《名侦探柯南》中的主人公柯南是一名高中侦探工藤新一，被称为“平成时代的福尔摩斯”和“日本警察的救世主”。因为他试图追踪黑组织成员，遭到伏击，并以代号“APTX4869”投毒。他虽然死里逃生，但身体却沦落成一年级小学生的模样。
之后，柯南寻求阿笠博士的帮助。当他童年的朋友毛利兰问他的名字时，他把自己的名字改成了江户川·柯南。在阿笠博士的建议下，他留在小兰的父亲毛利小五郎的家中，以解决各种案件和秘密调查黑组织。
平日里，柯南就待在东京米花町五丁目39号的毛利侦探所里，经常和毛利兰、毛利小五郎一起外出调查案件。因为成立了少年侦探队，阿笠博士经常带侦探队的成员出去玩。