成功破案后，心怡跟踪到两名神秘黑衣男子，目睹了一名黑衣男子的现金交易场景。正当他全神贯注的时候，没想到，另一名黑衣男子突然从后面出现，将他打倒在地，并泼下了该组织新研制的毒药。辛屹觉得自己的骨头快要裂开了...
002董事长女儿被绑架案被警方惊醒后，新一发现自己的身体已经退化到童年。
新一在家里见到了阿笠博士，并让他相信自己是一个更小的新一。
为了隐瞒新一还活着的事实，也为了不连累周围的人，新一听从了医生的建议，决定匿名。
偏偏这时候小兰来访了。被问到名字时，她灵机一动，给自己取名江户川柯南。为了得到黑组织的信息，柯南把小兰的父亲当成了侦探，住在小兰家里寄养。
谁知毛利小五郎是个糊涂侦探，好久没做生意了，还抱怨新一抢了他的风头。
碰巧有人来报告说董事长的女儿被一个穿黑衣服的人绑架了。柯南立刻跟了过去，暗中帮助小五郎破案，却发现与黑组织无关。
005新干线爆炸案中，柯南在火车上遇到两名黑衣男子，阻止了他们引爆新干线列车杀人，并成功得知他们的代号——杜松子酒和伏特加。
013离奇命案，该组织成员宫野明美(化名广田亚米)策划了一场价值十亿美元的抢劫，以帮助妹妹宫野志保脱离该组织，但在得手后不幸被琴酒射杀。她临死前向柯南透露，那是一个笼罩在浓雾中的庞大组织，组织的颜色是黑色的。
043年，柯南在江户川被绑架，新一的父母从医生那里得知事情变小了，他的母亲伪装成江户川·戴文，父亲伪装成暗夜公爵，假扮成黑暗组织的成员和柯南开玩笑。
054电子游戏公司谋杀案，柯南在参加满天堂游戏公司新作发布会时，偶然听到黑组织成员之一的龙舌兰酒叫伏特加。然而龙舌兰酒马上就被误杀了。
118连环杀手怒马元出现，后来得知他只是组织中的小角色，是组织培养杀手的失败之作。
128黑暗组织10亿元的抢劫案，因为漫画对应的“013怪杀亲人”被改编，所以动画在这里加了一集，叙述了足原君的姐姐宫野明美被琴酒杀死的情节，为后来足原君的出现做了铺垫。从金和宫野明美的对话中，我们知道宫野志保是组织中为数不多的有脑子的人，这和她姐姐只是组织小卒不同。
129一个来自黑暗组织的女子大学教授参与了这起谋杀案。组织代码为SHERRY的宫野志保以停止APTX4869的研究来表示抗议，因为她的姐姐被杀了。结果，她被囚禁在毒气室。绝望的她拿着隐藏的APTX4869想自杀。没想到的是，她和新一一样，没有中毒身体萎缩成小时候的样子，还能从垃圾通道逃出来。
170-171在黑暗的角落里，新出智明的父亲被继母杀害，小五郎在柯南的帮助下破案。乍一看，与主线无关，但随后的剧情表明，这是青山两年来的一大伏笔，也是三方对决前真正的新出智明唯一一次亮相。
为了保护无辜的女佣，警方修改了案件的记录，隐瞒了真正的作案手法，只有真正的新人知道，后来被朱迪用来指证贝尔摩是新出智明。
这时候的新球员还只是迪丹高中篮球队的临时教练，并不是校医。这位新球员本应该在青森的医院工作，而不是当校医。校医应该是苦艾酒冒充新队员进行调查。这一点可以从柯南在《361狄丹高中闹鬼学校(上)》中的话得到证明。
176-178告别黑暗组织，柯南和芦原偶然发现了GIN停在路边的车，于是柯南在车上安装了发射器和窃听器，以获取组织的信息。虽然他得知黑人组织成员皮斯科将在河口酒店暗杀议员吞口，但窃听器被琴酒发现并销毁，他还将雪莉与留在车内的棕色头发联系起来，对她予以肯定。在这一集里，我们真的获得了很多信息。通过皮斯科的话，我们真正了解到阿沙拉研究的药不是简单的毒药(“已经进展到这个阶段”)，她继承了父母的研究。
从后来杜松子酒和苦艾酒的对话中，我们比柯南更早地了解到，苦艾酒就是当时在场的美国超人气女演员克里斯·宾亚德(Chris Binyard)，她给了皮斯科一块紫色的手帕来掩盖他的罪行。后来柯南怀疑皮斯科当时有帮凶，也是基于此。事发后苦艾酒消失，隐居日本。但从她的言语中，并不能明显看出她接受了组织寻找阿舍的任务，而是想“弄清楚她一直担心的事情”。。。。。
