001 云霄飞车杀人事件
013 奇怪的寻人事件
054 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件
128 黑暗组织10亿抢劫事件
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会(灰原篇)
177 与黑暗组织的再会(柯南篇)
178 与黑暗组织的再会(解决篇)
230 谜一样的乘客(前篇)
231 谜一样的乘客(后篇)
274 幽灵屋的真相(前篇)
286 工藤新一纽约事件(事件篇)
287 工藤新一纽约事件(推理篇)
288 工藤新一纽约事件(解决篇)
289 迷惘森林中的光彦(前篇)
290 迷惘森林中的光彦(后篇)
307 无声的证据（前篇）
308 无声的证据（后篇）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）
339 四辆保时捷(后篇)
340 厕所里隐藏的秘密(前篇)
341 厕所里隐藏的秘密(后篇)
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色的摇摆目标
tv版
VOL.1 FILE.1-9现代的福尔摩斯 | 变成小孩子的神探 | 失去声援的大侦探 | 第六根烟囱 | 另一位歹徒 倒霉侦探变成神探 | 沾血的青春偶像 | 和你相像的人 | 不幸的误会
VOL.2 FILE.10-19好赚的跟踪 | 完美的不在场证明 | 照片会说话 | 行踪不明的男子 | 可怜的少女 追踪高大的男人 | 恶魔一样的主谋 | 恐怖的鬼屋 | 失踪的孩子们 | 地下密室的恶梦
FILE.595 乌鸦之歌
FILE.596 第二条线
FILE.597 假患者
FILE.598 跟踪，然后……
FILE.599 赤井的过去
FILE.600 孤注一掷
FILE.601 伪装
FILE.602 最终手段
FILE.603 任务
FILE.604 姐弟
FILE.605 意外的嫌疑人
FILE.606 13日又是星期五
FILE.607 卡迈尔的过去
FILE.701 红色与13的暗示
FILE.702 炸弹犯的目标
FILE.703 暴风雪中的真相