002绑架董事长的女儿(阿笠博士知道她的身份，工藤新一化名江户川·柯南)。
005新干线爆炸(柯南在漫画中第一次得知了杜松子酒和伏特加的代号，但这一集在动画中被修改了，杜松子酒和伏特加被改成了长相相似的两个人)。
013奇怪的谋杀案(宫野明美出现了。这一集在动画中做了修改，内容和漫画有很大不同)
043江户川绑架柯南(父母知道越来越小)
048~049外交官被谋杀(服部平次出道，工藤新一首次恢复)
054电子游戏公司谋杀案(龙舌兰酒出现并被杀)
057~058福尔摩斯谋杀案(其身份已被平治知道)
128 10亿的黑暗组织抢劫案(宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面)
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人(海原艾出现)
131竞技场无差别胁迫(第二部)(阿沙拉说工藤新一半个世纪前就和该组织有关系)。
176告别黑暗组织(灰色原创)(派斯克出场)
177告别黑暗组织(柯南)(宫野志保第一次复辟)
178与黑暗组织告别(解)(皮耶斯克被杜松子酒沉默，贝尔摩出现)
188性爱通行证-山洞里的侦探组复活
189危急生命的复活_受伤的侦探
190危急生命复活_第三种选择(工藤新一第二次复苏)
191危急生命复活_黑衣骑士
192复活暴命_新一回来了。
193危急生命复活_约定地点
226格斗游戏的陷阱(上)(朱迪出现)
227格斗游戏的陷阱(下)
230谜一样的乘客(上)(赤井秀一出现了，情况很复杂)
231神秘乘客(下)
242元简直是灾难(提到琴酒是左撇子)
258个来自芝加哥的男人(第一集)(詹姆斯·布兰克出场)
259个来自芝加哥的男人(下)
269犯罪遗迹(上)(毛利小五郎档案被盗，目标是柯南)
270犯罪的遗迹(第二集)
271的仓促隐瞒的疏忽(上)(灰平原疑似，情况危急)
272匆忙掩盖疏忽(第二集)
277英语老师VS西方名侦探(上集)(柯南请博士调查克里斯·宾亚德)
278英语老师VS西方著名侦探(下)
迷宫的黑暗(第一部分)(克里斯被发现是已故美国明星莎伦·宾亚德的女儿)。)
280迷宫的黑暗(下)
286工藤新一纽约事件(事件)
287工藤新一纽约事件(推理)
288工藤新一纽约事件(解)(贝尔莫德以杀人犯的身份出现，布兰奇追踪到他)
307无声的证据(上)(再次抓住黑暗组织的尾巴)
308无声的证据(下)(下集介绍)
309与黑暗组织的联系(谈判)
310接触黑暗组织(后续)
311接触黑暗组织(致命章节)(柯南得知该组织正在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件)
金钱买不到的友谊(上)(在这一集里，我提到了阿沙拉的父亲:宫野厚司。这是阿笠博士的一个老熟人。)
330金钱买不到的友谊(下)
东京电影制片厂的秘密(第一部)(Ashhara被跟踪，意想不到的事情来了)
336东京工作室的秘密(下)
338四保时捷(第一部分)
339四辆保时捷(第二部)(朱迪和阿凯发现阿沙拉与黑人组织有关联)
340藏在厕所里的秘密(第一部分)
341藏在厕所里的秘密(第二部)(阿沙拉在厕所里发现了母亲留下的录音留言)
343便利店的陷阱(第一部分)
便利店344的陷阱(第二部)(小兰在朱迪公寓的墙后发现了照片，引起了对朱迪身份的怀疑)
与黑组织面对面！月圆之夜的二元之谜(朱迪，赤井，詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯省出场，被阿凯打断后自杀，第一次交锋告一段落)
346寻找p股上的印记(第一部)(为最后一集清理)
347寻找P股上的印记(下)
361迪丹高中的闹鬼学校(第一部)
362迪丹高中闹鬼学校(第二部)(真正的新博士回归)
星星和香烟的代号(上)(一开始柯南记得凶手想在无声路线的警察局打电话给鸟取县的朋友，但最后没有打电话，怀疑是不是和组织有关)
375颗星星和香烟的秘密密码(下)(最后，柯南震惊地听到一个山村警察拨鸟取县奶奶电话的击键，其实和贝尔摩输入boss手机号时的击键差不多，推测boss在鸟取县)。
斯特拉迪瓦里小提琴的不协和音(前奏曲)
386斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐(间奏)
387斯特拉迪瓦里小提琴的不协和音(尾音)(老板手机号找到了，奋斗的新潮流)
425被组织魔爪触碰的瞬间(水无怜奈、基安蒂酒、科恩出现，硝烟再起)
429回不去以前的两个人(第一部)(影游出现在这个大厅里)
430回不去从前的两个人(下)
462黑暗组织的影子，一个年轻的见证者(本堂的应友行为怪异，引起了柯南的注意)
黑暗组织的阴影，奇妙的照明
464黑暗组织神秘阴影重赏。
黑暗组织的阴影，珍珠的流星
484黑人照片的下落(第一部分)
485黑人照片的下落(第二部分)
491红黑的碰撞开始了(最精彩的系列，一定要看)。
492红与黑的碰撞血缘关系
493红与黑的碰撞绝对称得上。
494红色和黑色的碰撞
495红色和黑色之间的碰撞昏睡
497红与黑的碰撞觉醒
498红色和黑色的碰撞令人不安。
499红黑碰撞迷彩
500红与黑碰撞的遗言
501红黑之间疑似碰撞
502红色和黑色的碰撞是白色的
503红色和黑色的冲突
504红黑相撞死亡(第二次对抗，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈中情局身份被组织怀疑)
507卡拉ok包房的一角(第一部分)
508卡拉ok包房一角(第二部)(这个大厅的应友知道柯南是工藤新一，柯南在得知美国联邦调查局有人死了之后想:没问题。这也成为赤井秀一没死的疑似证据之一)
509红白黄侦探组
510柯南VS W暗号之谜
511推理对抗！新沂VS冲矢昴
542让鱼消失的墙角石(上)
543让鱼消失的墙角石(下)
563侦探组VS土匪组(暴动)
564侦探组VS强盗组(沉默)
578召唤危机的红色预兆。
579黑和13的暗示
580急黑时限(水无怜奈被琴酒怀疑没有杀赤井秀一，准备杀水舞，进攻赤井秀一。但事实上，波旁威士忌是在冒充赤井秀一。从贝尔摩那里得知老板的命令后，波旁酒和杜松子酒有了区别。)
扩展数据
《名侦探柯南》传入中国后，人气一直居高不下，备受追捧。这部漫画在国内电视台反复播放。寒暑假期间，往往会出现多个同时放映的现象。
2003年，《名侦探柯南》在上海电视台以9.54%的收视率排名第六，成为第一部挤进中国电视收视率前十的动画片。截止到2015，10，《名侦探柯南》仅在优酷上就播放了11亿次，网友评论超过40万条。
江户川柯南、工藤新一、黑泽明、毛利小五郎是中国家喻户晓的动漫人物，伴随着80后、90后一代的成长。网上调查显示，在中国，很多80后、90后都收藏了《名侦探柯南》系列漫画及其周边爱好，可见这位青梅竹马的朋友对中国年轻一代的影响之大。"
参考资料:
百度百科-名侦探柯南