贝尔摩是一名黑人黑帮杀手，他杀死了一直在调查该组织的美国联邦调查局特工朱迪·史达琳的父亲，并放火烧朱迪的家。年轻的朱迪活了下来，在证人保护计划下受到她父亲同事的保护。贝尔摩对小朱迪说的“秘密使女人成为女人”给她留下了深刻的印象。
女演员莎伦·温雅德(即贝尔摩)和工藤有希子向魔术师黑羽盗一学习，并成为朋友。
307-308龙舌兰酒找到板仓卓，命令他开发一个系统软件，但遭到拒绝。之后，黑衣组织骚扰板仓卓，最后逼迫他犯罪。
286-288
工藤新一和毛利兰访问了纽约，习字招待了他们。在剧院门口，他们相遇并认识了莎伦·温雅德，但莎伦在歌剧开始前借口有事离开了。后来，兰在路上遇到了追赶银发杀手的，又在废弃的仓库里遇到了受伤在逃的银发杀手。满头银发的凶手在试图杀死他们时，因栏杆断裂而从高处坠落，被何蓝心怡所救。事后发现银发凶手已自杀，但现场所有痕迹均被抹去，令人怀疑。(兰解救的银发凶手假扮贝尔摩，自杀的银发凶手被贝尔摩杀死)
-莎伦伪造了自己的死亡，并继续以女儿克里斯的假身份生活。
1、2、4
新一和青梅竹马的兰一起去游乐园时，无意中目睹了黑衣人神秘的地下交易。当他被伏特加和杜松子酒发现后，他强迫药物变小。之后，他把这件事告诉了阿笠博士，并决定隐藏自己的身份。他改名江户川柯南，转学到迪丹小学，成为少年侦探队的一员。
五
五十二个
柯南在漫画中学会了杜松子酒和伏特加的代号(在动画中，是雾狗杀事件的标题)。
13
在漫画中，宫野明美被杜松子酒杀死，但动画版被改为被警察逮捕。
43
工藤和妻子得知了柯南的身份。
48-49
服部平次出现了，柯南白喝了，暂时恢复了。
54
柯南偶遇黑组织成员龙舌兰，但被杀。
57-58
服部平次知道柯南的身份，开始合作。
128-131
宫野志保的妹妹宫野明美被杜松子酒杀死，宫野志保也变小了，逃离了组织，住在阿笠博士的房子里。她改名为APTX4869，转学到迪丹小学。后来，海原爱还透露，该组织在半个世纪前就已经策划了一个大计划。
176-178
柯南和足原偶然发现了金的保时捷，当他们想追踪它时，金找到了追踪器。但柯南还是知道组织成员皮斯科会在巴渝酒店实施暗杀。柯南和足原到达北湖酒店，但金已经通知皮耶斯基雪莉在跟踪她，并告诉他雪莉一定会去北湖酒店。皮耶斯克刺杀成功后，找到了阿沙拉，把她藏在酒店的酒窖里。柯南联系上了阿修罗，让她白喝了。阿沙拉回过神来，从烟囱逃到酒店顶楼。没想到，杜松子酒和伏特加已经在顶楼了。在杜松子酒的折磨下，阿沙拉拒绝说出自己离开组织后的所作所为，他身中数枪。柯南赶到后用麻醉枪打了金酒，而阿沙拉则从烟囱逃回了酒窖。这时候白工的药效过了，灰身又变回来了。派斯克露出了他的真面目。在准备处决足原的时候，柯南再次赶去营救足原，而皮耶斯克则因为刺杀中的重大失误，被琴酒灭口。(贝尔摩当时也在现场，事后拍了照片，在日本定居。因为艾觉得当时有其他组织的成员在场，所以事后柯南开始怀疑她也是该组织的成员。)
170-171
新出智明的父亲被继母杀害，在柯南的帮助下破案。
-随着年龄的增长，朱迪加入了美国联邦调查局，跟踪贝尔摩到了日本，并在迪丹高中当了一名英语老师。
-
贝尔摩制造了一场车祸，企图杀死新出智明一家，但新的一家受到了美国联邦调查局的秘密保护。贝尔摩开始伪造他的新身份。
226-227
朱迪出道认识了柯南，看到他在园方的帮助下破案。
230-231
少年侦探队和医生在公交车上遇到了一起去美术馆的朱迪和辛楚。这时，艾觉得车上的组织成员变得非常害怕。后来，大巴被劫匪劫持。虽然在大家的努力下劫匪终于被抓到，但艾还是待在快要爆炸的车里想死。最后被柯南救了。布兰奇打电话来的时候，他说他在看一个人。
253-254
