《x战警2》讲述了美国政客被不知名的变种人暗杀的故事。随着变种人与人类矛盾的日益加剧，一对宿敌不得不联手对抗以国防部长史崔克为首的人类军队。洛根为了找回过去的记忆，离开了X教授的学校，匿名去了艾卡利湖工业中心。另一方面，人类议会正忙于重建在变种人战争中遭到重创的自由女神像，而万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑，变种人，包括有正义感的x战警，在普通人眼中代表着新的社会物种对旧人类的挑战和威胁，因此他们必须在充满歧视和敌意的环境中挣扎求生。
《x战警2》在金刚狼寻根的剧情上多了一点转折，加上钦格利自我改造和最终自我牺牲的人性化悲剧情节，第二季比第一季更具史诗性。
另外，这样一部特技制作和剧情一般的漫画改编电影，其受欢迎的关键在于对漫画中主要人物的出色演绎。影片中的主要人物在外貌和性格上都非常有特色，可以说是支撑了这一系列电影。