“厄尔尼诺”一词来自西班牙语，意为“厄尔尼诺”。19世纪初，在南美洲的厄瓜多尔、秘鲁等西班牙语国家，渔民发现每隔几年，就会有一股暖流在10年6月至次年3月沿海岸南下，使表层海水温度显著升高。
秘鲁寒流原本盛行于南美洲的太平洋东岸。随寒流而动的鱼类使秘鲁渔场成为世界四大渔场之一。但当这股暖流出现时，喜欢冷水的鱼类会大量死亡，导致渔民遭受灭绝。因为这种现象往往在圣诞节前后最为严重，遭受自然灾害而束手无策的渔民称之为上帝之子——圣婴。
后来在科学上，这个术语被用来表示秘鲁和厄瓜多尔附近数千公里的东太平洋海面温度异常变暖。当这种情况发生时，大范围的海水温度可以比正常情况高3 ~ 6摄氏度。太平洋广大水域水温上升，改变了传统的赤道洋流和东南信风，导致全球气候异常。