虽然苦艾酒在组织里很受老板喜爱，但她却厌倦了长期生活在冰冷的黑里。其实她心里一直期待着有美好的东西出现，一颗划破黑暗的银弹，能让她摆脱这种黑暗的生活。
在纽约事件中，味美思遇到了聪明勇敢的心怡和阳光善良的兰，两人都给她留下了深刻的印象。纯洁善良的兰花重燃希望，相信世间真、善、美，从此称兰为安格尔。
新一自信的眼神和无所不能的睿智洞察力让她相信新一是可以终结黑暗组织的银弹。苦艾酒很珍惜他们纯真的感情，所以从那以后他一直不愿意伤害他们，也多次试图保护他们，即使柯南不走，他也不会去攻击芦原。
188-193的复活，在这个系列中，味美思的新冒名顶替成为了迪丹高中和迪丹小学的校医。
柯南在吃了足原研制的解药后，短暂变回了新一，装扮成黑骑士去见兰，却被发现是新苦艾酒，并被苦艾酒偷偷拍下，这一点可以从后来朱迪老师复制的照片中得到证明。
苦艾酒在这一刻确认了新一没有死，但是因为乔装成足原诚司的柯南当时也在场，所以还没有猜到柯南=新一。
222-224美人鱼失踪的故事与主线无关。然而，宫野志保的名字竟然出现在了这个人鱼岛上的签名簿上，这说明APTX4869并不是简单的毒药，它的研究无疑与长生不老有着千丝万缕的联系。
在226-227格斗游戏的陷阱中，朱迪遇到了柯南，并注意到他在花园的帮助下破案。于是，她发现柯南不简单，临走的时候在抄照片的家伙里给柯南抄了苦艾酒的名字。
230-231粉丝，一开始，苦艾酒和杜松子酒之间的一场戏，说明这一集和主线有关。我们不仅得到了苦艾酒善于变脸的信息，还知道了她在日本找谁。她的口头禅是秘密让女人成为女人。
233不能消失。柯南和足原回忆起那天的公交车事件。足原很担心，但是柯南肯定说她的身份没有暴露，因为像足原可以感觉到组织成员一样，侦探也有感觉到杀人的能力。
253-254犯罪爱情的故事ⅳ，佐藤警官去和白鸟相亲，但是柯南成功阻止了那个假扮高木的新来的女孩，发现她的演技高超，于是大概开始对她产生了怀疑。
秀吉看着苦艾酒，小兰一看到就觉得似曾相识。
258-259一个来自芝加哥的人，美国联邦调查局的头，出现了。柯南等人遇到了来自芝加哥的老人“詹姆斯·布莱克”。后来被误认为名人，被绑架了。事实上，他只是玩玩，试试柯南的技巧。柯南破解了熊猫车的密码，救出了布莱克。
269-270，犯罪纪念品，从高木那里得知，在巴士劫持的当天，毛利小五郎的相关档案被盗，然后被送回，暗示有人在调查他们，这让柯南相当紧张。
(后来，据苦艾酒说，偷走了所有与毛利小五郎有关的文件，让人不知道她其实是在寻找一个新案件的记录。她在寻找一个新案件的信息，以躲避柯南和其他人。虽然美国联邦调查局已经知道了自己的真实身份，但为了不暴露自己与小兰、柯南等经历过此案的人的接触，她还是想掌握案件的信息，但没想到还是被改变了。把它送回去是在误导美国联邦调查局认为她在日本逗留的目的与毛利侦探有关，这样美国联邦调查局就可以监视毛利人的事务所来暴露她的身份。)
271-272匆忙掩饰疏忽，柯南再次在朱迪面前破案。从朱迪警告说兰没有被跟踪来看，案卷失窃引起了的警觉，朱迪怀疑这个黑人组织会对毛利人不利。
274-275鬼屋的真相，味美思在这一集开头假装是新电影。情节表明他所有的仆人和亲戚都失踪了。他说他去了青森，回忆说新一知道电击案的真相，留下来出庭作证。
277-278英语老师VS西方某著名侦探。医生得知毛利小五郎的相关档案被盗后送回，于是邀请平姬帮助柯南。
他们分析偷案卷的人是一个引诱人出来的陷阱，然后柯南回顾了皮斯科的案子，怀疑克里斯是他的帮凶，进一步怀疑朱迪=克里斯。虽然他们看起来完全不同，但柯南知道克里斯擅长化妆。
