主角Shinji Ikari在醒来后发现自己造成了新的破坏。因为无法接受突然袭击军舰的绫波丽的逃离，他和父亲沟通后发现，自己根本没有成功到达绫波丽，这让Ikari信治无法接受逃离。途中，他遇到了正在弹琴的大坂嘉和，并在大坂嘉和的邀请下一起弹琴。