草帽帮被枪毙后，路飞不用说了；索隆被拍到飞到了古遗迹，在那里遇到了佩罗娜，来到了一个巨大的坟墓前；娜美被拍到飞到一个小小的空岛研究天气，看到了当地的气象科学和当地科学家与海上人的天气事务；吴飞到了狩猎岛，在那里他遇到了岛上唯一的人类赫拉克勒斯，并看到了无数奇怪的植物。最后他受不了岛上美食的诱惑，变成了一个大胖子。山治飞到人妖岛，被岛上的人妖追杀，最终被同化为恶魔；乔巴来到南海的鸟王国，成为当地巨鸟和食人战争的中间人；罗宾来到东海修桥王国，为救奴婢主动被捕。弗兰奇来到未来岛，被机械动物追杀，跑到海军最高科学家贝加巴可的家门前；布鲁克来到了一个贫穷的国家，当地人被长手团欺负，却只有依靠被他们视为撒旦的布鲁克，于是布鲁克决定写歌来激励他们。
战后，九颗超新星开始勇敢面对新世界。路飞回忆后自责自己的软弱。在甚平的指导下，路飞重整旗鼓。这是罗利游到路飞的女儿岛，向路飞提议集体种植草帽。路飞接受了。他和甚平、罗利再次来到海军本部(此时总部正缺兵力)，路飞敲响了莫如的钟。这件事立即被刊登在报纸上。这件事表面上是为死于战争的艾斯和白胡子默哀。事实上，路飞向分散在全国各地的同伴提出了3D(D是X) 2Y的信息(也就是我们原本约定在泡泡岛三天后再见面，现在是两年)。
在古老的废墟岛上，中心原来的城堡是鹰眼的家。鹰眼告诉佩罗纳·莫利亚他被“杀死”了，而索隆知道路飞的消息是1(此处指上图战争，下同)。为了开船，佩罗纳带来了路飞的消息2(指上面提到的再次来到总部，下同)，想尽办法打败路飞。答应索伦。
空岛上的娜美，在得知路飞的消息1的时候，用极其真实的眼泪欺骗了身边的科学家，挟持了一直照顾他的老科学家做人质，准备出航。这时路飞的消息2来了，理解了路飞，用强大的演技再次赢得了科学家们的同情，回到岛上学习天气知识。
在猎岛，吴的通过费是1的消息传出后，我勇敢地与当地的巨型昆虫和植物作斗争，进行航行。看到新闻2后，我以大力士为师，学会了使用神奇植物pop green。
在人妖岛上，山治路飞(已经恢复正常)的消息1后，他要求人妖王知道路飞后来的信息，但人妖王拒绝了他，因为他不知道山治是不是路飞的同伴(因为他的长相和通缉令上的不一样)。此后，山治为了抢船与人妖王作战，结果惨败。这时，消息2传来，山治松了口气。在与异装癖国王共进晚餐时，山治发现这里的食物可以让人增强体力。异装癖国王告诉山治，如果他想学习这种“征服美食”，他必须成为一名异装癖者。
这让想学习的山治进退两难。这时，异装癖国王提出了第二个条件，就是他要把这99个秘方分发给岛上的99个新人类拳师，让山治带走。与此同时，岛上的异装癖者会日夜追捕山治，让他穿上女装。如果山治赢了，任何条件都可以满足。如果山治输了，就很难保护他的男性身体。为了变得更强，山治接受了挑战。
在鸟类王国，乔巴结束了巨鸟和食人族之间的战争。当他准备离开时，消息2传来，乔巴留下来是为了变得更强大，并发现食人村有优秀的医疗文化。
在桥之国，罗宾被前来解放奴隶的革命军带走。军人们带来了首领龙的话，希望能见到罗宾，但是罗宾拒绝了，想回到他的伙伴身边。这时，新闻2来了。为了变得更强，罗宾去了革命军总部。
