（注：★：特别篇，◆：动画原创，B：出现黑衣组织 F：出现FBI，全部FBI中有一人出现即算在内 X：出现服部平次 S：工藤新一以本人形象出现，K：出现怪盗基德）
1996年
001 云霄飞车杀人事件 B/S
002 社长千金诱拐事件
003 偶像密室杀人事件
004 大都会暗号地图藏宝事件
005 新干线大爆炸事件
006 情人节杀人事件◆
007 每月一份礼物威胁事件
008 美术馆杀人事件
009 天下第一夜祭杀人事件
010 足球选手恐吓事件
011 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件★
012 步美被绑事件
013 奇怪的寻人事件B
014 谜样的讯息狙击事件◆
015 消失的尸体杀人事件
016 古董收藏家杀人事件
017 百货公司挟持事件◆
018 六月新娘杀人事件
019 电梯杀人事件◆
020 鬼屋杀人事件
021 电视台外景队杀人事件◆
022 豪华客轮连续杀人事件(前篇)
023 豪华客轮连续杀人事件(后篇)
024 丧失记忆的美少女事件 ◆
025 真假人质绑票事件◆
026 小五郎同学会杀人事件(前篇)
027 小五郎同学会杀人事件(后篇)
028 爱犬约翰杀人事件◆
029 计算机杀人事件◆
030 不在场证明杀人事件◆
031 电视台杀人事件
032 咖啡厅杀人事件
033 侦探团生还事件◆
034 山庄绷带怪人杀人事件(前篇)
035 山庄绷带怪人杀人事件(后篇)
036 星期一晚上七时三十分杀人事件◆
037 仙人掌花杀人事件◆
038 红鬼村火祭杀人事件
039 优胜锦旗被割事件◆
040 企业家千金杀人事件(前篇)
041 企业家千金杀人事件(后篇)
042 卡拉OK歌厅杀人事件
1997年
043 江户川柯南诱拐事件
044 堀田三兄弟杀人事件◆
045 敷面膜杀人事件◆
046 雪山山庄杀人事件
047 健身俱乐部杀人事件◆
048 外交官杀人事件(前篇)X
049 外交官杀人事件(后篇)X/S
050 图书馆杀人事件
051 高尔夫练习场杀人事件 ◆
052 雾天狗传说杀人事件★
053 神秘凶器杀人事件 ◆
054 电玩公司杀人事件 B
055 列车手法杀人事件 ◆
056 清洁车杀人事件 ◆
057 夏洛克·福尔摩斯˙诡异的杀人事件(前篇)X
058 夏洛克·福尔摩斯˙诡异的杀人事件(后篇)X
059 第一次购物杀人事件 ◆
060 插画画家杀人事件
061 幽灵船杀人事件(前篇)◆
062 幽灵船杀人事件(后篇)◆
063 大怪兽哥斯拉杀人事件
064 第三个指纹杀人事件 ◆
065 螃蟹和鲸鱼绑架事件 ◆
066 夜路杀人事件 ◆
067 舞台女演员杀人事件 ◆
068 暗夜公爵杀人事件(事件篇)
069 暗夜公爵杀人事件(疑惑篇)
070 暗夜公爵杀人事件(解决篇)
071 痴恋狂杀人事件 ◆
072 三胞胎别墅杀人事件
073 少年侦探团遇难事件◆
074 死神阵内杀人事件◆
075 金融公司社长杀人事件
076 柯南VS怪盗基德★ K
077 名门连续惨死事件（前篇）X
078 名门连续惨死事件（后篇）X
079 银行抢匪杀人事件◆
080 流浪画家杀人事件◆
081 当红歌星绑架事件（前篇）
082 当红歌星绑架事件（后篇）
083 综合病院杀人事件 ◆
084 滑雪别墅杀人事件(前篇)
085 滑雪别墅杀人事件(后篇)
1998年
086 诱拐现场特定事件
087 白鹤报恩杀人事件 ◆
088 德休拉别墅杀人事件(前篇)◆
089 德休拉别墅杀人事件(后篇)◆
090 花香杀人事件 ◆
091 强盗犯人住院事件
092 恐怖登山杀人事件(前篇)◆
093 恐怖登山杀人事件(后篇)◆
094 雪女传说杀人事件◆
095 小五郎约会杀人事件◆
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件★
