美古关系破裂后，特别是卡斯特罗在1961年5月宣布古巴走社会主义道路后，苏联加紧改善与古巴的关系。苏联给予古巴政治、外交和经济支持。1962年7月初，古巴国防部长劳尔·卡斯特罗访问苏联，受到热烈欢迎。美国认为，在这次访问中，苏联和古巴进行了军事合作的探讨，苏联承诺向古巴提供军事援助。
8月31日，美国从侦察机拍摄的航拍照片中看到古巴开始列装苏联防空导弹，还看到苏联船只向古巴运送地对地导弹。9月4日，白宫发表声明，肯定了报纸关于苏联向古巴提供军事援助的报道，包括在这个岛国安装导弹和大约3500名苏联人提供技术服务。苏联断然否认美国的评论和报道。苏联领导人赫鲁晓夫致信肯尼迪，承诺在美国国会中期选举之前，不做任何有损国际关系和两国关系的事情。塔斯社9月11日也发表声明，否认苏联向古巴输送进攻性武器，因为“苏联有能力从自己的领土上给予任何爱好和平的国家支持”。此时，肯尼迪并不认为苏联向古巴提供的武器已经对美国构成严重威胁，美国政府没有必要采取先发制人的措施。但他强调，只要这种威胁出现或古巴成为苏联进攻西半球的基地，美国将采取坚决措施予以回击。进入10个月之后，美国出现了苏联在古巴建立中程导弹基地的报道。肯尼迪政府加强了对古巴的空中侦察和监视。10年10月4日，美国人通过U-2侦察机获得了苏联在古巴建设6个中程导弹基地的证据。65438年6月6日，材料送达肯尼迪，肯尼迪召集国家安全委员会紧急会议，研究对策。会议从6月6日凌晨0: 45开始，持续到20日下午。出席会议的有肯尼迪、副总统约翰逊、国务卿拉斯克、国防部长麦克纳马拉、参谋长联席会议主席泰勒、中央情报局局长麦康奈尔等。此外，肯尼迪的弟弟罗伯特·肯尼迪、财政部长道格拉斯·狄龙、邦迪、总统国际事务助理、美国驻苏联大使以及国防部、国务院和白宫的高级工作人员也参加了会议。以肯尼迪总统为首的国家安全委员会执行委员会全权处理与古巴有关的事务。关键问题是迫使苏联从古巴撤出中程导弹。肯尼迪最终做出了选择:封锁。美国政府为此采取积极行动，一方面加强美国在该地区的军事态势，同时争取外交支持。
65438+10月22日下午6点，rusk向苏联驻美大使通报了封锁的决定。6: 15，驻华盛顿的西方大使收到了美国政府关于封锁的通知。7点和7点半，肯尼迪发表电视讲话。肯尼迪指出，古巴建造的导弹基地可以打击西半球的大多数城市，这构成了“对所有美洲国家的和平与安全的明显威胁”。苏联在古巴的这种“秘密、迅速和不同寻常的集结”是“出于预谋的改变现状的挑衅性和不正当的行动”，这是美国完全不能接受的。肯尼迪强烈呼吁赫鲁晓夫“停止并取消这种对世界和平和我们两国稳定关系的秘密、鲁莽和挑衅性的威胁”，并要求苏联放弃其世界霸权的计划，结束危险的军备竞赛，从古巴撤出导弹并保持克制。
10年10月24日，执行任务的舰队在68个航空中队和8艘航空母舰的护航下进入封锁区。美国也集结了战后最大规模的登陆部队。战略空军进入战备状态，摆出应对突发事件、对古巴采取行动的姿态。美国也开展了一系列外交活动，以赢得盟友和国际社会的支持。10年10月23日，美洲国家组织召开会议，批准了美国的封锁政策。美国驻联合国大使要求安理会召开紧急会议，讨论苏联在古巴部署导弹对“世界和平与安全造成的危险威胁”。
面对肯尼迪的封锁和恐吓，苏联的态度发生了很大变化。当初苏联态度强硬，把美国的封锁照会作为不能接受的文件退回给了美国驻苏大使馆。10年10月23日，苏联政府发表声明，警告美国政府“如果贸然玩火，要对和平的命运负严重责任”。苏联政府呼吁各国政府和人民“强烈抗议美国对古巴等国的侵略，坚决谴责这些行为，阻止美国政府发动热核战争”。苏联政府指示其驻联合国代表提议召开安理会，讨论美国“违反《联合国宪章》并威胁和平”的问题。与此同时，苏联加速在古巴建设导弹基地。在美国强大攻势的压力下，苏联开始撤退。而且还提出了一些讨价还价的条件。24日，美国被告知12艘开往古巴的苏联船只停止前进。26日，美国海军检查的几艘苏军舰艇及其借用的舰艇通过了封锁。同一天，苏联发出消息，如果美国承诺不入侵古巴，它可以撤回导弹。国务院对此很感兴趣。赫鲁晓夫在27日给肯尼迪的信中重申，苏联向古巴提供武器“只是加强了其防御能力，因为古巴不拥有任何武器”。赫鲁晓夫说，美国在苏联周边国家部署导弹确实让他感到不安。赫鲁晓夫建议，“我们同意从古巴撤回你们认为是进攻性的手段。同意实现这一目标，并在联合国宣布这一保证。美国代表需要声明，考虑到苏联的安全和焦虑，美国将从土耳其撤回自己的手段”；苏联承诺在安理会范围内宣布尊重土耳其领土和主权的不可侵犯性。他强调，美国也应该做出类似的声明。肯尼迪27日回复了赫鲁晓夫写给他的亲笔信，提出如果苏联在联合国的观察和监督下撤回部署在古巴的武器系统，并承诺不再向古巴进口，美国将同意“立即取消现有的隔离措施”，并“提供不攻击古巴的保证”。罗伯特·肯尼迪会见苏联大使，要求苏联在48小时内从古巴撤回导弹，称“美国不能在威胁的压力下做出撤回在土耳其导弹的决定”，在外交上和西方盟国内部对自己造成了不利影响。他告诉大使，“肯尼迪总统早就渴望从土耳其撤走这些导弹”。10年10月28日，赫鲁晓夫在广播讲话中公开回复肯尼迪，苏联政府下令“拆除你们所谓的进攻性武器，打包运回苏联”。在这封公开信中，赫鲁晓夫重申“苏联政府向古巴政府提供了经济援助和武器。因为古巴和古巴人民一直受到入侵古巴的威胁。”赫鲁晓夫谴责美国飞机入侵苏联和古巴领空，但表示愿意同意与肯尼迪交换意见，以缓和国际紧张局势。肯尼迪政府认为，古巴导弹问题的主要目标是迫使苏联撤走导弹，消除对美国的军事威胁。苏联和美国都采取措施履行承诺，古巴导弹危机已经成为历史。