风之子的工作人员说，海拉尔被大炮摧毁，沉入海底。海拉尔王变成了龙船(一个小错误)。大炮想得到塞尔达公主的金三角统治世界，但此时公主已经不存在了(不知道是不是死了)，于是开始地毯式搜索到处绑架尖耳朵的女孩，从而牵连到了Tetra(其实她有公主的血统)和Link的妹妹。在拯救了Tetra之后，林克加入了Tetra，成为一名海盗来拯救她的妹妹。在神庙里，特拉醒来后变成了公主，帮助林克，并最终重新封印了加农。
之后，林克继续和利乐一起旅行。在某海域，Tetra听了鬼船的传说，想得到宝藏。结果林克在跳船时不幸落水漂流到一个小岛上，遇到了精灵希拉和文茜爷爷，在海王神庙遇到了造船师莱茵巴赫。文茜唆使(==b)莱茵巴赫与林克一起寻找幽灵船，以获得宝藏。当他们找到幽灵船时，他们发现特拉已经变成了石头，而文茜实际上是海王。当西语被怪兽Belaime打败后，它为逃跑和希拉封存了自己的力量。在帮助林克锻造了剑剑之后，文茜与贝莱梅三回合击败了贝莱梅，利特尔被石化，文茜成为了海王星(实际上是一条鲸鱼= =)。当林克告别文茜等人时，他发现自己和利乐躺在幽灵船的甲板上，他们的船就在他身边。其他海盗不相信Tetra说的话，但林克看到莱茵巴克在一艘远处的船上向林克挥手...
多年以后，老尼克(Tetra的海贼之一)和一个长得像林克的少年住在铁路发达的新海拉尔(在城堡的故事里，可以看到天花板上Tetra的玻璃人像，灵魂轨迹可以猜到的公主就是Tetra的后代。但林克似乎不是沙漏时期林克的后代，不然尼克也不会说“你让我想起了我最好的朋友(老林克)”。林克决定成为一名火车司机，去城堡领证，结识了当代公主和她身边多疑的大臣们。事后，公主偷偷告诉林克，她发现很多铁轨开始消失，她想背着大臣去调查。结果她发现部长是幕后黑手。他想通过让铁路消失，复活恶魔(非大炮)来削弱灵魂之塔的力量。大臣和他的铁爪便当男打败了林克(被秒死= =)和他的老师，强行将公主的灵魂和她的身体分离，带走了身体，和便当男一起消失了。林克和公主的灵魂去了魂塔调查，从先知那里得知大臣想用公主的海拉尔之血来增强恶魔的力量(这里有一个公主发怒的故事，说明公主很好的继承了特拉的御姐之血...).林克和公主开始闯入世界各地的寺庙修复灵魂轨迹(同时也修复被牧师推倒的灵魂之塔)。最后林克和便当男(其实是先知的弟子)决战。被击败后，便当男在公主的影响下化恶为正，帮助公主重获身体。结果便当被魔鬼沉默了。公主的海拉尔觉醒和林克共同战胜了恶魔(不愧是Tetra的后代，不像其他作品里被屠杀的花瓶)。
有动漫版的时间笛。想的话可以去百度贴吧塞尔达传说(非广告)。
其他版本没玩过很多(主要是玩不过去...)