如果是网下出版，需要获得原作者授权，才算是合法出版，受法律保护；否则是违法的，但根据日本同人志的经验，只要是健康的、不损毁原作人格，对方都懒得追究；
如果网上创作，就凭我国不完善的网络法，基本没有限制也没有保障。
目前号称是我国第一本合法同人志是温瑞安《逆水寒》的同人集《遥远彼方》（目前卓越有售），该书由温瑞安的授权，但由于书上的作品基本上都在网上发过，网上转载很厉害。
具体回答如下：
1、这类民间的未商业化的以官方作品背景进行再创作所产生的产物有没有知识产权的？能否受到版权法的保护？
没有知识产权
不受版权法保护
2、对于这种没有经官方允许就擅自对其作品进行再创造的行为是否违法？
违法
1、那请问我这个“同人作品”有没有知识产权的，受不受到法律的保护？
这个“同人度”要把握得好绝对是好的，不过我国网络法……
如果出书的话，肯定受保护。
如果只是背景倒没什么问题，对新人来说是不错的尝试；
如果连人设都照搬，那就涉嫌抄袭，可以算是同人的一种，从道德方面不标明“同人”的同人会被大家鄙视，从法律方面来说，还是前面的那句话——根据日本同人志的经验，只要是健康的、不损毁原作人格，对方都懒得追究。
2、我应该如何保护好我自己创作出来的“同人作品”，是否要申请专利？
专利~狂汗~
如果是经过合法程序出版的，你的作品是有版权的，如被侵权可提出申诉
3、假如其他人（包括原作者）未经过我的同意，就擅自拿用我这个同人作品用作商业用途或企图通过某些手段占有我这个作品的版权这种行为是否构成违法？
如果你本身合法，对方侵权；否则情况就比较复杂，中国网络法非常不完善，可能无法追究。
中国在“同人”这方面的法律是一片空白
应该是法律空白 如果损害作者估计也算是侵权