279-280迷宫的黑暗，在柯南的要求下，医生查看了克里斯网站上的信息，发现她是已故美国明星莎伦·宾亚德的女儿。
她第一次面对媒体是在她母亲的葬礼上。面对记者的追问，克里斯神秘地回答:秘密让女人变得女人。
此外，这位日本前超人气女明星也出现在了莎朗的葬礼上，从画面上看是Hiko。
中国街284-285号，雨中似曾相识，纽约事件286-288号，继前面蓝回忆的“戴黑针织帽的男人”之后，通过蓝发烧病倒时的回忆，讲述了金苹果在纽约的遭遇。
他还讲述了心怡与兰、莎伦的第一次相遇，以及他们对银发杀手的救命之恩。
307-308没有留下声音的证据。小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从当事人的谈话中，柯南得知他是龙舌兰酒的联系对象，是在电子游戏公司遇害的组织成员。最后，通过追查案情，柯南获得了该组织的线索——板仓日记。
309-311与黑暗组织有联系。在案件开始的时候，柯南和兰认识了。在交谈中，赤井提到了一个表面坚强的女生，暗自落泪。宫野明美，他的女朋友。)
312布偶感染夕阳，悼念第一次提到自己的人生经历。她提到她的父亲名叫宫野厚司，曾经是化学领域非常著名的科学家，但她被称为“被科学界流放的疯狂科学家”，她的母亲是一个非常神秘的女人。
335-336杜东开发院的秘密是Hiko回到日本，带着侦探队去杜东开发院看电影。在路上，习字和柯南发现他们被跟踪了。柯南认为跟踪者要么是冲着他来的，要么是冲着灰原来的，很可能是黑组织的人。
340-341藏在厕所里的秘密柯南、足原和博士来到足原父亲宫野博士工作的办公室，想得到一些关于黑组织的信息和足原父母的下落。结果，他们在厕所里发现了宫野明美母亲留下的带子。
在便利店343-344的剧情中，柯南发现了有人来工藤屋的痕迹，而且不是小兰。
345在月圆之夜直接对抗黑组织的二元推理。
柯南收到了一封来自苦艾酒的信，邀请新一参加化妆舞会，称他为江户川柯南！柯南知道自己的身份暴露了，决定采取行动。他一方面邀请服部哲假扮新一参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉阿沙拉，假扮成她为自己的组织做准备。来接他的不是苦艾酒的假新人，而是朱迪！事实证明，美国联邦调查局也有自己的计划。他们准备靠苦艾酒一步一步走下灰平原，引诱苦艾酒跟着它到码头，然后逮捕它。(柯南这时应该还不能确定朱迪和新来的谁是苦艾酒，他们可能是一伙的，所以他装上了窃听器。)朱迪在车上表明了美国联邦调查局的身份后，柯南告诉她新案件的真相(170-171)，并让她用它来揭露苦艾酒，以此来为自己谋利。朱迪暴露了苦艾酒既是克里斯·宾亚德又是莎伦·宾亚德，但当她叫她的同伴去逮捕苦艾酒时，她被埋伏的卡尔瓦多斯省打伤了。
就在朱迪处境危险的时候，另一边的化妆部门在舞会上破案，扯下了伪装。柯南还撕下面具，用麻醉针控制了苦艾酒。柯南的策划终于笑到了最后。。。
346-347寻找屁股上的印记，案件最后一集结束。朱迪在被绑架的柯南和萧艾的帮助下隐藏了这场惊心动魄的对抗。经过布美等人的间接鼓励，艾终于鼓起勇气面对自己的命运，决定与黑暗组织作斗争，并拒绝了的证人保护计划。
361迪丹高中的闹鬼学校，贝尔摩的身份曝光后，为了不引起大家的注意，真正的新老师又回到学校上班了。柯南回忆起苦艾酒潜入学校时的情景，奇怪她为什么没有在小学早期发现阿沙拉的身份。
385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不协和音，通过对前两个熟悉的电话键的分析，柯南确认了组织头目的前四个邮箱地址与鸟取县的区号相同，都是0858。柯南问了对音乐有绝对感的羽贺响辅后，得知这首曲子是《七个孩子》！
