前者的主角是武藤游戏，后者是游城十代。
前者发生在高中生中，后者发生在初中生中。
前者的线索是七神器、三幻和王者记忆，后者是七星钥匙、三幻和精灵之声。
有三种卡:怪物卡、魔法卡和陷阱卡。
怪物卡牌有光、暗、风、炎、水、土六个属性，有龙、天使、魔法使者、恐龙、兽、兽战士、战士、水、鱼、雷、海龙、恶魔、鸟兽、岩石、植物、昆虫、亡灵、炎、机械、爬虫等二十个种族，一至十二个等级！怪兽卡分为普通怪兽、效果怪兽、融合怪兽和仪式怪兽(前两者可能与后两者重叠)。
魔法卡分为普通魔法、快攻魔法、永久魔法、仪式魔法、场地魔法和装备魔法。
陷阱卡分为普通陷阱、计数器陷阱和永久陷阱。
游戏用爷爷给他的“战斗怪兽卡”打败了海马娱乐集团的海马濑人。没想到，接下来出现了一个更可怕更强大的敌人——他是国际幻术学会的名誉会长，也是设计了战斗怪兽卡的天才游戏设计师——贝卡斯·j·克劳福德(Becasse J. Crawford)。贝卡斯用卑鄙的方式绑架了游戏的老爷爷。为了救爷爷，游戏不得不前往贝卡斯展开一系列战斗…
。人物介绍
武藤游戏(游戏王):一个高中男生在家经营玩具店，因此热衷于各种玩具，他的爷爷继承了从古埃及古墓中挖掘出来的千年积木。游戏用了八年的时间来组装积木，于是他成为了拥有神奇正义的游戏王。
城里的山彦:玩游戏的同学，不喜欢游戏爱玩玩具的娘娘腔，总是欺负游戏，但最后还是成了好朋友。
真崎杏子:女孩，游戏中的青梅竹马，和男孩一样，经常帮助游戏。
本田雄一郎:大一，经常和城里人一起工作，喜欢他的同学美穂。
野中美代子:一个高中女生
武藤双六:游戏王的祖父。
牛尾:学校里的恶霸，欺负弱小，勒索钱财。
队长:大学教授，考古队长
A组:考古学家。