新医生(假扮贝尔摩)可能发现柯南在分析案情，使用变声器。
258-259
柯南和其他人认识了来自芝加哥的老人詹姆斯·布莱克。后来因为被误认为名人而被绑架。后来在柯南的帮助下获救，被赤井接走。与此同时，詹姆斯也发现柯南不同寻常，并称柯南为福尔摩斯和酷哥。
269-270
高木提到，与毛利小五郎有关的文件被盗，然后被送回。赤井监视毛利侦探社。
271-272
朱迪提到了美国联邦调查局；在她的谈话中；贝尔摩给金发了一封邮件，提到了雪莉，并把飞镖发给了的交叉照片，还有柯南和兰的照片。
277-278
案卷的丢失让柯南非常不安。他基本肯定克里斯是该组织成员，并进一步怀疑朱迪=克里斯。碰巧来到这里的服部哲对此很感兴趣，于是鼓励柯南去朱迪的公寓探险，双方接触过程中发生了一起命案。虽然案子破了，但是朱迪的探索失败了。最后，一张柯南和兰的照片出现在朱迪浴室的镜子后面，照片上的字迹和贝尔摩的一模一样。随后的情节显示，这是朱迪潜入新房间(也就是贝尔摩)发现相关照片后复制的。与此同时，朱迪也了解到贝尔莫尔的目标是莫宁，柯南最后说除了朱迪之外的另外两个可疑人物应该是阿凯和纽莫尔。
284-288
毛利兰回忆起她和新一去纽约玩时发生的事情。
289-290
Haibara Ai提到，沼渊己一郎是该组织的成员。
307-311
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从当事人的对话中，柯南得知他是龙舌兰酒的联系对象，龙舌兰酒是在电子游戏公司谋杀案中被杀的组织成员。最后，通过追查案情，柯南得到了该组织的线索——板仓日记(案件最后，柯南和蓝遇到了，并提到了，此外，柯南还得知了蓝和阿凯的相遇)，得知了黑组织的行踪，并试图冒充板仓和伏特加酒的接头，但被琴酒识破未果，差点被琴酒抓住(柯南和艾离开时，恰好被阿凯看到)。在板仓的日记中提到，黑组织的庞大计划甚至影响着人类的未来。
329-330
阿笠博士提到艾未未的父亲宫野厚司是一位著名的疯狂科学家，而他的母亲艾琳娜是一名英国学生，黑组织可能正在从事一项起死回生的计划。
335-336
柯南和艾都觉得自己被跟踪了，但跟踪者最终被迫放弃。(最后，赤井秀一的出现表明跟踪他们的人是美国联邦调查局。由于艾与照片中的人物相似，美国联邦调查局猜测她就是贝尔摩的目标。此外，赤井最后对艾的照片说“太像了”，暗示他和艾以前就认识。奇怪的是，朱迪和阿凯似乎并不经常联系，也不经常交换信息。
338-339
340-341
艾感冒发烧，医生和柯南送他去医院，却被一个命案堵在停车场。后来，他遇到了兰，花园和朱迪在购物，和，谁发现了他们的行踪，跟着他。最后柯南破案了，医生却借了朱迪的车送艾回家，找了新医生给艾看病。在故事的最后，贝尔摩烧掉了艾的照片，说:“你准备好了吗？我找到了，我去找你”，贝尔摩和美国联邦调查局夫妇都知道她的地址，贝尔摩还在医生家里装了窃听器。在博士家被窃听后，博士带着柯南和艾去拜访艾父亲生前的挚友，设计师出岛试图了解更多关于艾父亲的情况。另一起命案发生在设计院。柯南在破案的同时，还找到了艾姐姐设法藏在设计院，艾妈妈留给艾的录音带，并提到了一些惊人的事情。之后，贝尔莫尔打电话给该组织成员卡尔瓦多斯寻求帮助，并正在策划一项行动。
343-344
朱迪辞去了迪丹高中的教师职务。当兰和渊源去朱迪家聚会时，兰意外地发现了镜子后面的照片。
345
贝尔摩利用鬼船活动，邀请小五郎、新一、金试图转移柯南的注意力，暗杀艾。朱迪得知了这个计划，先带走了艾，并试图把贝尔莫尔引入陷阱，但贝尔莫尔却制定了一个计划。另一方面，柯南邀请服部平次乔装打扮去参加聚会，并在母亲佑希的帮助下化妆成丧，试图联系黑组织；我不放心柯南去跟着他；兰想知道朱蒂的真实身份，躲在朱蒂的汽车后备箱里，在最后一刻救了艾。贝尔摩拒绝向兰开枪，称她为天使，躲过了赤井的追捕，并把柯南和艾藏在琴酒里，而朱迪设法骗过了兰，柯南听到了贝尔摩给那位先生发邮件时的击键声。
