在与鸣人相见时，宇智波鼬最后通过止水的眼睛脱离了药师兜的控制。.....三代雷影出现。
559话中，兜以秽土转生召唤出了真正的宇智波斑本体，证明宇智波斑已经死去，“阿飞”的身份另有隐情，
573话中，佐助已前往战场。
574话中，与少许杂兵白绝战斗并全数歼灭，扬言要斩杀鸣人，而且最后，鼬向佐助方向赶来，两兄弟即将再次见面。
第576话，鼬与佐助几乎擦肩而过的同时被佐助发现，佐助跟上追问兄长很多问题，鼬急于阻止兜的行动，似乎没有功夫向其解释太多。
第577话——578话，佐助尾随鼬一路来至药师兜的藏身秘所。鼬警告兜说，自己就是秽土转生术最大的弱点，并准备阻止秽土转生。兜企图拉拢佐助一起对付鼬，佐助却发手里剑攻击兜，并声称兜和大蛇丸是一丘之貉，都是自己的敌人，鼬和佐助兄弟俩首次站在同一条战线上。
第579话，佐助和鼬两兄弟与兜的战斗终于打响了，很快佐助和鼬就意识到了兜的恐怖。因为兜似乎通过某种手段获得了鬼灯一族（让肉体水化）的能力，漩涡一族（肉体惊人的恢复力）能力。另外兜还拥有的就是重吾的族人的可怕的力量，不过不是咒印。重吾的一族人拥有将自然能源摄入体内的特殊体质，这也是重吾身体突然变强并且暴走的原因。而兜是得到了这种力量的源泉，也就是自然能源。兜找到了龙地洞（和妙木山以及湿骨林并称为三大圣地）的白蛇仙人，并且修行学到了仙人模式，并且自称为完美的仙人，超越了无法承受咒印（也无法习得需要强大查克拉的仙术）的大蛇丸大人，由蛇蜕化为龙！并且发动了仙法.白激之术。
第580话，佐助迫于兜的白激之术影响，无力继续维持须佐。兜趁机试图张口吞下佐助，危急之时，鼬看透了兜的想法用自己的须佐保护了弟弟。面对兜挑拨离间的话语，鼬让佐助回忆起少年时一起做的任务，两人面对恶敌，配合得更加天衣无缝，令兜手足无措。最后一张图，佐助与哥哥比上一话挨得更近，兄弟二人的羁绊，并未结束。
第581话，兜继续挑拨佐助与鼬之间的关系，并希望佐助将刀插入鼬的体内并且站到自己这边。鼬叫佐助不要听兜的，并且向佐助揭示了与“伊邪那岐”一对的瞳术——决定命运的最终幻术“伊邪那美”的秘密。
第590话，即将再次离开人世的鼬向佐助表明真相正如阿飞所言，并向他展示了自己的记忆，足见手足情深。临别之际，鼬佐两人额头相抵，鼬还说道：“不管你今后要走怎样的道路，我都会一直深爱着你。”兄弟之爱再度升华。
第592话，水月和重吾找到了佐助，并把在大蛇丸基地发现的卷轴交给了佐助，佐助看后决定要去找知晓这一切的人——大蛇丸。
漫画593，由佐助用大蛇兜的部分身体和红豆的天之咒印通过解邪法印将其复活，并由大蛇丸带领佐助去揭晓宇智波一族的谜团。
漫画618，与鹰小队亲眼目睹了被大蛇丸秽土转生的前四代火影