097 离别美酒杀人事件◆
098名陶艺家杀人事件（前篇）
099 名陶艺家杀人事件（后篇）
100 初恋情人回忆事件（前篇）
101 初恋情人回忆事件（后篇）
102 古装演员杀人事件（前篇）
103 古装演员杀人事件（后篇）
104 盗贼集团别墅事件（前篇）
105 盗贼集团别墅事件（后篇）
106 新闻照片杀人事件◆
107 鷃鼠星人之谜事件(前篇)◆
108 鷃鼠星人之谜事件(后篇)◆
109 侦探团大追击事件 ◆
110 烹饪教室杀人事件(前篇)◆
111 烹饪教室杀人事件(后篇)◆
112 帝丹小学七大离奇事件
113 白色海滩杀人事件
114 有氧潜水杀人事件(前篇)
115 有氧潜水杀人事件(后篇)
116 推理小说家失踪事件(前篇)
117 推理小说家失踪事件(后篇)X
118 浪花连续杀人事件★BX
119 假面超人杀人事件◆
120 蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆
121 浴室密室事件(上集)
122 浴室密室事件(下集)
123 天气预报小姐诱拐事件◆
124 神秘的狙击者杀人事件(前篇)◆
125 神秘的狙击者杀人事件(后篇)◆
126 旅行戏团杀人事件(前篇)◆
127 旅行戏团杀人事件(后篇)◆
128 黑暗组织10亿抢劫事件 B
1999年
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★ B
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)
132 魔术爱好者杀人事件(事件篇) K
133 魔术爱好者杀人事件(疑惑篇) K
134 魔术爱好者杀人事件(解决篇) K
135 消失的凶器搜索事件 ◆
136 青色古堡探索事件(前篇)
137 青色古堡探索事件(后篇)
138 最终播映杀人事件(前篇)
139 最终播映杀人事件(后篇)
140 SOS！步美传达的讯息◆
141 结婚前夜密室事件(前篇)X
142 结婚前夜密室事件(后篇)X
143 疑惑的天体观测 ◆
144 上野出发的北斗星3号(前篇)
145 上野出发的北斗星3号(后篇)
146 本厅刑事恋爱物语(前篇)
147 本厅刑事恋爱物语(后篇)
148 地上电车紧急煞车事件 ◆
149 游乐园高空弹跳事件 ◆
150 汽车爆炸事件的真相(前篇)◆
151 汽车爆炸事件的真相(后篇)◆
152 神秘老人失踪事件 ◆
153 园子的夏日海滩冒险物语(前篇)
154 园子的夏日海滩冒险物语(后篇)
155 水中的钥匙密室事件◆
156 本厅刑事恋爱物语2(前篇)
157 本厅刑事恋爱物语2(后篇)
158 沉默的环状线 ◆
159 诡异的五重塔传说(前篇)◆
160 诡异的五重塔传说(后篇)◆
161 流过流水亭的杀机 ◆
162 飞天密室 工藤新一最初的事件★S
163 月亮、星星与太阳的秘密(前篇)
164 月亮、星星与太阳的秘密(后篇)
165 少年侦探队消失事件 ◆
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事(事件篇)X
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事(疑惑篇)X
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事(解决篇)X
169 维纳斯之吻 ◆
170 黑暗中的死角(前篇)
171 黑暗中的死角(后篇)
172 复活的死亡讯息(前篇)
173 复活的死亡讯息(后篇)
2000年
174 二十年的杀意 圣佛尼号连续杀人事件★X
175 被杀了四次的男人
176 与黑暗组织的再会(灰原篇) B
177 与黑暗组织的再会(柯南篇) B
178 与黑暗组织的再会(解决篇) B
