《神奇宝贝特别篇》的日文版在日本国内漫画市场多次表现优异。 英文版《神奇宝贝特别篇》的第一册登上了美国亚文化领域业界情报网站ICv2“2008年4月绘画小说前20名”榜单。 《神奇宝贝特别篇》赢得了2009年第一届尼克国际儿童频道连环画奖“最受欢迎的漫画系列”奖。 Media Factory出版的综合文艺杂志达芬奇发起的读者投票，其中，在最想看到动画改编版的漫画作品中，《神奇宝贝特别篇》位列第三。
ICv2的评论家尼克·史密斯给予了漫画3.5星的评价（满分5星），并称漫画中的一些部分使得其比动画作品更加有趣，例如火箭队的登场、皮卡丘叛逆的性格等。尽管他指出漫画中的暴力元素比动画中要多，他还是向所有年龄段的读者推荐了《神奇宝贝特别篇》。 Active Anime的斯科特·坎贝尔给出了相似的评价，并表示自己喜欢漫画中的小智和动画中的小智相比拥有能力和性格上的诸多不同，这使得漫画中的小智看上去更加有趣。作品的作画被描述成“有些矫揉造作、有些滑稽、但依旧是高质量的作品”。
2011年8月6日，单行本第14册在发行的第一个周末登上了《纽约时报》最畅销的漫画榜第十名。
神奇宝贝股份有限公司首席执行官石原恒和说：“我期望每一位神奇宝贝迷都能欣赏这部漫画！”