿斯玛轻松地笑称，自己的脑袋比土地还值钱五百万两百万，轻易放弃也不会容易。只有鹿丸能从她的眼睛里看出阿斯玛的内心并不轻松。之后阿斯玛命令几个小队前往黑市交易点，自己和卢万组成的小队前往最近的交易点追查小何的尸体。。。
练习结束后，卡卡西邀请鸣人吃拉面(其实卡卡西最后是以他的“好口才”邀请了大和)，并告诉他以后会有新的练习。演习中，卡卡西告诉鸣人“螺旋丸”的秘密，这是一门四代未完成的艺术。四代一开始创造它是为了把“形态变化”和“性质变化”与自己的属性结合起来，但没有成功。卡卡西也是，虽然他也能“螺旋丸”和“瑞秋”，但他不能把螺旋丸和瑞秋结合起来。卡卡希望鸣人能完成这个四代都无法完成的技能——甚至是不可能完成的，也相信鸣人能完成。启发鸣人继续练习。。
结果，阿斯玛遇到了焦度和飞段...萧的恐怖结束了，阿斯玛死了...萧被老板叫去了，退缩了...
鸣人还在练新忍术...
“萧”组织了一次大会...老板“零”通知了所有参加会议的同志他的目标——征服世界...对了，大家把缴获的二尾和三尾封了~ ~会后，焦度和飞段回到木叶找九尾~ ~
鹿丸、定二、和卡卡西组成一个小组去找焦和费报仇！鹿丸智商爆炸！成功破解了焦度的诅咒。但是体力不支，形势吃紧...卡卡西处境不妙！焦度这个怪物极其变态。它有五颗心，可以使用忍术的全部四种属性。这家伙曾经和第一代霍颖交过手，实力超群(犄角能把别人的心占为己有，简直神仙...看到卡卡西的生命危在旦夕...鸣人，大和，木本樱，赛都参加！！！！风逸螺旋丸的修炼才刚刚开始！！最后，飞段被卢湾杀死，所有的角都死了。去阿斯玛坟前，卢湾答应洪，要来教育阿斯玛和洪的孩子。
木叶得知佐助杀了大蛇丸，但鸣人也得知佐助不会回来了...(为了杀死雪貂)。
于是第七、第八班展开了对左的搜寻。
佐助成立了“蛇”队，杀死臭鼬和香磷、和水月，并开始寻找萧。
萧也得知大蛇丸已经死了。
于是三股势力开始行动。
首先，佐助遇到迪达拉和阿飞队，佐助单挑迪达拉。这还没有结束，但佐助的生命危在旦夕，查克拉耗尽，迪达拉使用自我毁灭，迪达拉已经死了。神秘阿飞下落不明，佐助利用蛇脱身，但蛇死了。过程相当奇妙。
另外，萧的零和玉终于出现了，零是村的。然而，与四代不同的是，杰德亲自逮捕了九尾，我不知道鸣人的命运是什么。
那个黑影就是萧组织的真正老大，扮成了后来的庞克，本名宇智波马达拉，可以对抗第一代的超能宇智波天才。是山谷尽头的两座石像之一。
鸣人，他们也是靠牙齿的嗅觉和自己的影子来搜索。鸣人居然遇到了臭鼬。臭鼬说他不是来抓他的，问他为什么对佐助那么执着。鸣人回答道:“比起你，我更把佐助当哥哥。”臭鼬大吃一惊，像乌鸦一样消失了。在一个黑暗的空间里，臭鼬遇到了佐助。佐助打了臭鼬。臭鼬说他比以前更糟了，但他仍然产生幻觉。他让佐助一个人去内波府解决恩怨，翔磷、和水水随后赶到。
木叶，自来也告诉纲手，他将独自去调查这个基地。他们去喝酒了。临走时，纲手告诉他要小心，要谈谈过去。博峰是自来也的徒弟，博峰是卡卡西的师傅。他当卡卡西老师的时候很厉害。因为他的金色头发，他被称为“金色闪电”。成为霍颖之后，他被称为历史上最有才华的人。他是鸣人的父亲。
漩涡久丝奈是一个来自漩涡之地的女忍者，一个红头发的女孩。她的性格就像一个说话粗鲁的“女孩”，看起来像一个“男孩”，是鸣人的母亲。
自来也到达了于人村，这是一个秘密基地。他在明知山椒鱼半藏被佩恩杀死，木叶三仁被山椒鱼半藏封印的情况下，假装开酒店，在雨村设置了两个忍者。用生命的意义来封印它。但肖老板知道，他打算找出潜伏的。
鸣人的二重身找到了佐助，但佐助分手了，他们却渐渐接近了佐助的队伍。
宇智波麻原彰晃感叹佐助这次会变成什么样。牡丹遇到自来也，他变成了一个潜入基地的人。牡丹是他的老朋友，他应该是自来也的徒弟。佩恩已经改变了他的身体，他也知道自来也...？
原来，牡丹是自来也的徒弟。自来也以为她已经死了，但现在她被于人称为天使大人。长门和弥彦(他们三个一直在一起)也是他的弟子，谣言已经不攻自破。他们是自来也曾经从大蛇丸那里救出的孩子。(大蛇丸想杀了他们)小楠，他们小时候第一次出现在三仁面前。他的父母都死于战争。弥彦向三仁要食物，并确保三仁不是坏人。然后他把小楠和长门叫了出来。其实他们是想向三仁学习忍耐力。小楠用一张纸折了一朵花。自来也带他们进去，他们一起吃饭聊天...弥彦说他讨厌下雨，发誓要保护每个人。
后来出了问题。在抢劫弥彦和长门时，银燕的任重反而被长门杀死了。自来也在牡丹的带领下赶去一看，长门也受了伤。长门抬起头，自来也看到了那双波纹眼睛(佩恩的眼睛)。自来也猜想是这样.....
长门的眼睛，原来是传说中的眼睛。圆眼，六道仙人，在自来也的嘴里，我们听到了两个闻所未闻的名字，忍者的始祖，以及所有忍术的发明者。
圆眼睛、sharingan、白眼的能力，似乎是三瞳术，而圆眼睛是三瞳术中最高不可攀的一种。
在门外，长门和自来也在谈话。他说他会永远保护弥彦和牡丹。
在那之后，长门拥有了六个不可思议的脉轮属性，并学会了自来也教授的所有耐力技能。然后，自来也告诉长门他们三个，他要回木叶。
回到现在，佩恩突然出现，自来也说外貌变得面目全非，没有正常的成长，但还是可以辨认的。佩恩说自来也只是一个局外人，然后他开始战斗。自来也站在召唤出来的蛤蟆剑上，准备启用神仙模式。佩恩还用召唤术召唤了一只巨大的狗。可以把狗分成几个头，分别攻击。自来也想知道为什么精通所有忍术的佩恩只使用召唤术，而不愿意自己动手。后来，自来也召见了两位神仙，他们是夫妻。他们称自来也为男孩。看起来他们很老了，应该比文泰还要老。自来也称他们为老板。两位神仙说，自来也没有使用神仙模型，因为他认为这破坏了形象。自来也的新形象是什么？只出现了三个影子。......