工藤新一是一名高中侦探，在平成时代被称为夏洛克·福尔摩斯。在和青梅竹马的小兰去游乐园的路上，他目睹了一场由黑衣男子组织的可疑交易。因为他只看着交易，没有注意到后面又来了一个人，就中毒了，变小了，待在小兰家里。
期间柯南喝了平治带来的白干酒后变回了原来的样子，身份被平治识破。
接下来的标志性案件是一起十亿美元的抢劫案。柯南跟随银行职员广田亚米(抢劫案的罪魁祸首)来到一个仓库，却发现亚米已经被杀。她临死前透露，杀死她的是一个神秘的组织，她只知道组织里的颜色只有黑色。这让柯南想起了杜松子酒。
然后，柯南的班上来了一个叫海原爱的女生，很冷，还有点神秘。在与侦探小组一起破获假币案后，柯南把吓哭了的萧艾送回家，不料却被送到了阿笠博士家附近。这时，海原爱告诉柯南，她是APTX4869的研究员。因为姐姐被杀，阿沙拉对组织不满，被组织囚禁在实验室。她想在吃APTX4869之前自杀，但它变小了，逃走了。艾回忆说，该组织的信息盘可能和她姐姐的照片混在一起发给了广田博士，于是他们一起去了广田博士的家，不料广田博士在密室里被杀。
柯南解决了命案，拿回了磁盘，但磁盘被安装了病毒，数据消失了。
永别冥界:柯南和海原爱在上学的路上发现了金的保时捷。柯南和阿沙拉在车上安装了一个发射器，被金发现后销毁了。但在此之前，柯南听到了Cuphouse酒店追悼会的线索，带着艾赶到了。这期间，发生了一起命案。艾与柯南分离，艾被组织成员皮耶斯克绑架(他怀疑阿沙拉的身份)，关在酒窖里。艾在酒窖里找到了该组织的资料。柯南带领她逃出烟囱，但艾说她的身体不够长。这让柯南想起了白干酒，感叹喝了白干酒会改变原来的样子，但是逃出来之后却迎面遇到了杜松子酒。(不幸)柯南用变声器救了他，受了重伤。磁盘也和外套一起留在了酒窖里，被杜松子酒烧了。皮耶斯克因为工作不好被琴酒杀死，阿莎拉的身份得以保留。
第188集介绍了死亡复活洞中的侦探组和去阿笠博士露营的年轻侦探组柯南。他们去捡柴火，发现了一个山洞。当他们进去的时候，他们看到一个可疑的人扛着一具尸体。柯南被犯人的枪毙了，年轻的侦探组受到了前所未有的威胁。
第189集介绍了危急生命的复活。一个受伤的侦探把重伤的柯南背上。侦探们开始根据洞穴中的暗号寻找出口。之后犯人被黄昏刚到的警员追了出来带走。柯南很快被送往医院。小兰深信柯南就是心怡，给他输血，让柯南脱离危险。
第190集介绍了危急生命的复活。第三个选择柯南担心要不要告诉小兰真相。Ash当晚出现在柯南的病房，把枪对准了柯南！与此同时，小兰的学校正在筹备文化节。柯南出院后也去看了小兰主演的剧，但是观众席上一个人突然倒下死了。死因是氰酸钾！
第191集介绍垂死的黑骑士复活。在小兰主演的话剧演出中，发生了一件命案。原本由新医生扮演的黑骑士被...黄昏的警官以为被害的普田是被同伴在他的饮料里下毒，但实际上，他已经准备断定这是自杀。这时，一个意想不到的身影出现了。
新黑骑士的身份破案，柯南此时也在场(海原爱饰演)，从而打消了兰的疑虑。
226格斗游戏的陷阱(上)
227格斗游戏的陷阱(下)
兰的新老师朱迪老师出现在现场，疑似黑组织成员，经常关注柯南讲道理，给柯南拍照。
230神秘乘客(上)
231神秘乘客(下)
赤井秀一的最后一句话非常发人深省。获救后，他似乎在向某人报告:“如果目标丢失，再联系。”他被怀疑是该黑人组织的成员。
258个来自芝加哥的男人(第一部分)
259个来自芝加哥的男人(下)
作为粉丝的同一个男人，詹姆士出现了，主要是阿凯最后的情人的粉丝(后来发现是阿沙拉的妹妹宫野明美)。
269~270犯罪遗迹
艾的名言，柯南跑回家的场景，赤井秀一在侦探所外的监视，失踪又回来的毛利侦探的调查档案。
