漫画380和动画380之间的情节是:
为了调查萧潜入村的事情，萧的首领佩恩出现了，双方展开了激烈的战斗。佩恩拥有和传说中的六道仙人一样的眼睛——圆之眼，是三种瞳孔操作中最强大的。佩恩的本体长门原本是第二次忍耐力世界大战中自来也的徒弟，却在希望恢复世界和平的时候误入歧途，被幕后老板利用(自称宇智波马达拉，宇智波马达拉是第一个万花筒，也是唯一一个拥有永恒万花筒的人，但世人都认为他已经在末日之谷与第一代霍颖的战斗中战败而死)。自来也死了，在他死前，蟾蜍带着佩恩的信息逃走了。
与此同时，佐科兄弟展开了决战。臭鼬的实力远在佐助之上。但事实上，雪貂得了绝症，只是在战斗。臭鼬在战斗中一直假装拿走佐助的眼睛，他临死前还保持着这种错觉。结果战无不胜，把黄鼠狼打败了。
然后阿飞出现了，自称宇智波马达拉，开始向佐助透露雪貂的秘密。阿飞的身份和目的也变得清晰了(但阿飞的真实身份还不得而知，很多人怀疑他不是真斑)。16年前，内广氏族密谋兵变。臭鼬作为内广氏族在黑暗中的间谍，也为黑暗效力，成为内广氏族的间谍，也就是双重间谍。臭鼬不希望内广的野心导致战争，从而毁灭了木叶。他从木叶上层接受了杀死内广的任务，但要求留下弟弟。上层包括霍颖三代、团臧(曾与霍颖三代争夺武学派皇位)和两名顾问。只有这些人知道，但阿飞也知道。于是，那天晚上，内广除了佐助，都被消灭了。雪貂不想让佐助知道真相，想让佐助杀了自己，回到木叶成为英雄。但佐助知道真相后，无法接受雪貂的意愿，发誓要消灭木叶报仇。而佐助也因此成为了阿飞的马前卒。
自来也牺牲后，鸣人跟随蛤蟆仙子来到妙木山练习魔法，准备与佩恩战斗。佩恩有六个人，天堂，地狱，人性，饿鬼，野兽。他们可以享受眼界，相当于普通人的6倍。每个人都有系统的能力(具体能力可以百度搜索找到)，但本体不在其中。本体是道外第七道长门。在其他地方，查克拉是用来遥控六个佩恩的。鸣人还在练，佩恩开始攻击木叶，卡卡西死了，木叶被灭了。
动画380后的故事:
鸣人及时赶回，用魔法打败了六个佩恩(仙灵模式中的手里剑被改良，可以像真的手里剑一样扔出去)，找到了长门，长门被鸣人说服，用异端和轮回的自然技能复活了这场战斗中死去的所有人(卡卡西想都不能死，面具还没摘下来)。长门查克拉干涸而死。牡丹带着长门和天道弥彦的尸体离开了。纲手昏迷不醒，大明召开会议，任命团藏为第六代霍颖(动画到此为止，再有N集回忆)出席五影会议，商讨对抗事宜。
五影会议是在一个中立的钢铁国家举行的。在这次会议上，团藏试图利用沙林根会议的东道主敏郎悲歌自荐为盟军的领导人。的保镖青看穿了(青白眼)。原来，绷带下的右眼和右臂是从宇智波止水移植过来的。这时，白珏出现在会场，打断了会议，佐助正准备找团里报仇。团藏趁机逃跑，佐助被须山野和其他影子打败，斑及时赶到救了佐助。班开始讲述六道仙人的故事。六道曾经是十尾之柱。临死前用爆炸星困住了月球上的十尾实体，把十尾和查克拉分成了九个尾兽。点点说了收尾兽的目的:成为十尾的顶梁柱，练出催眠全世界的无限月读。后来，他要求五大忍者交出八尾九尾。被拒绝后，他宣布第四次世界大战开始。为了应付班的计划，有必要组建一支忍者联合军，而被推选为联合军的首领。
点带佐助追上团藏，团藏亮出右手(手中有N个沙林甘)展开沙林甘的禁术:谢毅凪良(从摆渡中可以看出，施术者的一切不利因素，包括死亡，都可以瞬间变成梦境，施术者的一切有利因素都可以变成现实，是可以自由控制并施放在自己身上的终极幻术，即幻术和现实的自由转换，代价是失明，操作的持续时间因个人情况而异。佐助sharingan太瞎不能用了，斑是佐助的眼睛移植到雪貂身上。与此同时，小八(小八是雷英的弟弟)对真由。当战斗难解难分的时候，雷英赶到了，两兄弟杀了真由(其实真由并没有死，而是被藏在大刀肌里，被八公带回雷音村执行偷袭任务)。
窦移植了大蛇丸的细胞，青出于蓝而胜于蓝。他找到班，请求合作。他用污秽的泥土召唤出长门、蝎子、臭鼬、、和最后一口神秘的棺材，班同意合作。
鸣人来到八公修行的岛屿(由大和、凯和另一个陪同)，跟随八公学习控制。在实践中，有必要拔出九尾脉轮。当鸣人被九尾的意识侵蚀时，鸣人的母亲久思奈出现在鸣人的意识中(和四代里一样)。在她母亲的帮助下，鸣人成功地将九尾的意识与查克拉分离，展示了不朽的身体。