346-347海巴拉艾拒绝证人保护计划。
361-362
真正的新医生回来了。
374-375
385-387
394-396
山村操给他的祖母发了一条信息。刚开始的时候按键很像Boss的邮箱。是鸟取县。后来柯南等人去了一家琴行后，才知道那天听到的击键声是七个孩子的音乐，最后得知了Boss的手机号。
425
柯南发现水无怜奈是该组织的成员，他与美国联邦调查局一起阻止了该组织的暗杀计划。水在手术中没有受伤，昏迷不醒。
429
本堂瑛祐的首次亮相。
462-465
贝尔摩去了水无怜奈一个事故目击者的家里，引起了柯南的注意。小兰的新同学本堂瑛祐在《毛利侦探社》做客时，有意无意地把话题引到了水无怜奈，希望柯南等人前去调查，这引起了柯南的警惕。目睹水无怜奈事故的孩子被贝尔摩询问，贝尔摩的咒语出现了。黑人组织的人加紧了对水无怜奈的搜寻，金首先提到了在该组织中卧底的人(也就是两个堂兄弟的父亲伊森·本堂)。
484-485
柯南和海原爱调查并得到了本堂瑛祐父亲的照片。本堂瑛祐和水无怜奈的身份变得越来越清晰。
491-504
本堂瑛祐总是给柯南不好的感觉。他到处寻找他的妹妹唐本·英海。唐本·英海和水无怜奈长得一模一样，但是她的血型不对。与此同时，黑衣组织到处寻找水无怜奈，得到美国联邦调查局帮助的水无怜奈假装昏迷不醒。被本堂瑛祐攻击后，他不得不说出自己的真实身份。原来水无怜奈也是应友的姐姐应海，他们的父亲也是中情局的卧底，四年前去世了。水无怜奈答应赤井秀一重返该组织，但却接到了任务，并涉嫌杀害赤井秀一。
507-508
本堂瑛祐知道柯南的身份，并计划离开日本。柯南对赤井秀一之死的态度很奇怪。
509
水无怜奈紧急报告，组织派了一名强有力的波旁侦探。
一个名叫冲矢昴的新房客搬进了工藤新一的房子。海原爱对此有所反应。
511
柯南发现冲矢昴推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波旁酒。
521-523
工藤新一第三次康复。
563-564
疑似赤井秀一的刀疤男出现并射杀了柯南。美国联邦调查局提到赤井秀一非常喜欢波旁威士忌。
578-581
刀疤秀吉又出现了。与此同时，商场里的朱迪老师收到一张纸条“这里危险，快跑”。这时，冲矢昴正在商场里，他第一次见到了刀疤男，但是刀疤男没有找到他。刀疤男用别人的手机把商场里发生的案件推理发给了毛利小五郎。金、基安蒂酒等人试图测试赤井秀一是否还活着，以此来证明基尔是否是卧底，但柯南巧妙地引走了他。与此同时，常也在寻找刀疤男，但刀疤男在瞄准时对着眼前的景象诡异地一笑。
616-621
工藤新一来到伦敦，第四次康复，第一次向毛利兰正面表白；同时，工藤夫妇知道海原爱是APTX4869的开发者。
646-651
自称侦探的世良真纯现身，转学到迪丹高中；后来在《柯南平吉》的侦探对决中，朱迪和卡姆迈耶在看到世良的照片后说世良“像某个人”，而詹姆斯第一眼就看出世良是个女生。
656-657
石良在第一次看到医生上传的视频时，就发现了医生眼镜上印着的海原爱的影子，并询问了来自严光和源泰的“医生家的小女孩”(也就是海原爱)和她的邻居(也就是冲矢昴)，可见她对足原很感兴趣。他对着冲矢昴的窗户说，“我还以为是谁刚搬进来，现在看来，真是杞人忧天……”最后，世良把视频中灰色平原的意外图像从电脑中删除了。
667-668