271~272绝望中省略X的含义，贝尔摩神秘的话语和射飞镖的动作，飞镖靶上有雪莉的照片。
277~378英语老师对西方著名侦探的评价
柯南想到会场可能会有一些有组织的人——克里斯和一个身份不明的美国人宾亚德，想到了朱迪老师，一起去拜访他。
雨中中华街284~285号似曾相识
莎朗·宾亚德286年至288年出现在工藤新一的NYの事件中。事实上，她和女儿克里斯·宾亚德是同一个人，两人都是贝尔摩伪装的。她还假扮成杀人犯，与美国联邦调查局检察官赤井秀一发生枪战。她想攻击发现她藏身之处的兰，却因栏杆断裂而被兰解救，并将兰视为天使。至此，赤井秀一的嫌疑被洗清了。
304 12万人质震动警视厅★
精彩，不是主线，但一定要看。
307无声的证据(第一部分)b
308沉默的证据(下)
309与黑暗组织的联系(谈判)
310接触黑暗组织(追踪)b
311接触黑暗组织(致命章节)
三家软件公司委托毛利侦探寻找失踪的软件设计师板仓先生，柯南在他们的谈话中发现这也和黑组织有关。再找到板仓先生时，他已经遇害，但他留下了一条与该组织有关的线索——一本日记。顺着线索，柯南遇到了琴酒，而不是板仓先生，留下追踪器被毁，毫无结果。
340藏在厕所里的秘密(上)b
341藏在厕所里的秘密(下)b
找到哀悼父母留下的磁带。
343便利店的陷阱(第一部分)
344便利店的陷阱(下)
朱迪一出现，兰在朱迪家玩耍时，意外发现了他与柯南、心怡的合照。
345和黑组织直面月圆之夜的双重神秘★
小五郎收到一封署名苦艾酒的邀请函，邀请他参加不合适的万圣节化妆舞会。小五郎被真理子装扮成吸血鬼，很帅。小兰打电话给医生，问心怡有没有收到类似的信，让医生不要告诉柯南，因为她看到了朱迪给柯南拍的照片，不想让柯南冒险。但是，柯南看着医生旁边寄给信义的信，不顾足原的反对去参加聚会。告诉医生，信封上写着“工藤新一接受”，但信头是亲爱的江户川·柯南！叔叔和真理子参加了在幽灵船上举行的聚会，然后那个打扮成木乃伊的神秘人(实际上是一个隐形人)出现了。请贴出来给工藤新一看，但是他的眼镜是浅绿色的眼睛(柯南是蓝色的，而一休和平吉是绿色的)。在船上，舅舅被分成了七人一组，包括打扮成小巫婆的圆仔、迷人的美杜莎、不停叫喊的狼人、神经质的弗兰肯斯坦、懦弱的木乃伊(工作人员)和疑似新一的隐形人。有三个人在听医生家的电话。新医生打电话给芦原，说要去医生家检查感冒还没好的原灰。这个时候医生家里只有足原一个人，而且一直有医生和柯南的对话录音。在去医生家的路上，辛楚遇到一个工程队在修路。他走后，修路人拿出对讲机，说已经过去了。足原打开门，看到了朱迪。辛楚来的时候看到阿莎拉上了朱迪的车真好，于是他也跟了上去。案件发生后，小五郎和隐形人分别展开调查。我觉得那个人90%是秀吉。然而，当他说话时，却是新一的声音。当他一层一层解开纱布的时候，新一真的出现在大家面前了！！！打扮成僵尸的伏特加酒不敢相信自己的眼睛，因为他以为侦探已经被大哥毒死了(所以黑组织很蠢)。坐在朱迪的车里，足原提出了一个要求。但是新一，不要一出来就谈案子。联系你的感受。鸡尾酒，一种鸡尾酒，过去在混合几种酒时，用公鸡尾巴的羽毛搅拌，故名。破绽是狼人喝了一种叫银子弹的鸡尾酒，意思是银子弹，传说中唯一能杀死狼人的武器。虽然狼人承认了，但他说这是贝尔默导演的。朱迪的车突然转向，停在一个港口，与新车面对面。两人下来对峙。朱迪不知道出于什么目的，提到了即将开审的新父亲谋杀案，说新出智明只是为女佣开脱，但实际上是扣动了扳机，射杀了他的父亲。新的惊喜说我爸爸触电死了。朱迪指出，为了保光，你跟警察做了假口供，还偷了案卷，所以你并不知道这件事，所以你说这些是为了让新医生继续存在(明治，他什么时候...