我个人来看，有灵魂的动漫，指的是动漫中蕴含作者明确想表达的思想
一般的作品中作者的观点不外乎亲情，爱情，友情，围绕着三点来阐述。
比较浅显的，例如火影、海贼，主要讲的是友情羁绊
比较深刻的，例如EVA，其中内涵是希望人们能够打开心扉，不要像男主般自闭，人们遇到困难相互交流
反叛的鲁鲁修，从组织和国家的角度来描绘人性，「独立」与「个人意志选择」是作者想表达的中心（与Geass相对）。
从悲剧与喜剧角度而言，个人认为Clannad达到巅峰，尤其第二季，家族的概念令人动容，不仅仅是男主与女主的爱情故事，包括男主和春园的友情，和女主父母日常般的感情，因为自己的年幼无知而误会已久的父子情，和女儿的父女情，所有的一切都阐述了家族的概念，尤其看到和小夕出游的段落，个人深刻感动于家长对于子女无悔的付出。
无论悲喜剧，亲情，爱情，友情，都是不可或缺的三要素，动漫的灵魂在于作者的理念使人们产生***鸣，对于大多数动漫而言，多为离奇而脱离日常的剧情，虽然同样会使人产生***鸣，但很难与自身的生活联系到一起，远远不会像Clannad这样因为贴近生活而带来的感动多。
目前我个人看到的，有深刻灵魂的动漫还在少数，若有更多感触，还请不吝推荐。