179 咖啡厅卡车突然撞入事件 ◆
180 红色的杀机夜想曲(前篇)◆
181 红色的杀机夜想曲(后篇)◆
182 第九个门大搜查 ◆
183 危险的处方笺 ◆
184 诅咒的假面的冷笑★◆
185 被狙击的名侦探(前篇)◆
186 被狙击的名侦探(后篇)◆
187 在黑暗中传出的神秘枪声 ◆
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探 X
190 危命的复活 第三个选择 X/S
191 危命的复活 黑衣骑士 X/S
192 危命的复活 新一回来了X/S
193 危命的复活 约定的场所S
194 别有玄机的八音盒(前篇)
195 别有玄机的八音盒(后篇)
196 看不见的凶器 小兰的初次推理 ◆
197 超级汽车陷阱(前篇)◆
198 超级汽车陷阱(后篇)◆
199 嫌疑犯，毛利小五郎(前篇)
200 嫌疑犯，毛利小五郎(后篇)
201 第10个乘客(前篇)◆
202 第10个乘客(后篇)◆
203 依卡路斯的黑色之翼(前篇)◆
204 依卡路斯的黑色之翼(后篇)◆
205 本厅刑事恋爱物语3(前篇)
206 本厅刑事恋爱物语3(后篇)
207 完美的名推理 ◆
208 迷宫的入口 巨大神像的愤怒★◆
209 龙神山坠车事件 ◆
210 五彩传说的水底龙宫(前篇)◆
211 五彩传说的水底龙宫(后篇)◆
212 松茸、熊与侦探队(前篇)
213 松茸、熊与侦探队(后篇)
214 怀古饭店的神秘事件◆
215 复仇海滩(前篇)◆
216 复仇海滩(后篇)◆
217 目暮尘封的秘密(前篇)
218 目暮尘封的秘密(后篇)
2001年
219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德★ SK
220 一直说谎的委托人(前篇)
221 一直说谎的委托人(后篇)X
222 人鱼失踪记(事件篇)X
223 人鱼失踪记(推理篇)X
224 人鱼失踪记(解决篇)X
225 生意繁盛的秘密 ◆
226 格斗游戏的陷阱(前篇)F
227 格斗游戏的陷阱(后篇)F
228 潜藏杀机的陶艺教室(前篇)
229 潜藏杀机的陶艺教室(后篇)
230 谜一样的乘客(前篇) BF
231 谜一样的乘客(后篇) BF
232 公寓坠落事件 ◆
233 无法消灭的证据(前篇)
234 无法消灭的证据(后篇)
235 酒窖密室事件 ◆
236 南纪白滨的神秘之旅(前篇)◆
237 南纪白滨的神秘之旅(后篇)◆
238 大阪3K事件(前篇)X
239 大阪3K事件(后篇)X
240 新干线护送事件(前篇)X
241 新干线护送事件(后篇)
242 元太少年的灾难
243 毛利小五郎的冒充者(前篇)
244 毛利小五郎的冒充者(后篇)
245 向日葵馆的枪声 ◆
246 缠在网子中的谜团(前篇)
247 缠在网子中的谜团(后篇)
248 疗养森林的不在场证明 ◆
249 偶像们的秘密(前篇)
250 偶像们的秘密(后篇)
251 OK牧场的悲剧 ◆
252 在图画里面的绑架犯 ◆
253 本厅刑事恋爱物语4(前篇) B
254 本厅刑事恋爱物语4(后篇) BF
255 松江玉造连句十四回合定胜负(前篇)◆
256 松江玉造连句十四回合定胜负(后篇)◆
257 非常奇怪的天谴 ◆
258 来自芝加哥的男子(前篇)F
259 来自芝加哥的男子(后篇) F
260 摇动的餐馆 ◆
261 降雪之夜的恐怖传说(前篇)◆
262 降雪之夜的恐怖传说(后篇)◆
2002年
263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁之城★X
264 法庭上的对决 妃VS小五郎 (前篇)◆
265 法庭上的对决 妃VS小五郎 (后篇)◆
266 情人节的真实(事件篇)
267 情人节的真实(推理篇)
268 情人节的真实(解决篇)
