知道他真实身份的有：阿笠博士、父亲工藤优作、母亲工藤有希子、服部平次(与柯南一起破案过程中发现)、怪盗基德(M3中发现)、宫野志保(变小前奉黑衣组织之命调查工藤新一时发现)、宫野明美（柯南承认，已死）、泽田弘树（诺亚方舟，第六部剧场版中与柯南玩“茧”时通过DNA检测发现，已死）、Vermouth（贝尔摩德）（与工藤新一的母亲是同事也是朋友，见过工藤新一小时候的照片)、本堂瑛佑(柯南承认)、赤井秀一（在TV版中据说已死，可是后来在漫画版中再次出现）、鲁邦三世、峰不二子、次元大介、石川五右卫门（鲁邦三世VS名侦探柯南中发现）Irish(M13中通过指纹对比发现，已死）。
注：伊东末彦是有争议的，有人认为伊东末彦知道他的真实身份，在此解释一下，指纹对照确实知道了他是工藤新一，但不知道柯南＝工藤新一，所以不能算是知道他真实身份。
庄堂胡桃在533话《呼唤过去的伤痕》中对柯南说的一句话，证明她也有可能知道柯南的身份（不过她知道柯南身份的途径暂时未知）。