舞台是1998的京都大学，主角是一个16岁的女孩，她是凌的学妹，也是东岳的学生。女孩成绩优异，连续跳两级进入大学，成为留英考生。对魏有好感，有什么要求就告诉魏。善意只笑着把眼镜送给她作为留学礼物，然后把女孩的头发梳成一对马尾辫。最后，我在相互的祝福中离开了日本去英国留学。而女孩的名字叫“真河马玛丽”。故事从NERV伯大尼基地开始，甄锡伯驾驶EVA临时五号与第三位鱼形使徒对决。由于机体机动性差，经过一番苦战，甄锡伯在5号机爆炸前及时摧毁了使徒核心并弹射出插头，取得了胜利。
然后我奉命跳伞进入日本，在学校楼顶遇到了Shinji Ikari，却不小心掉了眼镜。我俯身捡起我的眼睛，闻了闻信治的脖子，发现了LCL液体的味道，得知了信治的NERV身份。
真嗣离开NERV后，第十个使徒来了。比如在SEELE或者欧洲分部的指挥下，甄锡伯重启了封印二号机，用各种枪械和刀具进行射击攻击和近距离劈砍的战斗。无果后，他启动了2号机的放兽装置，但在突破第十使徒的AT力场时，左臂和右腹部被第十使徒的手刃切断，右脑也被切掉。后来，配备了N2弹头导弹的EVA Zero被帮助突破了使徒的AT力场。随着使徒进化为保护核心的机关，突袭失败，零号与飞行员绫波丽一起被第十使徒吞噬。
2号机撞地时遇到了在战场附近避难的Shinji Ikari。镇西博在2号位面鼓励了Shinji Ikari后，他知道如何把Shinji带到安全的地方。真嗣看到地面上的可怕情况，决定再次驾驶伊娃。真嗣的执念唤醒了号角机，歼灭了使徒，救出了李，却引发了第三次休克。故事发生在十四年后，甄锡伯加入了桂城美佐藤领导的威乐。片头演职员表一开始，开着EVA 8号和EVA 2号的明日香在近地轨道回收小号手。
凌波力驾驶EVA 9号偷袭WILLE的Wunder战舰抓捕Shinji Ikari时，镇西波驾驶EVA 8号迎敌，用机枪向9号头部射击，但Shinji还是被凌波力带走。
意识到NERV的伊娃行动，镇西波驾驶伊娃8号和明日香驾驶伊娃2号攻击中央教条区。在2号机驾驶EVA 13号与Shinji Ikari和Kaworu Nagisa的战斗中，负责掩护2号机牵制凌波力驾驶的9号机，并为2号机提供备用动力。当13号机认出地图，拔出莉莉斯骷髅上的龙津斯之枪时，通过射击阻止了它的动作，但无果。13号机第四次撞击后，为了阻止魂之门，13号机被拖回地面，信二的船舱从13号机中被取出。