联邦调查局局长胡佛和副局长克莱德·托尔森。胡佛从未结婚，至少从20世纪40年代开始，就有传言说他是同性恋。克莱德·托尔森是美国联邦调查局的副主任，也是胡佛的继任者，被视为他的同性情人。
一些传记作者澄清了胡佛的同性恋传闻，尤其是与托尔森不可能发生性关系，而另一些人则认为他们的关系非常有可能甚至是“确定的”。还有一些人提到了谣言，但他们没有表态。胡佛形容托尔森是他的“另一个自我”:一个不仅可以在白天亲密工作，还可以一起吃饭、去夜店、度假的人。两个人之间极其亲密的关系经常被用作他们恋爱关系的证据，尽管一些熟悉他们的美国联邦调查局员工，如马克·费尔特，说这种关系只是兄弟关系。
托尔森继承了胡佛的房子，搬进去，并接过覆盖胡佛灵柩的美国国旗。托尔森在国会公墓的墓地和胡佛的只有数字距离。
罗伊·科恩(Roy Cohen)是一名律师，曾在20世纪50年代协助胡佛调查* * *制作人。他还是一名未公开身份的同性恋者，认为胡佛对自己的性欲如此恐惧，以至于无法尝试正常的性生活或感情生活。据传科恩曾称身着女装的胡佛为“玛丽”。
安东尼·萨默斯在他的1993传记《官方与机密:埃德加·胡佛的秘密生活》中，引用了证人苏珊·罗森斯蒂的话。她说她在20世纪50年代见过胡佛穿异性服装。她说，她曾在一次同性恋团体聚会上见过胡佛两次，穿着带蕾丝的蓬松黑色连衣裙、丝袜、高跟鞋，戴着黑色卷发假发。
“1958，双性恋百万富翁、酿酒师和慈善家刘易斯·索伦·罗森斯蒂尔(Lewis Solon Rosenstiel)问他的第四任妻子苏珊·罗森斯蒂尔(Susan Rosenstie)，如果她和另一个双性恋结婚九年，她是否看过《同性群交》。虽然苏珊曾经对她68岁的丈夫和他的律师罗伊·科恩上床感到惊讶，但她告诉萨默斯，她从未被邀请见证男性性爱。问完这个问题不久，在苏珊的同意下，夫妻俩去了曼哈顿的广场酒店。参议员约瑟夫·雷蒙德·麦卡锡的前助手、夺权者科恩在门口迎接他们。当她和丈夫进入套房时，“苏珊说她认出了另一个人:约翰·埃德加·胡佛”，美国联邦调查局的主任，她曾在纽约上东区的联排别墅见过他。刘易斯解释说，胡佛给了他接触有影响力的政治家的机会，而他部分通过支付董事的赌债来感谢他。
萨默斯还表示，黑手党曾勒索胡佛，结果胡佛不愿采取积极行动遏制有组织犯罪。虽然未经证实，但关于异装癖的证词却广为流传，“J·埃德娜·胡佛”已经成为电视、电影等地方的笑料。用作家托马斯·亨迪的话说，“在美国流行文化中，一个胖乎乎的美国联邦调查局导演可能成为克里斯汀·乔根森(第一个众所周知的变性人)是如此诱人，我们不得不细细品味。”大多数传记作者认为，当美国联邦调查局正在调查黑手党时，黑手党勒索的故事是不可信的。杜鲁门·卡波特(Truman capote)帮助传播了这些谣言，他曾表示，比起检验这些谣言的真实性，他更感兴趣的是激怒胡佛。
胡佛追踪并威胁任何含沙射影攻击他的性取向的人。他还散布破坏性和毫无根据的谣言，说阿德莱·史蒂文森是同性恋，并阴谋破坏自由党政府在1952年的总统选举。他的大量秘密文件中含有埃莉诺·罗斯福(Eleanor Roosevelt)造谣的有关同性恋者的监听材料，据推测是用于敲诈勒索。
胡佛的传记作者理查德·汉克(Richard Hank)没有细说胡佛的同性恋传闻，而是爆料胡佛与女演员多萝西·兰默(Dorothy Lanmer)在20世纪30年代末和40年代初曾有过一段恋情。胡佛去世后，兰默并未否认自己在两次婚姻之间与胡佛有过关系。汉克还透露，在四五十年代，胡佛经常和舞蹈家兼演员金吉·罗杰斯的母亲莱拉·罗杰斯(已离婚)一起出现在社交场合，以至于他们的很多朋友都以为他们最终会结婚。好莱坞资深说客杰克·瓦伦蒂(Jack valenti)是林登·约翰逊(lyndon johnson)总统的特别助理，私人关系密切，他曾在1964被美国联邦调查局调查是否与一名商业摄影师发生同性关系，尽管他与约翰逊的私人秘书已经结婚两年。《华盛顿邮报》根据《阳光法案》获得了相关信息，并报道了此事。