您好楼主；
首先先确定关于BOSS的几点信息；
第一点是我们读者的线索；
作者透露；组织的BOSS是一个已经在作品中全名登场的人物；
柯南官方小学馆已经辟谣了阿笠博士绝对不是组织的BOSS；
第二点是柯南的线索；柯南即将周折已经确定了BOSS的邮箱地址号码；以及所在地鸟取县；
但是其余的柯南对组织几乎一无所知；唯一知道内情的灰原哀闭口不言；
而柯南自己这边，却已经在贝尔摩德和波本等组织成员以及不明身份的世良真纯，冲矢昴面前完全露了底；
明显看来柯南的视线不能带给我们什么有用的信息了……
因此；我觉得现在说谁是组织BOSS的可能性要用排除法；直接说完全没有根据；绝对猜不中；
楼主想想看；柯南TV版700多集，每一集全名出现的嫌疑人都至少有三个……
这个范围太大了……
以下我就把目前出现的，所有有可能是BOSS的候选人员逐一排除；
毛利小五郎：
且不说毛利小五郎为什么一次次的被麻醉而毫无所觉；以及一系列不合理的平时犯傻，关键时刻开窍的不符合逻辑的行为；毛利此人绝不是表面看上去这么简单；
但是毛利小五郎绝对不是BOSS；原因有三，都和黑衣组织的行动有关；
第一，在柯南与黑与组织对决的前期（TV345之前）；组织曾经因为毛利多次出现在组织的视线之中（其实是柯南）而偷偷调查在警视厅毛利小五郎破获的案件；
第二，在柯南与组织对觉得第二个阶段（TV425）；毛利小五郎因为和组织成员水无怜奈的接触（实际上还是柯南）二差一点被GIN狙击；后来被赤井秀一阻止；
第三，在柯南与组织对决的最新阶段（TV667之后）；自称侦探的波本（安室透）接近小五郎，并且拜他为师，为的是追查雪莉（灰原哀）的下落；
毛利小五郎如果是组织的BOSS；以上这些针对他本人的危险行动会出现吗？
这显然是不符合逻辑的；
怪盗基德：（一代黑羽盗一，二代黑羽快斗）
首先明确两点：
第一：经过两部作品的作者青山刚昌证实，
《名侦探柯南》中“黑暗组织”与《魔术快斗》中“神秘组织”并不是同一个组织；
两者之间并无关联；
第二：虽然青山刚昌将《魔术快斗》中的人物加入《名侦探柯南》进行客串；
但是青山明确表示不会将两部作品同时收尾；
怪盗基德虽然在柯南里人气很高，但是他也是青山的另一部漫画“魔术快斗”里的主角，
所以我认为怪盗基德首先应该不会作为主线的重要人物出现在柯南里的；
更别说是柯南的最大对头组织的中级BOSS；
当初让怪盗基德客串柯南就是因为想提升基德的人气；
否则柯南一旦完结，主角拥有很高人气的魔术快斗还要不要连载？
实际上，无论是正面人物还是反面人物；怪盗基德都不会出现在柯南最终的主线之中；
原因是：魔术快斗的世界观和柯南里的有很大不同；
最主要的体现在魔女红子身上。
如果基德加入主线，那么还要推理做什么？魔女红子可以预测出任何事情；
直接让红子“算一卦”，无论是黑方还是红方；就毫无秘密可言；
这样；就完全失去了《名侦探柯南》作为一部推理动漫动漫的基调；
组织的其他成员：
从现在的剧情看来是不可能的；但是也不排除之后的剧情有所改变；
比如GIN，波本，贝尔摩德等等……都有可能……
但是根据TVG581《红色的摇摆目标》中可得知；
组织成员们实际上是谁也看不上谁；并且都很忌惮BOSS；
BOSS对于手下的安排也很神秘；重要的行动甚至都不会派同一批人员一同执行；
但是现在窝里反的情况也已经出现了；
比如贝尔摩德早就开始保护“银色子弹”工藤新一；
比如层出不穷的卧底（RYE赤井秀一），（KIR水无怜奈）；
不听指挥的波本……
这一切的布局还要看之后的安排；毕竟现在对于黑衣组织的描写信息太少了；
根据我个人的感觉；我倒是觉得乌丸莲耶此人与黑衣组织脱不了关系；
生卒年龄：生于1852年，死于1951，享年99岁，死因不明。
生平：乌丸莲耶是半个世纪前的大富翁，生前以收集世界上的艺术品为主要活动。
出现回数：第219话——名侦探的汇集
关于此人，让我很在意的有几点：
第一：
乌丸莲耶死于半个世纪前，和组织成立的时间似乎很相近；
小哀曾经和柯南提到过，组织在半个世纪以前就和他们有着千丝万缕的联系了……
由此猜测：乌丸莲耶因此极有可能是组织创始者。
第二：
乌丸莲耶的家徽是乌鸦，乌鸦是黑色，组织的颜色也是黑色，并且BOSS的邮件地址按键音是《七子之歌》（又叫《七只乌鸦》），组织又称为乌鸦军团；
第三：
乌丸莲耶对外宣称99岁死亡，实际可能建立组织开发能使自己“长生不老”的药物而隐匿于世，该药物的半成品有可能就是APTX4869……?
关于组织的BOSS；要是细说估计都可以写上一篇论文了；
但是我现在没有这么多的精力；?只能简单说一下我的看法；?
楼主要是还有什么问题；请您尽管追问；?
谢谢您对我的信任！?