啊)，一个秘密造就一个女人，(她恢复了纯正的日语)这是你留给我的最后一句话，不是吗——克里斯·温雅德，或者。原来，当朱迪还是个孩子的时候，她碰巧看到了杀害她父亲的美国联邦调查局特工贝尔默。她把父亲的眼镜还给了小朱迪，并说:秘密使女人成为女人，然后放火烧了一切。然而，朱迪碰巧逃脱了这次抢劫，并加入了证人保护计划，接替她的父亲成为美国联邦调查局特工朱迪·史达琳。这里，朱迪说克里斯已经退休了。从上一集可以看出，她的年龄很奇怪。克里斯的妈妈莎伦是彦的朋友，所以她应该很老了。幸运的是，明治没事，被美国联邦调查局救了。朱迪问克里斯为什么她不会变老。她的指纹和她母亲莎伦的一致。这是怎么回事？这时，似乎组织成员占了上风。朱迪被狙击手射杀，伯默称那个人是卡尔瓦多斯省。果然新的那个大的其实很好看，那个漂亮的美杜莎应该像个孩子。而朱迪车里的灰平原就是柯南的脸。但是另一辆出租车来了。足利的出现打破了当时的平衡。曾将麻醉针对准贝尔默的柯南，被她依次射中，昏了过去，但被轻轻放在地上。贝尔若有所思地要射杀足原，足原要求不要伤害他人。然而，躲在朱迪后备箱里的小兰却肆无忌惮。原来小兰看到了朱迪老师房间的照片，不放心考朱迪。即使听不清后备箱里的对话，枪声一响她就冲了出去(钥匙被作者轻轻拿走，好让她继续骗钱)，Ashhara觉得自己是个姐姐(以后大家都是姐妹_)。狙击手不听贝尔默的停止命令，开枪了。危急时刻，朱迪爬到枪击死角拿到武器，将贝尔默击伤。然而，装枪的声音从集装箱后面传来，但一休出现了，而且状态极佳。贝尔默被击中要害。如果她没有穿防弹衣，她可能已经死了。她劫持了柯南并逃跑了，两个美国联邦调查局特工没能阻止她。秀说她还不能见茶发姑娘，就走了，不管朱迪的枪伤，留下朱迪一个人应付因为小兰报警而赶来的警察。
别忘了柯南也不是省油的灯。他很早就醒了，身上带着某种发射器，等着贝尔默联系他的老板，以便威胁她带走他。贝尔默也是个厉害角色，放了摇头丸，先醒过来把发射器给毁了，但是他没有杀死柯南，而是跑到一个电话亭向琴酒求助。当被问及是否认识一个叫工藤新一的人时，她选择否认。原来，为了吸引一休，她假扮成一个银发杀人犯。她当时不想遇到小兰和辛屹，救了她一命，所以她对辛屹和小兰心存感激，不想伤害他们，虽然她最后承认这个很酷的家伙可能是可以摧毁组织的银弹。难怪当时莎伦说我找到了自己的天使。)
425黑撞击！黑组织魔爪伸出的那一刻
小五郎在与播音员的交谈中得知她被恶作剧的门铃所困扰，于是与柯南、兰一起来到仁爱的家。
虽然小五郎等人抓到了犯人，但此时柯南从安装的bug中意识到，可惜奈其实是黑组织的黑帮成员。
随后，该黑组织制定了在edayP下午1暗杀一名代号为DJ的男子的计划。关注可怜奈的美国联邦调查局经纪人朱迪决定与柯南联手。为了阻止暗杀计划，她需要知道ADP和DJ是什么意思，然后开始推理。
在身为小五郎粉丝的兰坂转校生英佑来到侦探所后，一个叫三角渡的人来到了办公室。原来他是来委托小五郎帮忙寻找妻子安美的。
据报道，他昨晚和妻子吵架了，今天早上起床时，他发现妻子不见了。因为艾米的车上有三角作业的书，他希望小五郎今天能找到她。为了找到艾米，小五郎、柯南和三角决定先去三角和他妻子相遇的地方。
颖佑和水无怜奈长得非常像，这让柯南非常警觉。
462黑暗组织的阴影年轻的证人463黑暗组织的阴影奇妙的照明B
464黑暗组织的阴影，神秘的高额悬赏b
说起来太复杂了。
491红黑碰撞的开始
柯南给平治讲了小时候英佑和父亲的合影，以及和父亲等人在电话里的对话。有两个人认为我们的父亲和黑人组织之间似乎有某种联系。打完电话后，柯南带着小兰和圆圆去四米花医院看望他的初中同学。出来参观后，园子在医院的走廊里看到了这个大厅。这个大厅正举着水无怜奈的照片，向护士询问着什么...
