来到基础次元的游斗某天遇到了正在找泽渡慎吾算账的柊柚子并把柚子误认作是黑咲琉璃。游斗对柚子说“不想再让你受伤”，然后代替柚子跟泽渡慎吾进行了决斗。虽然卡手但因预计到对方的行动而把手卡全盖上场，固然泽渡将其盖卡全部破坏掉，游斗发动墓地的魔法卡效果变成怪兽挡下了泽渡的攻击，而后用剩余的2只怪兽重叠进行XYZ召唤，召唤出“暗叛逆XYZ龙”将对方击败。其决斗造成真实的伤害冲击，游斗的护目镜被划破，看到游斗的脸后柚子把游斗误认作是榊游矢。真正的榊游矢的赶过来时，柚子的手镯突然发挥光芒把游斗传送走 。
游斗一直在暗中观察着柊柚子，在柚子向紫云院素良请求学习融合召唤时被素良发现，二人干起了架来，相互确认了对方不是基础次元的人。这时LDS的学生光津真澄乱入，要求跟游斗决斗，然后榊游矢跑过来，柚子的手镯再次把游斗传送走 。
游斗再一次暗中观察柊柚子，柚子在练习融合召唤时因把融合怪兽放在主卡组而召唤失败。素良向柚子谈起了游斗，说柚子因想念游斗而分心，他自己十分想跟游斗决斗。然后榊游矢又跑过来，柚子的手镯把躲在暗处的游斗传送走 。
后来一直在寻找袭击马可老师的光津真澄找到了柚子，并要她交出游斗。黑咲隼乱入，准备收拾LDS的光津真澄，游斗跳出来组织隼，说“这里并不是我们的战场，他们不是我们的敌人”。光津真澄用决斗盘向伙伴报告而柚子插嘴时，隼回头看到柚子，误认为她是妹妹琉璃。隼正向她问起如何逃出学院时，游斗给了隼一个腹交拳并对说“她不是琉璃”。游斗捡起柚子掉下的“融合”，对柚子说了“这张卡并不适合”的话。此时榊游矢又跑过来，游斗扛着昏倒的隼一起被柚子的手镯传送走 。
后来柚子在跟踪光津真澄时在一个小巷子里遇到游斗。交谈中，柚子得知了游斗的名字和琉璃是谁 。 游斗在路边的大屏幕中看到了舞网锦标赛初赛中黑咲隼和紫云院素良的决斗，得知素良是来自融合次元的学院的人 。当晚，游斗潜入素良所在的医院，意图打探琉璃的下落。离开医院的素良挑衅游斗，二人在中央公园开始了决斗。决斗中游斗故意放水少发动一次暗叛逆XYZ龙的效果，让素良多活一回合 。榊游矢为了保护素良而乱入决斗（此时还没有乱入惩罚的设定），游矢的异色眼灵摆龙和游斗的暗叛逆XYZ龙相互吸引。素良被强制遣返融合次元，游矢和游斗终止决斗。
交谈中，游矢得知了世界被分为基础、融合、XYZ、同调各个次元以及融合次元对XYZ次元的侵略行为，并相互确认对方都怀有“真正的决斗是给人们带来笑容”的信念 。
这时同调次元的骑乘决斗者游吾出现在游矢和游斗面前，游斗和游吾开始了决斗。游斗的暗叛逆XYZ龙和游吾的幻透翼同调龙产生***鸣，游斗和游吾突然两眼发亮、失去常态而暴走起来。游斗将要用暗叛逆XYZ龙攻击幻透翼同调龙时，游矢跳出来通过话语让游吾恢复意识，恢复的游吾放弃了决斗，而后游吾提升幻透翼同调龙的攻击力并打倒了游斗的暗叛逆XYZ龙，游斗因此落败。游斗把暗叛逆XYZ龙交给了游矢，对游矢说下“用你的力量···给世界···给大家的未来···带来笑容”的话后进入游矢的体内 。游斗留下的决斗盘和卡组被赤马零儿没收。
舞网锦标赛第二轮赛游矢和胜哄勇雄的决斗中，游斗第一次出现在游矢的意识里，二人心神合一使得游矢进入逆鳞模式。游矢用暗叛逆XYZ龙将胜哄勇雄打败 。
在游矢目击来自学院的奥贝利斯克军团将决斗骑士团变成卡时，游斗的那些愤怒的记忆出现在游矢的脑海中，之后游矢入逆鳞模式。游矢使用暗叛逆XYZ龙和异色眼灵摆龙叠放召唤出了霸王黑龙异色眼叛逆龙将击三名奥贝利斯克军团的士兵打翻 。游矢目睹紫云院素良等人将茂古田未知夫、大渔旗铁平、忍者日影变成卡时，想起了游斗的遗言而抑制住逆鳞模式。
枪兵团集结准备去同调次元，黑咲隼对榊游矢发脾气 ，游斗突然显灵，告诉隼要他相信游矢 。 同调次元的友谊杯初赛，黑咲隼和间谍丹尼斯·麦克菲德的决斗，使隼想起了以前在XYZ次元时期的惨状，游斗再次出现在游矢的脑海中，并询问游矢“你能感受到么，我的愤怒？”。
在榊游矢与克罗·霍根的半决赛中，因治安维持局的长官让·米歇尔·罗杰在游矢的头盔设下装置使得游矢突然产生异样，附近的游吾、游里还有游矢体内的游斗和游矢一起同化暴走，疑似四个人合为了一体。克罗输掉比赛后，他们也就恢复了意识。榊游矢跟学院的巴雷特决斗中召唤出用了异色眼灵摆龙和暗叛逆XYZ龙，在旁边决斗的游吾和游里也召唤出了各自的龙。四龙同时在场使得四人再次产生异变，念着“吾等要融为一体”的话，柊柚子即时赶到，用手镯把游吾和游里传送走，游矢和体内的游斗恢复了意识 。 漫画里，游斗、游吾、游里和榊游矢已合为一体，以榊游矢为主体进行活动。
在LDS追寻神秘决斗者幻影（榊游矢）时，游斗现身于泽渡慎吾面前并与其决斗。决斗中游斗使用了暗叛逆XYZ龙，但仍被泽度逼入绝境。后榊游矢代替游斗出战并使用异色眼幻影龙战胜泽渡 。
游斗对游矢隐瞒了游吾和游里正在消除他某些记忆之事。