动画中一些角色的出场时间也发生了变化。比如少年侦探队的成员出现在动画1集，铃木园子的出场时间也提前了。但这也造成了矛盾:在1集，广彦等人认识了新一，但在192集，他们却说不认识新一。
动画一开始，因为“低龄化”的定位，制作组在动画中屏蔽了黑社会性质的黑组织，对第五集《新干线上的大爆炸》和第13集《寻亲奇案》中的相关情节进行了修改，但却造成了以下情节的不合理:
1，杜松子酒和伏特加出现在漫画《新干线事件》中，柯南通过窃听得知了它们的代号。但在动画第五集，改成了两个与组织无关的人——于是“知道他们的代号”成了《雾狗杀人事件传说》第52集开头柯南的独白，但具体方式不得而知。
2.漫画《寻亲》中化名为“广田亚米”的宫野明美，最终被杜松子酒和伏特加所揭穿，并被他们暗杀。动画第13集，刺客改成了田冲，“广田雅美”的结局也是被警方逮捕。因为与海原爱出道有关的明美之死的故事无法与后面的故事衔接，动画制作组就在海原爱出道前制作了128集《抢劫10亿元的黑色组织》，补上了明美之死的故事。而且因为明美之死在动画中被改编，所以漫画中灰色平原出现的情节也推迟了(明美出现在漫画第二卷，灰色原理出现在漫画18)。作者青山刚昌创造了服部平次这个角色来代替不能出场的足原，成为柯南的对手。
动画第585集出现了“第二学期”的字样，表示柯南已经升入高一第二学期了(注意不是高二。日本学校一年有三个学期。到目前为止，漫画中还没有类似的情节和叙述。
考虑到观看动画的主体是未成年人，动画中死者的血液由红色改为黑色。动画的中后期，死者的眼睛在原著中是由睁着变成闭着的，没有死者脸部的特写。在此之前，有一个尖叫的警告，“尸体”一词被一个更中性的词“遗体”所取代。(这种现象前期在一些片场出现过，后期比较常见。同时《金田少年编年史》开始限制对身体的描写)
动画中还修改了一些对“裸裙”的不当描述，“情色男”改名为“漂浮男”。在第230集，暗示金和贝尔摩有肉体关系的暧昧对话也被删掉了。
在第622集动画《紧急252(第一部)》中，考虑到“3.11”地震灾害中人们的心情问题，动画制作团队也删除了原著中关于地震的描述。