后来，达木博士给了他几乎是野生的皮卡丘，它拒绝进入精灵球。起初，皮卡丘并不喜欢小智，但小智通过保护它免受凶鸟袭击，并跑去送它去神奇宝贝中心，赢得了皮卡丘的信任。皮卡丘和小智很快就形影不离了。
在皮卡丘的森林里，小智同意皮卡丘留在满是皮卡丘的森林里，但皮卡丘决定和小智在一起。
但小智对皮卡丘的期望很高，一直很用心的培养皮卡丘。他去枯叶馆拿橙色徽章。小智被巨大的亭子叫作宝贝，皮卡丘叫作宝贝。道场主认为神奇宝贝讲的是进化，但小智认为进化不等于修炼。
皮卡丘完全有可能成为雷丘。但正是因为对我爱的人有各种各样的期待，我才常常为他们做决定。我们都输给了小智，因为我们能够让对方自己做决定，尊重对方的选择。
而且首先你得了解皮卡丘的进化要求。你需要雷霆之石。没有雷霆之石，再怎么打都不会升级。
有一次肖智想用雷霆之石让皮卡丘进化成雷丘，但皮卡丘拒绝进化。最终，皮卡丘竭尽全力帮助肖智赢得了这枚徽章。后来，小智再也没有要求皮卡丘进化。还有一个重要原因就是进化后的雷丘太无语了，皮卡丘还是可爱的。