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《诺亚之蝶》讲述了一个不幸的男孩苏湛遇到了冰山美人罗并且搭讪失败的故事。沮丧的苏湛出去散步，却发现韩志正在和一个名叫莫伊兹的黑人牧师交战。莫伊兹终于被打败了，这时出现了一个名叫魏的神秘男孩。苏湛发现，他和罗被一根看不见的线——爱情的线连在了一起，同居生活开始了。
虽然被欺负，但他发现了很多秘密。这时，寺庙里的一项秘密交易被韩志发现，他立即阻止了它。他和嗜血成性的卡洛斯有着千丝万缕的联系。结果在苏湛的帮助下取得了胜利，成功拿到了世界树苗。在这一边，被黑衣牧师接管了世界树苗贸易的米洛，被魏陷害，却被交给了杀死血蝴蝶的任务。
在校园里，卡洛斯·汉·刀锋重生，她数次击败罗伊，但苏湛在关键时刻救了罗伊一命。把世界树的树苗交给石博士，不料苏湛罗伊被莫伊塞抢走，随后米洛被魏救走，交易达成。米洛恢复了罗伊的记忆，而威薛宁帮助他消除了怀疑。
几经波折，灵魂喂养成功了，但韩志失去了斗志。韩志想赶走苏湛以确保他的安全。告诉他真相后，莫札特决定保护魏直到她找到恢复力量的方法。却发现他已经被灵魂植入了时间控制器。黑衣牧师在之前的事件后遭受了巨大的痛苦。袁平派火鸟去监视韩志，但火鸟对苏湛更感兴趣。
救国会的高级干部突然又出动了！这时，韩志、苏湛和米罗、费利克斯和艾丽塔正式结成了寻找诺亚大人的联盟。苏湛一行为了从莫伊丝口中得到诺亚大人的信息，再次与莫伊丝见面，苏湛被已经是普通人的莫伊丝深深打动。此时，他被救世军抓住了。
苏湛发现韩志和莫札特也被抓了，他们很着急。幸运的是，威薛宁、费利克斯、艾丽塔和米利罗前来帮忙。魏把盖住了，但他向救世军提出了“合作”的要求。几个人回到学校，苏湛也明白事情是自己造成的，想离开他们这边。他们的处境越来越危险，火鸟是他们身边最大的威胁。
薛宁被唾弃，杀死了火雀，于是苏湛与薛宁分道扬镳。火鸟希望用生命的最后一丝希望传递一个信息。罗伊，两个迷茫的人相遇，给彼此温暖。而圣堂的动作也越来越大，而韩刃就是白衣祭司中最强的组合——雷贝卡&；克瑞佛在得到血蝶之后，也对罗产生了怀疑。一场大战一触即发。
罗伊从米洛那里拿到了黑牧师师的地图。战斗打响，拯救世界的时候，苏湛说出了潜入黑牧师配送楼的目的，但是牧师偷听了，把信拿走了。柯大师和苏湛随后跳入传送阵。两个人到达了地下宫殿。苏湛经历首战，击败了牧师。
韩志和菲利克斯陷入混乱。当在《真实的夜晚》中与韩志交谈时，“罗伊”突然醒来并咒骂韩志。苏湛和费利克斯都认为罗伊有问题并告诉了韩志，但韩志却因为这些话而战战兢兢。米洛&；艾丽塔集团和丽贝卡&；当克雷弗-德组合开战，双方陷入厮杀时，狄特莉丝出现并收起了斗志，打伤了丽贝卡。
但哈里斯的进攻让挡魔能力消失；愤怒的克雷夫试图杀死迪特里希，但米洛阻止了他，于是米叔叔失去了一只胳膊。丽贝卡&；克瑞佛逃走了。罗伊在晚上离开后醒来，看到韩志后转身逃跑，苏湛急忙去追他。问原因是因为他们穿着女人的衣服，所以他们跑开了，走回来，却看到受了重伤的薛宁被韩志抱在怀里。
另一方面，薛宁回到家中，被一名刺客暗杀，索菲亚为杀死刺客而牺牲。最终，薛宁决心杀死默多克，并在索菲亚开枪时被叶榛救下。在马鲁亚和火雀的指引下，苏湛找到了魏和四人从父亲那里得到了诺亚的信，苏湛的父亲写信告诉“诺亚将死于救赎”。
时光倒流，二十年前真正的诺亚竟然是石博士！！施博士(诺亚饰)在世界拯救会战争中杀死了的母亲。年轻的主人受到黑暗中人们的启发，得知韩志是杀害他父母的凶手，所以他召唤出了他体内的卫星武器。韩志在最后一刻被诺亚救了，但是诺亚死了。
他临死前说他的精神力量传给了下一个新的诺亚，这个新的诺亚就是韩志！！与此同时，幕后的人也出现了。.........