事件解决后，自称侦探的安头出现在现场，并自愿成为小五郎的弟子。
671-674
冲矢昴脱口而出“不要露出那种表情”，这似乎让阿沙拉感到相当担忧。
伯莫多给波旁打电话，同时，崇雅、世良、安石在接电话。波旁酒似乎是三种酒之一。
675-676
世良似乎一早就知道了新的一些事情，他也对足原表现出了兴趣。石亮说，他认识一个“从来不笑的人”，在注意到刀疤一休的存在后，他非常关注它。
足原回忆说，冲矢的那句“不要露出那种表情”和一直在组织卧底的竹兴达(也就是赤井秀一)的用词很像。
681-683安石头为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示两人是朋友关系。
684-685足原的行动和他们的对话表明，冲矢的脖子里藏着一个秘密。
690-691
冲矢昴行为可疑。虽然他确认了脖子上没有什么异常，但是他没有说话，在他们离开后，他拿出了之前藏起来的梳子。石亮在房间里发现了一条女性线索，于是崇雅对自己的真实身份产生了怀疑。后来，根据柯南的叙述，她得知“女性线索”很可能是工藤有希子留下的。冲矢昴得知柯南的真实身份。最后，世良含泪回头看了柯南和兰一眼，说:“果然，我是个坏孩子。”
699-700
世良向小兰询问她的汽车的颜色，假装在群马县与柯南见面，并试图通过手机让柯南与海原爱联系。布美等人被困在凶手放火的船舱里，阿沙拉服用解药APTX4869帮助大家逃生，暂时康复。在严光拍摄的视频中，石梁对宫野志保感到非常惊讶，这个视频也被安世头和冲矢昴通过网络看到。
701-704黑衣人组织通过他手中的“铃木快车”环票知道宫野志保将乘坐神秘列车。于是贝尔摩伪装成斯卡·阿凯溜进了铃木快车，并确认雪莉就在车里。Bermod给Haibara Ai发了一条短信，宣称他将结束自己的生命。阿沙拉离开了盒子，被侵入他手机的冲矢昴邀请“到我的地盘来”。世良在火车上遇到贝尔摩伪装的赤井秀一，称他为“秀哥”后被电晕，但被冲矢昴带回世良的包厢。贝尔摩扔掉了工藤有希子的变装工具，启动了排烟装置。安世头配合他谎称车内起火，带领乘客逃离避难所。柯南打电话给尤西子，骗贝尔摩不要离开包厢，并在透露海东·黑场的身份后，委托他伪装成宫野志保进入最后一辆客车。安石头出现，并告诉宫野志保他的组织代号，波旁，以及之前的刀疤赤井假扮自己，以此来调查赤井的生死，并由此确认赤井的死亡。安世头把“宫野志保”强行推进最后一节车厢，身后突然出现一个无疤的红井，在车厢连接处扔了一颗手榴弹。车厢分开后，伯莫多引爆了炸弹，海东·库洛巴滑翔逃走。火车停下后，贝尔莫尔发现雪莉没有死，但没有告诉组织的其他成员。安世头对阿凯的死因有怀疑，准备重新调查。冲矢昴展示了和赤井秀一一样的眼睛。
706麻醉室发现柯南使用麻醉针的动作。伯莫德劝安石离开毛利，但安石拒绝了，并表示对《沉睡的小五郎》感兴趣。
723安石头把少年侦探组从危险中解救出来，冲矢昴透过楼上的窗户看着他离开。
724-725石亮提到“神秘列车”上帽子丢失的事，问小兰有没有看到“刀疤阿凯”。
727-728
兰看着世良奔跑的背影，忍不住说了一句“浪”，又说:“看着世良奔跑的背影，耳畔总会荡漾起浪花。”柯南悄悄走出来:“你是不是在哪里见过我？”但石亮没有直接回答，心想:“对不起，我现在不能告诉你，因为还不到时候……”
柯南告诉朱迪，刀疤阿凯在假装波旁酒，并让她调查安没有离开波洛咖啡馆的原因。波旁窃听了柯南和朱迪的对话，称柯南为“可怕的男人”。
柯南通过与警官高木的交谈发现，靖国神社事件中的赏樱游客宫崎骏和他的“妻子”分别冒充波旁和百慕达。
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