同时佐助打败了大蛇丸，吸收了大蛇丸的能力。在与大蛇丸的手下水月、翔灵和重吾组成蛇队后，他打败了迪达拉和骷髅头。后来才知道阿飞的真实身份是宇智波马达拉，骷髅头抹杀了宇智波一族的真相。在各自利益的驱使下，佐助将队伍改名为“鹰”，并联合小去抓八公，但八公逃脱了。
另一方面，自来也潜入于人村与佩恩作战，回想起佩恩原来是他以前的徒弟长门，另一个是牡丹，可惜他死了，死前在蛤蟆背上留下了一个秘密信号。
鸣人没能追查到佐助的下落。在得知自来也战死后，他去妙玉山练习魔法。木叶的密码部也在读取自来也留下的密码。就在这时，木叶被佩恩攻击，卡卡西和秋道丁座死了。暗号部门也解开了自来也留下的暗号，科诺哈马也带着社会螺旋丸逃离了佩恩。佩恩用了一招，罗天正，木叶化为废墟。鸣人及时赶回，和佩恩一起玩神仙模式。蛤蟆战斗至死。后来，六尾在《火影忍者》中爆发，这对佩恩打击很大。在小八即将变成九尾的时候，鸣人四代的灵魂出现在鸣人的身体里，把鸣人从九尾拉了回来。
大概就是这样...顺序有点不对，但就是这样...