269 犯罪的遗物 (前篇)
270 犯罪的遗物 (后篇)F
271 急忙掩饰的忽略(前篇)F
272 急忙掩饰的忽略(后篇) BF
273 猜谜婆婆失踪事件 ◆
274 幽灵屋的真相(前篇) B
275 幽灵屋的真相(后篇)
276 警察手册丢失事件 ◆
277 英语教师VS西部名侦探(前篇) FX
278 英语教师VS西部名侦探(后篇) FX
279 迷宫的阴暗(前篇)
280 迷宫的阴暗(后篇)
281 年幼的目击者 ◆
282 水流石庭的玄机(前篇)◆
283 水流石庭的玄机(后篇)◆
284 中华街 雨中的似曾相识(前篇)
285 中华街 雨中的似曾相识(后篇)
286 工藤新一纽约事件(事件篇)B/S
287 工藤新一纽约事件(推理篇)B/S
288 工藤新一纽约事件(解决篇) B/F/S
289 迷惘森林中的光彦(前篇) B
290 迷惘森林中的光彦(后篇) B
291 孤岛的公主与龙宫城(事件篇)X
292 孤岛的公主与龙宫城(追求篇)X
293 孤岛的公主与龙宫城(解决篇)X
294 爱与决心的粉碎(前篇)◆
295 爱与决心的粉碎(后篇)◆
296 屋形船 震惊的钓鱼 ◆
297 法庭的对决II 妃VS九条(前篇)◆
298 法庭的对决II 妃VS九条(后篇)◆
299 友情与杀意的关门海峡(前篇)◆
300 友情与杀意的关门海峡(后篇)◆
301 恶意与圣者的行进(前篇)
302 恶意与圣者的行进(后篇)
303 能回来的受害者 ◆
2003年
304 震动警视厅 1200万名人质★
305 看不见的嫌疑犯(前篇)
306 看不见的嫌疑犯（后篇）
307 无声的证据（前篇）
308 无声的证据（后篇）
318 幸运的雪茄盒(前篇)◆
319 幸运的雪茄盒(后篇)◆
320 不在场证明的隐身术 ◆
321 消失的绑架逃逸车(前篇)◆
322 消失的绑架逃逸车(后篇)◆
323 服部平次一筹莫展(前篇)X
324 服部平次一筹莫展(后篇)X
325 火焰中的红马(事件篇)X
326 火焰中的红马(搜索篇)X
327 火焰中的红马(解决篇)X
32
333 相似的公主(前篇)
334 相似的公主(后篇)
335 东京现影所的秘密(前篇)F
336 东京现影所的秘密(后篇)F
337 坠落事件的隐情 ◆
338 四辆保时捷(前篇) F
339 四辆保时捷(后篇) BF
340 厕所里隐藏的秘密(前篇) B
341 厕所里隐藏的秘密(后篇) B
342 豪斯登堡的新娘★◆
343 便利店的陷阱(前篇)F
344 便利店的陷阱(后篇)F
2004年
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★ FBX
346 寻找屁股上的印记(前篇)F
347 寻找屁股上的印记(后篇)F
348 爱、幽灵和地球遗产(前篇)◆
349 爱、幽灵和地球遗产(后篇)◆
350 被遗忘的手机(前篇)
351 被遗忘的手机(后篇)
352 钓鱼大会的悲剧(前篇)◆
353 钓鱼大会的悲剧(后篇)◆
354 小小的委托者(前篇)
355 小小的委托者(后篇)
356 怪盗基德的惊异空中步行★K
357 恋人是春天的幻影◆
358 本厅刑事恋爱物语5(前篇)
359 本厅刑事恋爱物语5(后篇)
360 不可思议的春天甲壳虫 ◆
361 帝丹高中的学校怪谈(前篇)
362 帝丹高中的学校怪谈(后篇)F
363 都市的乌鸦 ◆
364 同步性事件(前篇)◆
365 同步性事件(后篇)◆
366 可遇见的码头惨剧(前篇)
367 可遇见的码头惨剧(后篇)
368 魔女栖息的糖果之家 ◆
369 好运男子的历险 ◆
370 四处辗转的游戏软件 ◆
371 沉默的航线(前篇)
372 沉默的航线(后篇)
373 巨毒蜘蛛的陷阱 ◆
374 星星和香烟的暗号(前篇)
375 星星和香烟的暗号(后篇)
376 限时15时 ◆