394怪屋历险记一开始，柯南分析黑组织通过儿歌记住了BOSS的邮箱地址，使其无法存储在手机中，并推断出黑组织BOSS的真实邮箱地址，被阿沙拉变成了潘多拉魔盒，却因无法深入而被海原Ai阻止。
425黑撞击！在被组织魔爪触碰的瞬间，柯南通过忘记找回bug，发现了惊人的秘密！原来，电视主持人水无怜奈也是黑人组织的成员。柯南偷听了她和金的暗杀计划，并成功阻止了他们。
429-430回不到以前的两个人了。小兰的倒霉蛋同学应友出现在这个大厅里，眼神和水的不太像。他好像注意到柯南是通过毛利语破案的，这让柯南感到很不安，怀疑这个大厅的身份。
464黑组织神秘阴影重赏。我们学校的颖友故意引诱毛利人注意到一件发生在孩子家里的怪事。这个孩子目睹了水无怜奈受伤。他说，他的母亲在去世前曾与陌生的外国女性交谈，并询问水无怜奈的下落。
465黑组织的暗影明珠流星，当孩子正要说是主持人水无怜奈从摩托车上摔下来的时候，柯南及时用一个蒙面超人把话题岔开了。柯南通过外国女性对孩子的回答“分泌者使女人成为女人”，推断这个女人是苦艾酒。
466形影不离的雪人，柯南一开始就推测组织已经知道了水无伤住院的事实，并分析黑暗组织不会对孩子进行报复，对本堂的真实身份非常困惑。
479 * *与服部平次在一起3天，柯南推测水月不可能杀了瀛友的亲人并改变了她的容貌，于是让服部哲调查水月年轻时在大阪发生的事情。
服部哲调查484-485的黑照下落无果，却意外查出了唐唐和他父亲在大阪的生活状况，因为英佑小时候曾经和父亲一起去过大阪的烧烤屋，他父亲和店长很合得来。然而，商店经理已经去世了，所以柯南，阿笠博士和足原决定去拜访住在东京的商店经理的孙子的房子，希望从他那里获得一些关于这个大厅和他父亲的信息。没想到的是，这位模型爱好者西郡的家中发生了一起盗窃案。成功解决后，柯南终于无意间看到了应佑拍摄的照片，并在照片中见到了应佑的父亲，得知应佑的父亲经常穿着黑色西装与外国人打交道，并在公司(=CIA)工作，还一度进入了黑组织。
491-494红黑的碰撞开始了，血缘关系绝对叫鬼土。兰和去医院看望他们的初中同学，见到了在医院捧着水的本英友，没有照片。他辩解说，他是在找和水很像的妹妹。
为了弄清楚我们的姐姐到底是不是水武，兰找到了水武的超级粉丝，看了水武早期的视频，得知水武的血型是AB型，但是颖友用姐姐给她输过血的例子说明自己的血型和姐姐的血型都是O型，这让柯南明白了水武和颖友的姐姐并不是一个人。
为了证明自己的血型，英优带着毛利等人来到了母亲曾经服役的房子。看过母婴健康手册的柯南等人证实了颖佑的血型确实是O型，那么为什么这水看起来那么像颖佑的姐姐呢？
495红色和黑色的碰撞令人昏昏欲睡。兰说，颖友突然失踪了，失踪前他说在医院打听妹妹的消息时，遇到了一个疑似父亲同事的人。辨别的方法是通过类似于他父亲发邮件时的电话按键。
柯南断定，潜入没有水的医院的不是中情局，而是该组织，于是他去医院和美国联邦调查局商量对策。通过询问医生，柯南确认了黑组织的人在医院里没有发现水的痕迹，并锁定了三名嫌疑人。
496红黑碰撞入侵。通过柯南的探索，美国联邦调查局找到了黑组织成员楠田陆道，并意外得知英佑接受了白血病手术。
为了抢救水屋，GIN策划了集体食物中毒、怪味和火灾引起人员骚动、大量病人一次性涌向库浦中心医院等三大事件。
与此同时，在医院的问讯处，我突然收到一个由南天为詹姆斯签名的包裹。这朵叫楼斗草的花，其实就是“夺旗”的意思！但令人惊讶的不仅仅是这场宣战。赤井还发现花盆里放了炸弹！
499红黑碰撞迷彩，美国联邦调查局搜查人员在收集炸弹时发现，水无怜奈穿着病号服出现在电视上！搜查人员赶到惜奈的病房，却看到惜奈静静地躺在床上。
