增加了一条以前从未涉及过的周目主线，做了一个全新的原创两周主线剧情和三个周目支线剧情。
一周的目标是“指导”，舞台在游戏世界属的丰原地区。就是对未知原因睡着的主角的记忆，包括之前的主线剧情，并在火岩队和水舰队两个反派身上加入了火箭的主线剧情(与记忆不同的原因会在游戏剧情中详细说明)，这也为第二周的剧情埋下了一些重要的伏笔。
衔接一两周的过渡章节——inter chapter 1《觉醒》和Interchapter 2《逼近》的短章，完成一两周的衔接，讲述主角睡觉前的最后回忆，各地区冠军和重要NPC将在本章登场，银河团和等离子团也将首次正式登场。
二周木的题目是《映射》，是一个完全原创、全新的主情节。流程长度超过1。火箭队在周目有很多新的剧情，舞台是在漫画世界创作的原大陆Sino区。在之前的梦幻世界地图中，新的城市道路和迷宫被大大扩展，包括全新的八道观和精灵联盟。天网的主人和冠军都是原创人物(两周八道加上一周八道，三周1隐藏道，对应六代之前的所有17属性)。主要情节是关于银河集团和等离子集团，历代最重要的NPC冠军都在主线上。
出《隐藏》一章解释一些隐藏的人物设定，在剧情中埋下一些伏笔，这些伏笔对应的剧情在5.0中并没有展开，但细心的玩家应该能发现一些端倪。
三周目标的标题是“未来”，这是一个自由动作(类似于原来口袋的两周目标)，也是口袋日历的真正精髓。战斗中主要增加的是上一个剧情中提到的水镜城北新增的战斗设施“幻影摩天大楼”。可以战斗的人物包括了前五代口袋妖怪所有正统作品中的所有拥有者王者和冠军，已经实现了BW2的PWT发售前最早的一个改版思路(幻影摩天大楼里就有一个)此外还开启了最后一批传奇精灵相关剧情的捕捉。动画世界Abando虽然没有漫画和游戏那么严谨，但也没有再出现在剧情中。不过在三个周目中，加入了小智和火箭的比赛，精灵作为动画中使用的六个精灵组成的队伍。
战时种族值和属性的修改一直是黑暗魅影最有争议的地方。根据第五代的数据，5.0恢复了所有精灵的种族值和属性，也欢迎技能的力量和属性，并调整了精灵的技能列表，修复了之前精灵在低等级时学习太强技能的问题，也修复了精灵无法学习到应该有的重要技能和大部分应该没有掌握的问题。新增(非替换)110新技能，包括第四代和第五代的大部分常用技能以及部分原有技能。
技能。
增加了64个技能的定点教学，包括翡翠没有的技能机和其他后人的定点教学技能，让精灵们的技能配置更加完善。4.5EX的补丁版本中包含了第四代和第五代的新功能。增加了第四代和第五代的部分道具和技能机器，机器数量扩大到56个，从第五代开始一次性使用改为无限使用。
Elf方面
通过替换增加了部分PM(即精灵总数仍为465，438+065，438+0)，包括闪电狮、毒骷髅蛙、慕克英、雪巨人、达摩狒狒、冰精灵、叶精灵、黑酋雷姆、白酋雷姆。而伊布的进化分支从5个增加到7个。
其他细节调整，比如战斗外走中毒不再失血，1级等后代育雏等级调制的设定优化，重要NPC和野兽的战斗音乐优化，野精灵的遭遇率和过程等级的增长速度等，修正了祖母绿异常随机数生成的BUG和石榴果实的BUG(参考HackMew的数据)等等。
如果想了解更多细节，可以去黑暗幻影。