377 桃太郎解密之旅(前篇)◆
378 桃太郎解密之旅(后篇)◆
379 神秘温泉雪夜振袖事件(前篇)◆
380 神秘温泉雪夜振袖事件(后篇)◆
381 谁的推理秀(前篇)X
382 谁的推理秀(后篇)X
383甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔★ X
2005年
384 目标毛利小五郎 ◆
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲)
388 醉在萨摩的小五郎(前篇)◆
389 醉在萨摩的小五郎(后篇)◆
390 本厅刑事恋爱物语6(前篇)
391 本厅刑事恋爱物语6(后篇)
392 谜样的身长相差20厘米 ◆
393 疑似绑架事件 ◆
394 怪屋大冒险(封印篇)
395 怪屋大冒险(操纵篇)K
396 怪屋大冒险(解决篇)K
397 辛辣苦口却又甘甜的汤◆
398 奇妙一家的委托(前篇)
399 奇妙一家的委托(后篇)
400 持有疑惑的小兰
401 宝石抢匪现行犯(前篇)
402 宝石抢匪现行犯(后篇)
403 不可思议的天使之馆(前篇)◆
404 不可思议的天使之馆(后篇)◆
405 呼叫救护车的男子 ◆
406 柯南和平次的推理魔术(装置篇)X
407 柯南和平次的推理魔术(公馆篇)X
408 柯南和平次的推理魔术(解决篇)X
409 同时进行的舞台表演和绑架(前篇)◆
410 同时进行的舞台表演和绑架(后篇)◆
411 神社鸟居之惊悚暗号(前篇)
412 神社鸟居之惊悚暗号(后篇)
413 完全一半犯罪之谜 ◆
414 追逐蓝色小鸟的少年侦探团◆
415 大凶日出现的恶灵(事件篇)
416 大凶日出现的恶灵(疑惑篇)
417 大凶日出现的恶灵(解决篇)
418 米花町阁楼之家 ◆
419 八歧大蛇的剑(前篇)◆
420 八歧大蛇的剑(后篇)◆
421 银杏色的初恋(前篇)
422 银杏色的初恋(后篇)
423 侦探团和毛毛虫四兄弟◆
424 来自小丑的图片邮件◆
2006年
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间★ BF
426 给兰的情书◆
427 超秘密的上学路(前篇)
428 超秘密的上学路(后篇)
429 无法归来的二人(前篇)
430 无法归来的二人(后篇)
431 本厅刑事恋爱物语7(前篇)
432 本厅刑事恋爱物语7(后篇)
433 柯南 奇怪的孩子◆
434 名犬Cool的功劳◆
435 聚焦侦探团的取材(前篇)
436 聚焦侦探团的取材(后篇)
437 上户彩和新一 4年前的约定◆S
438 鱼邮件的追踪
439 然后谁都无须存在了◆
440 极限赛车表演 ◆
441 通向死亡的“啊”◆
442 被钢筋阻止的男人 ◆
443 叹气拾潮(前篇)
444 叹气拾潮(后篇)
445 俄罗斯蓝猫的秘密
446 被封印的欧式窗(前篇)
447 被封印的欧式窗(后篇)
448 目黑的秋刀鱼事件 ◆
449 本厅刑事恋爱物语 虚假的婚礼★
450 手法VS魔术(前篇)◆
451 手法VS魔术(后篇)◆
452 金比罗剧院的怪人★◆
453 因缘和友情的试映会
454 颠倒的场景(前篇)
455 颠倒的场景(后篇)
456 我喜爱的推理◆
457 园子的红手帕(前篇)
458 园子的红手帕(后篇)
459 怪人 循规蹈矩的男人◆
2007年
460 一年B班大作战
461 消失的一页◆
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 BF
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬 B
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 B
466 分不开的雪人(前篇)