492红与黑的碰撞血缘关系
柯南等人看到我们姐妹的照片，只能确认只见过可怜奈年轻时的样子。安业用旧图像数据证实了这一点。那段视频是报道工厂爆炸事故的现场直播节目。因为需要输血，护士在找AB型的人。当听说需要AB型时，怜惜奈做出了献血的举动。因此，本堂得出结论，惜奈不是她的妹妹。在这一点上，柯南打算让这个大厅告诉大家他和妹妹之间的血型。
493红与黑的碰撞绝对称得上。
494红色和黑色的碰撞
495红与黑昏睡的碰撞(一个值得一看的案例是应友胸前的伤疤)
《南湘》讲述了嬴游的姐姐和水无怜奈不是同一个人的故事。柯南回家的时候，兰告诉他从寒假开始就联系不上我们学校了，还说寒假前好像听我们学校说在北子湖中心医院发现了什么线索。柯南认为水无怜奈所在的医院是我们学校找到的。但实际上，这堂课提到的线索指的是他的父亲，他一直没有他的消息。他好像在他父亲的公司找到了一个同事。
496红黑碰撞入侵
北湖中心医院护士雅江告诉柯南，英优在另一家医院做了手术。据说我们学校得了白血病，在搬到大阪之前做了手术。随后，美国联邦调查局成员詹姆斯前来报告，潜伏在医院的涉黑组织成员就在这三人之中，分别是右脚骨折的穆欣张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道和急性腰痛的希亚忠男。詹姆斯和其他人想知道如何找到那个人...
497红与黑的碰撞觉醒
深夜，正在寻找组织伙伴的南天偷偷溜进了护士值班室。虽然茱蒂等人打算逮捕，但南天趁乱逃走了。后来，南天在乘车逃跑的途中，发现自己被赤井跟踪，自杀身亡。对怜悯病房的调查没有成功，朱迪稍微松了一口气，但杜松子酒、伏特加等人已经注意到Kir在北湖中心医院。金正在制定下一个计划，以营救基尔...
498红色和黑色的碰撞令人不安。
医院附近发生突发集体食物中毒、异味引起人员骚动、火灾等三大事件。后来，我在医院的问讯处收到了一个给詹姆斯的包裹。邮件客户端是南天，一个已经自杀的组织伙伴。包裹里面是一盆花，叫楼豆草。此后，前三起事件中涉及的伤者和病人蜂拥至接待大厅，美国联邦调查局无法进行例行搜查，很快陷入混乱。与此同时，赤井发现花盆里放了一颗炸弹。
499红黑碰撞迷彩
在库普中心医院的病人吊唁处发现了约60枚炸弹。当搜查人员收集炸弹时，他们发现穿着医院服装的水无怜奈出现在电视上。搜查人员赶到了惜奈的病房，但他们看到的是躺在床上的惜奈。原来电视上的图像是通过编辑之前的数据合成的。根据炸弹里放的发射器，组织锁定了惜奈的病房。意识到这一点，詹姆斯决定采取最后的手段...
