现有四部，分别是OP无印篇、AG超世代、DP钻石珍珠、BW超级愿望（未完结）。
OP：《神奇宝贝》无印篇，也就是改编为动画后的第一部（有些地方简称为EP或OP）指的是动画系列中从石英篇到城都篇的***275集。 无印篇在日本东京电视台始播于1997年4月1日，结束于2002年11月14日。包含了小智在关都地方、橘子群岛、城都地方的旅行。和小智一同旅行的有自行车被皮卡丘弄坏的小霞；以及原本是尼比市的道馆训练家，立志成为神奇宝贝培育家的小刚。在橘子群岛旅行期间，小刚留在了内木博士的研究所，神奇宝贝观察家的小建加入了小智一行。 虽说全系列应有275集，但是第38集“电脑战士3D龙”在日本首播时剧情中飞弹爆炸的镜头发出强烈的高速替换的红、蓝闪光，许多观众观看后昏倒送医，造成一阵大轰动，史称3D龙事件。这次事件使神奇宝贝停播了一段时间。不过在日本观众积极地支持下，隔年复播了。具体情况请点击上述链接查看，这里不做赘述。因而实际上有276集。
AG：《神奇宝贝超世代》是动画《神奇宝贝》的第二部，***分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇。本部和以往的剧情不同之处在于故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区。而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛。故事中的反面角色由火箭队二人组增加到火岩队和水舰队。相比略带搞笑色彩的火箭队，火岩队和水舰队则显得更加“专业”。小智等人与其对抗，并见证超古代神奇宝贝力量的经历也成为了故事的另外一条线索。
DP：《神奇宝贝钻石与珍珠》是系列动画《神奇宝贝》的第三部。针对游戏NDS钻石珍珠版而推出。这个星球上生活着不可思议的生物“神奇的口袋中的宝贝”，简称神奇宝贝。讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。完成了对战开拓区的挑战后，立志成为神奇宝贝大师的小智，胸中怀着新的理想，带着皮卡丘终于来到了神奥地区。本作中，小智和无意中救助了被火箭队抓走的皮卡丘的刚成为神奇宝贝训练家的小光以及长期的旅途伙伴小刚再度结伴，为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅，在广袤的神奥地区开始了全新的旅程……
BW：《神奇宝贝超级愿望》是系列动画《神奇宝贝》的第四部。“神奇的口袋中的宝贝”简称“神奇宝贝”，是这个星球上不可思议的生物。无论是在天空中，大海中，还是在陆地上，有各种各样的的神奇宝贝与你相遇。现在开始讲述少年小智与神奇宝贝的相遇、冒险和战斗经历的故事。本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。小智与皮卡丘和新的伙伴艾莉丝和天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。这一次画风也有了很大革新，CG技术的使用也让神奇宝贝的绝招更富能量感。