467 分不开的雪人(后篇)
468 池塘边的奇怪事件◆
469 怪盗KID与四幅名画(前篇) K
470 怪盗KID与四幅名画(后篇) K
471 失控的租赁车◆
472 工藤新一少年的冒险(前篇)SK
473 工藤新一少年的冒险(后篇)SK
474 妃英理律师之恋
475 厄运大奖◆
476 元太的必杀射门 (前篇)
477 元太的必杀射门 (后篇)
478 真实的30分钟 ◆
479 和服部平次在一起的3天★X
480 黄色的不在场证明◆
481 山妖姥姥的刀（前篇)
482 山妖姥姥的刀（后篇)
483 消失的巡警◆
484 黑色照片的去向（前篇） BX
485 黑色照片的去向（后篇） B
486 从右至左的招财猫◆
487 本厅刑事恋爱物语8 左手的无名指★
488 电视台的恶魔★
489 法庭的对决Ⅲ 目击者是检察官★◆
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决★XS
510 柯南vs双重暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
512 破碎的星座图 ◆
513 杀意源自咖啡之香（前篇）
514 杀意源自咖啡之香（后篇）
515 怪盗KID的瞬间移动魔术★XK
516 风林火山 迷宫的铠甲武士★X
517 风林火山 阴和雷霆的对决X
518 明治维新神秘之旅（探索篇）◆
519 明治维新神秘之旅（解读篇）◆
520 红酒的告发◆
2009年
521 杀人犯、工藤新一★XS
522 新一的真面目与兰的眼泪★ XS
523 真正想问的事 XS
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇） X
525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）
526 真凶送来的礼物
527 假面戏剧中隐藏的恶意◆
528 以柔克刚谜(前篇)
529 以柔克刚谜(后篇)
530 都市传说的真相（前篇）
531 都市传说的真相（后篇）
532 初恋的伤痕
533 呼唤过去的伤痕
534 新伤痕与吹口哨的男人
535 旧伤痕和刑警之魂
536 消失的名画背后的秘密◆
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）K
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）K
539 给愚者的遗产
540 毛利小五郎侦探停业的日子（前篇）◆
541 毛利小五郎侦探停业的日子（后篇）◆
542 让鱼儿消失的一角岩（前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩（后篇)
544 弹奏不和谐音符之手◆
545 雾中尖叫的魔女(前篇)
546 雾中尖叫的魔女(后篇)
547 与犯人***度的两天(第一天)◆
548 与犯人***度的两天(第二天)◆
549 回转寿司之谜(前篇)
550 回转寿司之谜(后篇)
551 犯人是元太的父亲(前篇)
552 犯人是元太的父亲(后篇)
553 问讯室◆
554 鹳的探索之旅(搜索兰篇)◆ X
555 鹳的探索之旅(追踪阳菜篇)◆ X
556 恐怖的交叉路口◆
557 与危险的二人同行
558 死亡之馆 赤壁(三顾之礼)
559 死亡之馆 赤壁(掌中之物)
560 死亡之馆 赤壁(孔明之死)
561 死亡之馆 赤壁(空城计)
2010年
562 彩虹的诱拐 ◆
563 侦探团VS强盗团(骚乱) F
564 侦探团VS强盗团(沉默)F
565 没有看见的目击者◆
566 搭档是圣诞小子◆
567 降落在露天浴场的杀意◆
568 白鸟警部 樱花的回忆（前篇)
569 白鸟警部 樱花的回忆（后篇）
570 证实几率为零的犯罪◆