1、阿笠博士（柯南自己告诉他的，第2集）董事长千金绑架事件
剧情简介：趁警察不注意工藤逃到阿笠博士那里寻求帮助，这时担心工藤的小兰找也找到这里，为保护小兰安全，工藤隐瞒身份并在情急之下取名江户川柯南，阿笠博士将柯南托付给小兰照顾，回家后他们碰到了急匆匆出门办案的毛利小五郎，听说有黑衣人，柯南也跟着一起去。原来是董事长女儿谷晶子被绑架，在管家承认了自己是犯人且没有同伙后，却再次有人打来威胁电话…
2、工藤夫妇（由阿笠博士转告，第43集）江户川柯南诱拐事件
剧情简介：某日，一个自称柯南妈妈的陌生女人来接他，柯南第一反应就是她可能是黑衣组织的人，因为她清楚柯南家的底细以及他的真实身份，期间，柯南虽趁机逃脱，但去找阿笠博士的时再次候被抓，他听到了那个女人和一个面具男讨论交易药物的事情，待他们离开后柯南按照那伙人留下了线索找到交易地点，可不幸的是他行迹暴露，面具人对他枪口相向…
3、服部平次（逼柯南亲自承认，第58集）福尔摩斯迷杀人事件(下集)
剧情简介：并且否定了凶手是老板的猜测，而刚才的停电也是人为的。期间，服部一直很在意柯南的种种反应，对柯南产生了怀疑。事件渐渐明晰，服部和柯南知晓了凶手是谁以及他杀死老板和绫子的手法。为了保护自己是工藤的秘密，柯南将服部麻醉说出真相，可让他没想到的是，就是这个举动让服部肯定了柯南就是工藤。
4、宫野明美（柯南亲口承认，第128集）黑暗组织十亿元抢劫事件
剧情简介：某天，柯南发现有人正在抢劫运钞车，虽然奋力追赶，但还是让抢匪驱车逃跑，之后，警方发现抢匪的车并认定这是一起单纯地抢劫事件。可事情并未就此结束，参与抢劫的两名抢匪被杀，并在凶案现场发现了银行职员广田亚美的口红，虽然亚美嫌疑最大但案件还有许多疑点，这时，柯南意识到她有危险，用发信器追踪到达后亚美已死，而这件事的幕后黑手居然是…
5、灰原哀（通过调查察觉，由阿笠博士告知，第129集）大学教授杀人事件(之一)
剧情简介：柯南的班级转来了一个叫灰原哀的女生，而同一天少年侦探队也收到了同校俊野帮忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家进行调查，发现了一张夏目漱石的肖像画，俊野说曾有一个黑衣女人很赏识这幅画，听到这些，柯南马上联想到了黑衣组织，便急忙带领侦探队走街串巷的寻找线索，期间，在便利店遇到的一个使用假钱的男子引起他的注意...
6、贝尔摩德（被工藤新一和毛利兰救下得知身份，第288集）工藤新一的纽约事件(解决篇)
剧情简介：之后，新一又对舞台重新进行调查，并注意到了舞台的活动机关，如果利用这个的话凶手及其犯案手法都不难推断，他将事情的真相告诉有希子，由她揭穿凶手，然而，在凶手被警方带走前却说了一句让小兰很介意的话。案子结束后，小兰不小心弄丢了莎朗送给她的手帕，没想到两人找手帕的时候遇到了…
7、本堂瑛佑（设计逼柯南亲口承认，第508集）卡拉OK包厢的死角(下集)
剧情简介：警察分别对接近过死者的几位嫌疑人进行侦讯，又对他们的包厢展开了搜查，试图在这其中找到消失的凶器，然而却一无所获，期间，警方冲洗出了受害者相机中的照片，发现全都是以园子为主进行拍摄的，就在嫌疑人吵闹着要离开之际，柯南将园子麻醉道出真相。回家的路上，英祐告诉柯南自己将离开日本前往美国，并且他还证实了柯南就是新一的猜想。
8、怪盗基德（扮成新一帮他逃过小兰的怀疑得知，剧场版《世纪末的魔术师》）
剧情简介：《名侦探柯南：世纪末的魔术师》是日本东宝公司于1999年4月17日出品的一部动画电影。该片是《名侦探柯南剧场版》的第三部。该片主要围绕着罗马诺夫王朝的秘宝“记忆彩蛋”意外的在日本发现，柯南与老对手怪盗基德、以及神秘第三方之间对彩蛋展开的争夺战。