在未来岛上，弗兰奇被海军追捕，逃进了贝巴根的家。他不小心按了房子里的爆炸按钮，实验室被炸了。这时，弗兰奇发现了一个隐藏的实验室。得知消息2后，他决定利用这里的武器信息来壮大自己。
而在布鲁克这边，拯救穷国居民的布鲁克却意外被长手人抓住，徒步前往家乡尖山岛。news 2来了之后，为了实现路飞的梦想，布鲁克开始练习。
罗利带路飞去了女儿岛西北的无人岛。这个岛四季多变，人类在进化过程中被淘汰。罗利说，这个岛上至少有500种动物是路飞无法战胜的。罗利开始教路飞霸气:见见霸气，即空岛心网；武装色霸气，相当于一件隐形盔甲，可以加强攻击力，夺取自然系的实体；霸气和霸气，只有百万分之一的人能给对手带来强大的威胁。把草帽藏在岛上最安全的地方后，路飞开始练习。
两年后的泡泡岛，一群假草帽团成员在岛上兴风作浪。真正的草帽团成员除了三大主力，都陆续回归阳光。路飞误把假草帽团成员当同伴。这时，战桃丸率领两个和平主义者和海军大队冲杀过来，战桃丸杀死了假路飞。然后路飞不小心暴露了身份，展示了修炼的成果，还杀了一个和平主义者。这时，索伦和山治。
途中路飞驯服了一只巨型章鱼怪，来到了人鱼岛。因为一群人走错了入口，遇到了强流，一群人又被分开了。路飞在一起了，朋友美人鱼Kemi下车了。由于人妖造成的心理阴影，山治流了很多鼻血，见到美女就晕倒。留下来照顾她，路飞和吴参观了人鱼岛。一路上，我遇到了布鲁克(这两年已经成为音乐界的大明星)和娜美。因为一群人在航行中救了公主的宠物，国王决定招待他们。这个时候，岛上的大先知看到了路飞毁灭人鱼岛的未来。此时的人鱼岛已经被四皇之一的比古玛姆保护起来了。来到城堡，路飞遇到了人鱼公主(又大又可爱)，得知公主被一个变态的暗恋者追杀。她已经10年没有离开过城堡了。路飞决定带她出去走走。这时国王决定逮捕草帽帮，已经提前到达城堡。索隆和娜美、乌和布鲁克轻松获胜，并与国王等人打成平手。这时，王子们从甚平给城外的路飞带来了消息。路飞带着公主离开了城堡，去了海之森林。在路上，他带上了山治和乔巴。山治兴奋地看着公主变成化石，但路飞被指控绑架了公主。此时，为了夺取王位，霍迪带领新海盗来到城堡，把海水灌了进去。娜美得知事情不妙，带着凯米去海边问甚平事情的来龙去脉。在城堡里，索伦揭开了国王的绳索，要他把乌和布鲁克带走，自己留下来。虽然索隆在水中轻而易举地杀死了强大的渔夫霍迪，但他后来却因为缺氧而与吴、布鲁克和国王一起被抓了起来。当我来到海洋森林时，路飞遇到了弗兰奇和主人丹(弗兰奇的主人汤姆的弟弟)和甚平，然后娜美来到了这里。弗兰奇告诉路飞罗宾去了海森内部。山治此时也恢复了，像两年前那样对待女性绅士，不会再喷鼻血了。甚平告诉每个人这个岛的过去。15年前，由于人类对渔夫种族的虐待，岛上出现了两派，一派是坚持与人类和平相处的龙宫之姫公主，一派是解放奴隶的英雄老虎。老虎建立了太阳海贼团，和平阿龙是其中一名干部。经过三四年的海上冒险，泰格被海军的围杀打成重伤，最后因为拒绝输人血失血过多而死。愤怒的亚伦想向人类复仇，但他被黄猿(当时是一名中将)逮捕了。最新漫画到此为止。
至于小熊为什么主动接受改造，WT方面没有详细说明。