高三学生工藤新一和初恋同学毛利兰去操场玩，当场目睹了黑袍男子的变态行径。
工藤新一，谁只是试图窥探业务，忽略了另一个从后面接近他的共犯。他被那个人毒死了，醒来的时候身体居然变小了！
如果这些混蛋知道工藤新一还活着，他们不仅会失去生命，还会继续严重危害周围的人。在阿笠博士的建议下，他选择隐藏自己的真实身份。
当Hiko问他的名字时，他的笔名是江户川·柯南。为了更好地收集这些混蛋的情报信息，他住在彦的家里，他的父亲在那里做侦探。
神秘的黑暗组织...他只知道它们是用酒的名字缩写的。为了更好地揭露这些混蛋的真面目，小侦探江户川·柯南逐渐展示了他的才华！