500红与黑碰撞的遗言
美国联邦调查局已经计划用三辆车来掩护和转移基尔。金准确判断出基尔乘坐的是3号车。组织决定跟踪3号车。正在开车的骆驼试图摆脱轨道，但突然遭到炸弹箱袭击，3号车撞上护栏停了下来。随后，怜奈从副驾驶位置跳了下来。后来，当基安蒂酒打算除掉骆驼时，突然第三辆车爆炸了！？
事实上，这个行动完全在赤井秀一和柯南的预料之中。他们发现，水武其实是颖友的姐姐，血型不一样是因为颖友得了白血病，姐姐为他捐了骨髓，所以换了血型。她接替了父亲的工作，成为了中央情报局的一员。因为一次行动被组织发现，她的父亲为了保护水无怜奈被迫自杀。水无怜奈想回去做卧底，并同意将信息传递给美国联邦调查局，但她要求美国联邦调查局保护英宇的安全。赤井秀一和骆驼表演了上述戏剧，使水舞回到了组织。
501红黑之间疑似碰撞
柯南和元太、步美、广彦、阿笠博士、阿沙拉等人去新米花酒店吃自助餐。在路上，柯南把之前发生的事情告诉了芦原。到达后，看到高木刑警的巡逻车来了。据说旅馆里发生了一起谋杀案。受害者是一家经济公司的总裁，该公司租用39楼的酒店，主要培训外国演员。秘书说，柯南几次听到总统的上半身被手枪击中。
502红色和黑色的碰撞是白色的
嫌疑人是托比·凯因斯、南波瑠·巴库纳和三名美国联邦调查局特工之一的卡梅尔。随后，千叶刑警将雨衣、手套和手枪放入屋顶的器具后，秘书伊琳娜成为嫌疑人之一。调查完遗骸后，柯南决定从似乎握着什么东西的右手看调查。然后我在桌子上找到了备忘录，上面有纸和笔杆。这时，为了消除疑虑，金向基尔传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。
503红色和黑色的冲突
对沙内谋杀案的调查停滞不前，毫无进展。在等待破案的同时，嫌疑人南波瑠和伊琳娜回到了各自的工作岗位上，托比惊讶于他们如此重视自己的工作。后来，柯南注意到犯人拿走了笔记本，于是告诉警官辨认犯人的方法。他说只要准备好和嫌疑人一样数量的椅子，然后嘴里念出某种咒语，就能知道犯人是谁。于是，警官牧牧把四个人叫进房间，让他们站在椅子前，开始念柯南教他的咒语。
504红黑相撞死亡。
赤井和kir在来叶山路相遇。之后，kir用手枪射穿了Akai的肺部。通过摄像头看着情况的金，给基尔下达了继续暗杀的命令。Kir用手捂着腹部，用手枪射中了Akai的前额。后来由于巡逻车的出现，kir将Akai的尸体横放在车上，埋下定时炸弹，乘车离开。然后，当巡逻车开到赤井的车附近时，炸弹爆炸了。
与黑团的战斗已经到了白热化的阶段。
明美被组织杀死，是因为赤井秀一被介绍加入，然后赤井的身份暴露，组织不得不除掉明美，灰色平原变小了(多么奇妙的命运)
563侦探组VS土匪组
美国联邦调查局的朱迪看到了那个被怀疑是已故的赤井的人，于是去帝国首都银行提取现金。我偶然发现柯南和少年侦探团也在帝都银行。此后，银行里响起了枪声。原来是5个银行劫匪开了一枪示威。枪声也传到了陪袁夫人上厕所的柯南一行人的耳朵里。劫匪命令工作人员关上卷帘门，将顾客聚集在一个地方。当时朱迪看着旁边的客人，很惊讶。他是一个刚认识的人，疑似赤井...
564侦探组VS土匪组
柯南用变声器，伪装成一个晕倒在卫生间的劫匪的声音，连接上另一个劫匪的手机。随后柯南与广彦、元太、步美七信联手制服了一名劫匪。然后柯南推理强盗团伙太在乎时间，结合朱迪传来的消息，推断出强盗的行动。柯南从昏厥的歹徒摘下蒙面帽子的事实中感应到了劫匪的目的，并指示广彦采取行动阻止劫匪的计划。
最后，那个被怀疑是赤井秀一的人神秘失踪了。
可能是不完整的，因为很多都是以案例为主，但只有一两个话题改变了组织内容，很多剧集成了主线。
最后一句忠告，慢慢来，快餐文化总是不那么令人愉快的。