当初变异人被巨型机器人哨兵追杀，x战警有一派，他们出去营救罗伯特·德雷克(冰人)。第二个目标是狼人金刚狼，但他原本是万磁王派来刺杀教授的。和x战警混在一起后，金刚狼爱上了琴·葛蕾，最终改过自新，成为了x战警的一员。暗恋琴·葛蕾的独眼巨人离开后被万磁王的变种人兄弟会收留，但他实际上故意混入万磁王，最后教授杀死了万磁王。
金刚狼最初是武器X项目的成员，这是军事部门的一个组织，制造超级士兵。万磁王死后，它闯入x战警学校，逮捕所有人，在他们身上放微型炸弹，强迫他们执行任务。最后连金刚狼都被抓了，不过他体内有追踪器。原来他和水银、猩红女巫合作，最后拯救了所有人。
接下来的故事讲的是教授的儿子大卫(军团)跑了。他也是一个变异人，他的能力是他的思想可以从一个人的身体跳到另一个人的身体来控制他。故事介绍了英国突击队的贝齐·布拉多克(Psylocke)。在行动中，大卫控制了Psylocke的身体，结果Psylocke被杀了，但后来据说她的思想也跳进了一个中国人的身体里。然后地狱火俱乐部，一个一直赞助教授办学校的组织出现了，但他们真正的目的是为了释放凤凰神，琴·葛蕾的神。结果凤凰力量真的出现了，却杀了地狱火俱乐部所有成员，救了一群x战警。另一方面，事实证明教授并没有杀死万磁王，而是对他进行了洗脑，希望他能开始新的生活。但是这件事被其余的变种人兄弟会知道，救了他，于是有了新的故事《终极战争》。
在终极战争中，万磁王攻击人类，政府责怪教授放走了万磁王，于是派终极去抓x战警。在最后一次事件中，水银和红女巫帮助教授对付了他们的父亲万磁王，所以他们也向Ultimates投降了。最后教授被Ultimates抓住，x战警等人被迫离校。
万磁王要求福吉制造一台机器来强化他的力量，这台机器可以让他的力量毁灭整个世界，让外星人重建新世界，于是他开始把世界的外星人带进自己的基地。另一方面，在金刚狼和独眼巨人的一次行动中，金刚狼故意让独眼巨人摔死，因为当时琴·葛蕾和独眼巨人正在热恋中，他想让琴·葛蕾回到他的怀抱。结果独眼巨人掉进了深渊，却被万磁王的手下误救，于是知道了自己大本营的位置，召唤了一群x战警打败了万磁王。万磁王引爆了一个核反应堆才倒下，琴·葛蕾利用凤凰的力量连根拔起了整个电厂的地基，解除了核爆的危机，让人们改变和接受变种人。事件发生后，政府决定将x战警纳入神盾局的保护之下，万磁王被关进了监狱，金刚狼原本是被驱逐出x战警的，但独眼巨人去找他，想让他回去，因为他不希望他们以后像教授和万磁王一样变成对立的关系。
《终极x战警》(34-65)的前两个故事是布莱恩·迈克尔·本迪斯写的。武器X计划猎杀金刚狼，在超胆侠和蜘蛛侠的帮助下，金刚狼回到了x战警身边，期间吉恩失去了控制，利用凤凰的力量杀死了两名恐怖分子。天使，一个新的变种人，出现了，加入了x战警。爱玛·弗洛斯特也出现了，但她为政府工作，希望通过和平方式解决对外星人的歧视问题，并开办了一所学校。她也是x教授的旧情人，她邀请了Beast，Dazzler，Havok，Polaris，Karma等人，但政府中有一批高官对外星人极其歧视，甚至暗中攻击爱玛·弗洛斯特，Beast被杀。
然后布莱恩·k·沃恩(Brian K. Vaughan)接手了这个故事(Y: Last Man，Runaways，Ex玛奇纳)，阴险先生在街上暗杀了一些变种人，因为他服务于天启，但这个天启似乎只是他的幻想。北极星和原著一样是同性恋，巨像也公开了自己是同性恋。蓝魔人反对巨像，因为他不能接受它。最后，他们逮捕了阴险先生，他仍然在监狱里与天启对话。
甘比特出现，流氓和冰人分手，爱上甘比特，后来流氓退学。他们遇到了剑圣，甘比特在战斗中阵亡。在他死前，流氓被允许吸收他所有的力量，这样流氓就可以和人接触一段时间而没有副作用。在艾玛在芝加哥的学校里，洛娜似乎失去了控制，杀死了一些路人。尼克·弗瑞把她锁在万磁王的监狱里，亚历克斯·萨默和其他人(黑子、炮弹、北极星)试图拯救她。事实上，这是Mageto锻造厂造成的事故。Ultimates出去和x战警大干一场。天使和眩目者秘密前往帮忙，眩目者被一名囚犯死亡打击(Deathstrike)打成重伤，陷入昏迷。最后，他们打败了万磁王并困住了他，但事实上他是由Mystique冒充的，而真正的万磁王已经逃走了。事后，X教授派Angel去Emma的学校监视她，Rogue回到了x战警。
《终极x战警》(66-100)的故事由罗伯特·柯克曼(《行尸走肉》、《隐形》、《漫威僵尸》)撰写。一个叫莉兰德拉的女人找到X教授，说她可以资助他的学校，但前提是她要学习吉恩。她讲了一个关于凤凰的故事，凤凰在宇宙中创造了生命，但后来它的创造物想要自由地过自己的生活，于是背叛了它，用一堆石头把它锁了起来，然后形成了一个星球，也就是我们的地球，利兰德拉相信吉恩就是和凤凰有联系的人。剑齿虎从金刚狼身上取走了一些身体组织，交给了科尼利厄斯医生，目的不明。
然后是一个全新的角色艾略特·博格斯(魔术师)，他被尼克·弗瑞带来见x教授，他在一次事故中杀死了他的父母。他很强大，可以改变现实。这时，尼克·弗瑞又来找X教授，说想让魔术师加入Ultimates。这才发现不是尼克·弗瑞介绍的，而是那个魔术师从小就仰慕x战警，想加入他们，制造一切假象。最后金刚狼杀了他，但那只是他制造的假象。他不想伤害x战警，也不想被关起来，就走了。在一年一度的比赛中，Dazzler终于从昏迷中醒来，蓝魔人立即将她带走，并对她撒谎说他们受到了攻击。事实上，自从巨像告诉他自己是同性恋，蓝魔人的性格变得有点怪异。他希望能和达兹勒单独生活。最后，x战警救出了眩目者，锁定了蓝魔人。
凯布尔和毕晓普相继来自未来。凯布尔的真实身份是老金刚狼(原著中，凯布尔是独眼巨人的儿子)。他想杀死X教授来阻止一个可怕的未来，而毕晓普来阻止他。最终，凯布尔接近了X教授，然后爆炸了。大家都以为X教授死了，其实只是凯布尔把他带到了未来。蓝魔人趁机逃脱，来到一个下水道加入了另一群变种人。而一个本该死去的性格野兽重新出现了。原来他一开始并没有死，而是尼克·弗瑞想借他研究遗留病毒的治疗方法，和X教授合谋用心灵感应欺骗野兽。他仍然经常与x战警和其他人会面，但他实际上被困在了神盾局。X教授走后，野兽知道了这件事。独眼巨人解散了x战警队，把学校变成了真正的学校，没有战斗训练，也没有营救行动。