OVA 1柯南VS基德VS阿健！为一场大战点头！
故事的主角是《名侦探柯南》、《魔斗》、《城市的风暴》中的三位主角。剧情很搞笑。
一天放学后，柯南和少年侦探队来到毛利侦探事务所，发现一个女孩拿着基德的通知书向小五郎求助。信上说基德要去女孩家偷宝刀...前来偷宝刀的基德与住在女孩家的少年——铁剑发生了打斗。谁会赢得宝刀？柯南一开始就觉得很奇怪。有什么奇怪的？
OVA 2 16嫌疑人
16人被请到了白鸟警官的别墅，后来发现了一瓶破酒，开始了推理故事...其中还穿插了一些心怡和兰的美好回忆。
还提到了平治、叶禾、高木和佐藤之间的爱情，这是一个非常温暖的OVA。
OVA 3柯南和平姬与失踪少年
柯南和兰受平治之邀前往大阪。他们碰巧遇到了与布美、严光和元太非常相似的茧美、干彦和健太。他们委托平治帮助他们寻找失踪的朋友小智...于是柯南和平治根据线索推理，终于找到了绑架小智的凶手。最后，他们四人用各自的绝招制服了凶手。
片尾曲后的剧情涉及M 7《迷宫的十字路口》预告。
OVA 4柯南和基德以及水晶之母
黑场海东回来了！这一次，他的目标是英格拉姆帝国的宝藏——水晶之母！快斗和青子也在火车上。快豆一直在想水晶在哪里，这样他就可以变成基德去偷了。他会成功吗？柯南和兰再次被平治邀请到大阪。他能抓住基德吗？以及潜在的危机是如何解决的？
故事改编自漫画《魔斗》第四卷。与漫画不同的是，柯南等角色也会出现。
OVA 5目标是小五郎！少年侦探小组的秘密调查
故事围绕2005年剧场版剧情第二主角在横线上展开。作为学校教学的一部分，少年侦探小组的成员参观了毛利侦探事务所，跟随毛利小五郎的调查人员，并发现了绑架案。
OVA 6，追踪失踪的钻石！柯南平西VS基德！
柯南接到一个电话，声称拨错了号码，但柯南看穿了这是一个威胁电话，并开始与平治调查，平治与错误的人有相同的声音。仿佛是在嘲笑柯南和他们，黑场海东从天而降出现在他们面前。他到底有什么目的...！？
OVA 7是来自阿里的挑战！
阿丽给少年侦探队留了暗号，她被绑架了(本来她要在孩子们解开暗号后去密花神社旁边的餐厅吃饭)...当侦探队的孩子们一个个揭开秘密信号，来到米花神社时，谁知道医生真的参与了绑架事件...
OVA 8女高中生侦探铃木园子事件书
铃木园子将主演这部电影并写一个神秘剧本。大家帮她思考剧情。兰幻想着新一推理破案的过程，少年侦探队在梦里扮演推理剧本。这很有趣...新一能解决剧本里的“案子”吗？出乎意料的结局是什么？
而且值得一提的是，长笛等乐器以及名曲《奇异恩典》都出现在了这张OVA和同年的剧场版《颤抖的乐谱》中。
OVA 9十年后的陌生人
一天，柯南发高烧病倒了。足原想到了柯南体内APTX4869的成分与解药的试验工作之间的反应，让工藤喝下了新的解药。伴随着强烈的眩晕，柯南再次睁开眼睛，发现自己安全地恢复到了工藤新一的样子。也和小兰一起回到了迪丹高中。本来要吓唬大家的柯南发现这里有点奇怪...？
在这部作品中，不仅少年侦探队的所有人都会以高中生的身份出现，就连小兰也会以10年后的身份出现，一度被误传为“柯南大结局”。
OVA 10海东黑场岛战役
在一家与世隔绝的酒店里，华丽的宝石“阿尔忒弥斯之泪”被陈列出来，海东黑场发出盗窃宝石的犯罪警告，恰好在酒店遇到柯南一行人，侦探与小偷的对决再次上演。偷走了设计精美华丽的《阿耳忒弥斯之泪》的基德能逃过柯南的追杀吗？他们会卷入什么样的阴谋？
OVA 11来自伦敦的绝密指令。
医生和柯南去伦敦期间，发生了什么事让柯南紧急给严光打电话？萧艾最喜欢的三明治味道是什么？在逛街的路上，神秘黑衣人和萧艾感受到的压迫感呢？
OVA 12传奇蝙蝠的奇迹
阿笠博士请柯南帮助小梅重拾自信。苗小美和明的童年好友，以及棒球队的其他学生肖剑和齐欣。在剧中，毛利小五郎再次成为沉睡的小五郎，并破获了一起自导自演的关于棒球的保险诈骗案。这部作品改编自青山刚昌短篇小说中的蝙蝠传说，并加入了柯南和其他人物。