1，自来也VS佩恩六路(349集到353集)
剧情简介:自来也使用神仙模式，召唤了两个蛤蟆神仙(神作和马志大人)帮助他，成功击败了三个佩恩。结果因为粗心大意，不知道佩恩六路的相关信息，不幸战败牺牲。但他在死前发现了佩恩的六道及其本体的秘密(所有他遇到过的忍者，六道都是尸体傀儡，由长门控制)。
自来也回忆了他去世前与波风水门和漩涡玖辛奈的谈话。水门事件给他们的儿子取名为自来也的书《毅力和耐力》中的鸣人。自来也回忆起自己一生的失败，说鸣人是“预言之子”(后被大蟾蜍仙人证实，长门和鸣人都是预言之子)，因为鸣人也有永不轻易放弃的毅力。
在这紧要关头，自来也在神祗仙人的背上用指印写下了佩恩的信息，并让他带回牧野村。佩恩无刀也对自来也进行了报复，最终被佩恩无刀扎入谷底，而蟾仙深功则成功逃回木叶。
2.木叶村人人VS佩恩六路(377集至389集)
剧情简介:佩恩和小楠一起攻打木叶，夺取九尾的支柱力量——鸣人宇佐木。修罗路、野兽路、饿鬼路分诱饵组；天道、人性、地狱、小南为探索组，开始了攻击。期间与卡卡西打斗，杀死卡卡西。得知鸣人在妙木山后，通过人类得知。
控制天道过来木叶，然后用兽道走修罗道，人道，饿鬼道，地狱道，小南通灵到木叶村外，以缩短寿命为代价，坚持用神罗天毁灭整个木叶隐村！之后佩恩六路打了从妙木山回来的鸣人Uzumaki。
佩恩被鸣人Uzumaki一一击败后，鸣人在小南一棵纸做的大树上找到了佩恩的本体——长门，预言的两个儿子终于相遇了。
扩展数据:
二战的后续-
鸣人想知道长门的过去，并从长门的经历中找到和平的答案。在告诉鸣人他父母的死讯和他最好的朋友弥彦的死讯后，鸣人拿出了自来也的第一本书《毅力和耐力》。毅力是由自来也的一个门徒长门激发的。？
在鸣人与长门交谈后，长门被他永不放弃的意志所感动，并决心传达鸣人促进和平的愿望。长门使用了被禁止的艺术——异教徒？轮回的自然技能复活了所有死去的木叶(包括卡卡西)，却牺牲了自己的生命。
而牡丹带走了长门和弥彦的尸体，也把自己的希望托付给了鸣人。鸣人决心继承师父(自来也)和师兄(长门)的遗愿。