同时佐助打败了大蛇丸,吸收了大蛇丸的能力。在与大蛇丸的手下水月、翔灵和重吾组成蛇队后,他打败了迪达拉和骷髅头。后来才知道阿飞的真实身份是宇智波马达拉,骷髅头抹杀了宇智波一族的真相。在各自利益的驱使下,佐助将队伍改名为“鹰”,并联合小去抓八公,但八公逃脱了。
另一方面,自来也潜入于人村与佩恩作战,回想起佩恩原来是他以前的徒弟长门,另一个是牡丹,可惜他死了,死前在蛤蟆背上留下了一个秘密信号。
鸣人没能追查到佐助的下落。在得知自来也战死后,他去妙玉山练习魔法。木叶的密码部也在读取自来也留下的密码。就在这时,木叶被佩恩攻击,卡卡西和秋道丁座死了。暗号部门也解开了自来也留下的暗号,科诺哈马也带着社会螺旋丸逃离了佩恩。佩恩用了一招,罗天正,木叶化为废墟。鸣人及时赶回,和佩恩一起玩神仙模式。蛤蟆战斗至死。后来,六尾在《火影忍者》中爆发,这对佩恩打击很大。在小八即将变成九尾的时候,鸣人四代的灵魂出现在鸣人的身体里,把鸣人从九尾拉了回来。
大概就是这样...顺序有点不对,但就是这样...