《名侦探柯南》中的主人公柯南是一名高中侦探工藤新一,被称为“平成时代的福尔摩斯”和“日本警察的救世主”。因为他试图追踪黑组织成员,遭到伏击,并以代号“APTX4869”投毒。他虽然死里逃生,但身体却沦落成一年级小学生的模样。
之后,柯南寻求阿笠博士的帮助。当他童年的朋友毛利兰问他的名字时,他把自己的名字改成了江户川·柯南。在阿笠博士的建议下,他留在小兰的父亲毛利小五郎的家中,以解决各种案件和秘密调查黑组织。
平日里,柯南就待在东京米花町五丁目39号的毛利侦探所里,经常和毛利兰、毛利小五郎一起外出调查案件。因为成立了少年侦探队,阿笠博士经常带侦探队的成员出去玩。