动画中各个案件的顺序与漫画原作中的顺序有很大的区别，也存在部分情节的删减，并且增加了动画原创故事（参考下文的动画目录）。相应地，动画中部分人物的登场时期也有所改变（如少年侦探团的成员们在动画第1话便登场，铃木园子的登场时间也被提早）。
动画前期的每话标题几乎都是以“XX事件”的形式出现，后期不再使用这种标题。
动画中的《新干线大爆破事件》和《奇怪的寻亲杀人事件》中有关黑衣组织的部分情节被修改：漫画中《新干线》里出现了琴酒和伏特加，但动画中改成了与组织毫不相干的两人；
动画中各个案件的顺序与漫画原作中的顺序有很大的区别，也存在部分情节的删减，并且增加了动画原创故事（参考下文的动画目录）。相应地，动画中部分人物的登场时期也有所改变（如少年侦探团的成员们在动画第1话便登场，铃木园子的登场时间也被提早）。
动画前期的每话标题几乎都是以“XX事件”的形式出现，后期不再使用这种标题。
动画中的《新干线大爆破事件》和《奇怪的寻亲杀人事件》中有关黑衣组织的部分情节被修改：漫画中《新干线》里出现了琴酒和伏特加，但动画中改成了与组织毫不相干的两人；