原来电视上的图像是由之前的数据编辑合成的，组织已经根据炸弹里放的发射器锁定了仁爱的病房。
500红与黑碰撞的最后一句话，面对琴酒和他所有手下的逼近，卡姆迈耶本打算凭借自己的驾驶技术摆脱赛道，却突然遭到一个装满炸弹的箱子的袭击，三号车也撞上护栏停了下来，于是已经装了睡眠的水在关键时刻没有释放出来。
就在基安蒂准备摆脱卡姆迈耶的时候，3号车突然爆炸了。
水屋和琴酒顺利回归组织。美国联邦调查局和柯南精心策划的计划输了吗？
原来，柯南和阿凯早已发现水屋已经醒来，他们知道水屋的确是英佑的妹妹，中情局特工唐本·英海。英友曾患白血病，用了姐姐的造血干细胞，做了骨髓移植，在不知情的情况下改变了血型。
柯南和赤井利用英佑的出现迫使水舞醒来并与美国联邦调查局对话，他们的父亲伊桑·唐本悲惨死亡的故事再次被提起。赤井、柯南和水没有协议，水也没有以Kir的身份回到组织，成为钢楔。
504红黑相撞死亡。阿凯和水武来在野山路相遇，水武先用手枪射穿了阿凯的肺。
通过摄像头看着情况的金，直接用手枪向水屋下达了开枪爆头的命令。
于是水屋笑着说“没想到会这么顺利”，用手枪射中了赤井的额头。
此时，由于警车的突然出现，水屋将阿凯的尸体横放在车上，并用定时炸弹引爆了汽车。
508卡拉ok厅第三期大幕即将落下。本堂的应友也决定告别迪丹高中短暂的生活，去美国留学。他的梦想是成为像他父亲和姐姐一样的中情局特工，打败黑暗组织。
509红白黄侦探队，新危机！波旁，冲矢昴和黑白君，美国联邦调查局的朱迪搜索官打电话给柯南，告诉他水无怜奈的最新信息——组织一个新的强大成员代号波旁要正式出道了，而目标恐怕就是阿什哈拉，并叮嘱柯南要小心。
510-511推理决斗！心怡VS冲矢昴，小兰和园子每个月都会去他们的新家打扫一次，但他们不知道崇雅已经住进了心怡的家。可惜他被两个人误认为小偷，在空手道上被小兰踢了一脚，但他看似擅长，实际上并没有被踢。
564-565侦探队VS土匪队，为了庆祝卡姆迈耶的生日，美国联邦调查局三人组——詹姆士、朱迪和卡姆迈耶去酒店挑选好酒。
在此期间，大家都在谈论之前的案例，并提到GIN在水无怜奈鞋底上发现的窃听器(见第425集)与SHERRY在保时捷上安装的窃听器(见第176-178集)相同。
579黑13的提示
伏特加酒告诉金，他在关于银行劫案的新闻里看到了一个和阿凯很像的人。金什么也没说。伏特加说那人应该不是赤井。毕竟他们亲眼看到了赤井被曝光。
琴酒突然冷冷的说要伏特加叫基尔(不加水)，然后分析了最近发生的几件事，比如雪莉的出现，阿凯的阻拦，基尔的躲藏，和阿凯长相相似的人。这些事件都发生在米花镇附近。这是偶然吗？！
580逼近黑色时刻
面对琴酒的枪，水舞很淡定，语气也很平静。他似乎并不担心赤井不会死。琴酒反驳了她，但他没有亲眼看到，而是通过监视器，水屋冷静地反驳，于是琴酒无法半信半疑，继续在百货大楼前观望。这时，在门口负责监控的科恩发现多名警察已经进入大楼，并向金报告了这一情况。从金疑惑的眼神中，他能猜到炸弹与组织无关。大叔和柯南还在推理。朱迪从正在与被困者进行视频通话的人的手机上看到了她一直想要的身影。柯南出去寻找线索，又转了回来。站在他不远处的是“阿凯”，但他没有注意到，因为他全神贯注于案件。混在人群中的崇亚很快破案了。他拿起手机敲打了几下，却突然停了下来。原来他注意到了不远处的“阿凯井”。阿凯井似乎也感觉到了有人在注意他，于是转头看过去，却早已没有了崇雅的身影。赤井四处寻找，没有发现可疑的人，但他一边躲在暗处看着这一切，一边得意地笑着。
581红色游荡目标
看着窗外的黑色保时捷，他神色平静，抬头发现对面有狙击手，这让他有点意外，但随之而来的是冷笑。
我累坏了。。。就是这样，为了加分，