第一集和故事内容完全没有关系。
故事是这样的：
凉宫春日拥有神的能力，但自己却不知道，她所有的想法和期望都会变成现实，所以世界在她的常识和愿望中不断陷入危机。
与此同时，长门有希（外星人）古泉一树（超能力者）朝比奈实玖瑠（未来人）三方势力都在关注凉宫的情绪变化，而能够控制和稳定凉宫情绪的唯一的人就是主人公阿虚（普通人）。
凉宫在小时候的一次棒球比赛之后发现了自己渺小，于是希望这个世界更加不同寻常，国中时期做出过各种怪异的举动。
高中之后组建了sos团，意在找到外星人，未来人，超能力人，并与他们玩，没想到这三种人就在她身边关注着她，唯一不知道真相的就是凉宫自己。
扩展资料结局：
阿虚在凉宫创造的世界里跟凉宫说要回到原来的世界，然而凉宫却说现在他们所处的世界是她喜欢的世界，要留在这里。最后当怪物靠近他们的时候，阿虚想起了"白雪公主"的话，吻了凉宫。
他们回到原来的世界，第二天凉宫扎着马尾辫出现在教室里。而SOS团的活动也在照常进行，当天SOS团的活动只有阿虚和凉宫两个人。
阿虚：
本系列作品的男主角，负责旁白和吐槽的角色。相貌普通、性格普通，一直以中规中矩既不出色也不出格的平凡学生定位的少年。
但是与春日的相遇使他的生活不再平凡。因为对春日说了“没有的东西也没办法”，而被卷进了SOS团的设立活动中。虽是即为普通的人类，却因为被春日挑中而成为外星人、未来人和超能力者的目光焦点。
凉宫春日：
本系列作品的女主角。好胜心极强，有着唯我独尊、旁若无人的性格。上了高中也不满足于任何社团，在接受阿虚的建议后闪电成立了SOS团(让世界变得更热闹的凉宫春日的团)。
不知为何拥有能够改变世界、使“愿望成真”的神力，引来外星人、未来人和超能力者的关切，但本人毫不知情，让事情变得相当复杂。
百度百科-凉宫春日的忧郁