鸣人完成了修行，在使用九尾查克拉的时候会显现出不死之身(如果没有九尾的想法，他可能会和不死状态的两个大蛤蟆融为一体，如果真的可以，他的实力估计要上一层楼)，又有了新的能力(生命力很强，可以感受到负面的感觉，获得了一定程度上堪比金色闪光的速度)，于是他找到了藏在肌肉里的鲷鱼。在逃跑的过程中，灰鲭鲨刚好遇到了前来找鸣人的凯一行人(AB故意制造了幽灵和凯单挑的机会，其他人被迫让路，凯一下子开了六扇门)。樱井真子把信息放进被召唤的鲨鱼的肚子里，凯追上了它，于是无数的鲨鱼在行动中混淆了视线。因为对付孔雀的鲨鱼太多，凯被迫打开第七道门，使用了杀人技能“天虎”，樱井真子大Mako炸弹的操作瞬间崩溃，拦截了樱井真子的信息，樱井真子一秒被抓。在我的记忆中，有一幕是鲨鱼第一次见到斑(斑一直在操纵四代水影矢仓的三尾纵队力量，然后从水影背后出现在鲨鱼面前)，鲨鱼对斑的忠诚类似于君马陆对大蛇丸，白棋对永不再割。这时，为了不让信息泄露，真由子保持清醒，挣脱枷锁召唤鲨鱼吃掉自己(要知道忍者的尸体是不能留给敌人的)，真由子壮烈牺牲。为了确认信息内容，鸣人等人在打开卷轴后被困，被携带信息的鲨鱼逃脱。
其实这里阿飞的身份应该已经比较清楚了，应该是宇智波麻原彰晃。
另一方面，班去找小楠讨圆眼。牡丹要和斑同归于尽了。他用一个纸手里剑和一个爆炸符号炸掉了点点的右手。面具的一部分被毁坏了，他的脸缺了四分之一，但他没有死，因为斑及时移开了爆炸。小楠用秘技把现场封进了纸的海洋。小南在点点周围布置了无数的起爆器，使得点点无法利用时空忍者逃脱。然而，牺牲左眼使用禁术的凪良躲过了爆炸和封印，并透露凪良这个邪恶的人只有同时拥有千手和内广的力量才能被使用。当时世人以为点点输掉了山谷之战，其实点点获得了千手之力。牡丹战败后，班找到的尸体，告诉他其实是涡族的后裔。得到翻白眼后，斑换了一身戏服，戴上了新面具(勾践翻白眼的样子)，拿着与一代斗时的团扇，要去活捉九尾。
窦提出要活捉和，于是斑给他看了外道魔像的本体，还有他从第一代柱上偷来的细胞培育的柱间无意识体，还有和查克拉制造的几百个战斗力，其实就是几百个独特的克隆体(而这些克隆体应该也和第一代细胞有关)。以污秽转世的迪达拉出发了，从海面上空开始搜寻。忍者联盟中，土英拿了宋卡的黑土来支援鸣人等人(因为土英会飞)。鸣人修行的小岛其实是云音村养的一只巨龟。他们在鬼鲨的信息发出后，采取措施将整只乌龟转移到云荫村。万蛇二号由万蛇的细胞孕育而成，感知能力超强，很容易就找到了乌龟。而迪达拉则拖住涂莹等人，准备算旧账。他们认为口袋的目标是八公和九尾，所以他们隐藏了敌人攻击的真相，把他们留在安全的区域，其他人玩。没想到，Pocket趁机抓住大和，土英和迪达拉没费多大力气就戛然而止了。回基地说明大和被抓是为了获取信息，可以让绝对变强。点点只是把他的左眼变成了一只圆眼睛，而他的右眼仍然是一只眼睛。
红豆带领的侦察队发现了点点的军队。为了不在海中再次被大蛇2攻击，土英带着整个龟岛飞回盟军基地(牛掰？)。忍者联合军的编制分为奇袭部队(包括队长和赛)、后方医疗支援部队(队长沉默)、情报部队(队长)、感知部队(队长清)、第一部队的中距离作战部队(队长的贴身警卫达鲁伊，包括和)和第二部队的近距作战部队(队长颜仁黑的父亲黄图、纪宁、上田等)。)、第三军战斗中近距部队(包括卡卡西队长、凯、木本樱、小李)、第四军战斗远距部队(我爱罗担任大连队、第四军队长，兼卢湾、特马里、队长)、第五军战斗特种兵(包括、亚、志乃、队长)、五大国、铁叶。另一方面，在获得大和的情报后，窦召集了N多位专门针对盟军的前五大国专家:鼬、蝎子、、、、六前人、前莺莺、阿斯玛、段(的男朋友)、(宁次的父亲)、山椒鱼、千代姻亲、、白、在不间。班都率队带着一支庞大而加强的白爵军出发了。斑让唯一本体留下来照看佐助，防止口袋把佐助乱带走。数百人从地下行进，从污秽中走出来的人物也分批出发。联军也开始出动，战争一触即发。
漫画516到此结束。